晚宴上的宁静与浪漫很快就被打破了。波狄诺斯用内侍特有的方式煽动起了报复行为。他四处造谣说女王是一个把权力奉送给她的罗马情人的娼妓，而恺撒本人也只不过是个光有床上功夫的男人，没有率兵打仗的能耐，他的部下现在都不愿作战，一旦被进攻就会丢盔弃甲。埃及能否永远摆脱罗马的束缚获得自由就在此一战了！
恺撒不能主动进攻阿基拉斯驻扎在尼罗河三角洲的队伍，因为他没有足够的兵力，这样做过于冒险。所以他用托勒密的名义给培琉喜阿姆下达命令，立即解散部队。阿基拉斯的做法是先杀了两名信使，再向亚历山大城进攻。他指挥的两万步兵和两千骑兵很快就占领了城市的外围。这次，战无不胜的恺撒被切断了与外界的联系，被包围起来与五倍于已的敌人作战。他据守着皇宫中不到四分之一的土地和海港，手里只有五千人的舰队。他的对手还有身边的托勒密和波狄诺斯。尤其是这个内侍总管，总在不停地搬弄是非，搞阴谋诡计。一天他把几个木盘和酒杯放到恺撒的桌上，恺撒不明就里。接着他耸耸肩说，罗马军官把埃及国库里的钱全都据为已有了。还有一次波狄诺斯提议要毒死恺撒，恺撒的理发师知道后对他发出了警告。恺撒干脆一不做二不休，把波狄诺斯杀了，然后派专人监视托勒密，同时不断派人去地中海沿岸各地请求增援。
没多久，恺撒就完全陷入了困境。陆上他们的水源被阿基拉斯的部队切断了；海上出港的通道全被封死了。他想突围，但伤亡惨重，战局雪上加霜。但形势越危急，恺撒就越充满斗志。他命令士兵把火把抛到封锁海面的埃及船只上去。九十艘战船被烧毁于法罗斯灯塔之下，其中包括粮船。燃烧的船只引燃了岸上的一座仓库，接着火势蔓延开来，又烧着了第二座、第三座。最后，大火烧到了亚历山大图书馆。在这里有罗马政府和罗马学者学习的模式，有智慧和美学理论的源泉，它们让地中海人几千年来始终保持能人巧匠的美誉。毁掉这一切的是一个只知道使用武力的愚夫俗子吗？不，他是恺撒，全罗马心思最细密的人。他懂得从希腊文明中汲取精髓作为自己思想的养分，这已经帮助他在同辈中出类拔萃，使自己的名字成为权力的代名词。他绝不会故意毁坏这些宝藏的，但当时，他确实无暇顾及这件事。埃及的学者、诗人们站在皇宫后面的山上，眼睁睁地看着世界上最大的图书馆和四十万卷书在烈火中化为灰烬。他们学识的可靠保障，他们内心生命的源泉，就这样离他们而去了，可他们却无能为力。
恺撒此时正在海港作战。他的指挥舰被撞，舰上的人都乘坐小木船逃跑了。恺撒坐的那艘因为载人太多沉了，他也掉进了水里。恺撒奋力向另一艘小船游去，用牙紧紧咬住他那紫色罩袍的一角，左手把几卷东西托出水面。看来这几卷东西很重要，在这种时刻他都不忘保护它们。这样，他就只能用右手划水，还得躲避不时掉落在水路的投身弹。最后，他只好放弃被水浸泡后越来越沉的罩袍，左手抓着那几卷东西爬上了一艘小木船，从港口逃回了皇宫。这一仗下来，他又有四百多士兵被淹死了。战后，恺撒的罩袍被捞起来，亚历山大人把它钉在船帆的挂钩上，以此讥讽恺撒。庞培那些四散的旧部听说恺撒在亚历山大被困的消息后，便又纷纷聚集到庞培儿子的麾下，想要重新讨伐这个战无不胜的恺撒，形势更加严峻了。当初，就是这位了不起的执政官将刚战败的对手的残余部队置之不理，却舍得为那个住在沙漠边缘的女人花费自己大量的时间。他还在尼罗河的河道上，亚历山大城的街市里游荡，替自己重新树立了敌人。他厌恶这些与他为敌的人也不管用，他是躲避不了他们的。
接下来，人们发现克娄巴特拉的妹妹阿尔西诺伊不见了。她是恺撒刚刚册封的塞浦路斯总督。她是深夜趁着天黑和她的教师兼情人加尼米德一并逃走的。这对于恺撒来说不啻于当头一棒。于是，为了争取时间，他转而和阿基拉斯谈判。这时，恺撒已经得到消息，犹太和波斯的援兵已经开拔了，只要稍稍拖延一点时间援兵就到了。
再后来，恺撒与援兵里应外合，反过来将埃及军队包围起来，首尾夹击。于是，罗马人又重新占了上风。在尼罗河的河道上，入河口处以及尼罗河三角洲的每个角落，为了不暴露目标，灯火全都被管制。就在海河交汇之处，日复一日的混战使得埃及人逐渐精疲力竭，最后他们在罗马人的刀剑和一轮又一轮的进攻下节节败退，被逼入了迷宫一样的沼泽地。
最后，托勒密被淹死在尼罗河里。他穿戴了全套金盔金甲，英姿飒爽地登上船甲板，落水后他就是被这全副武装拖累得无法浮出水面。阿尔西诺伊也被抓回到皇宫监禁起来了。她的手下一个不留地全被处死。恺撒第二次进驻亚历山大城。这一次百姓们大多身着丧服拜倒在恺撒的权杖面前。持续一个冬季的战争结束了，春天到了。
那年的冬天是恺撒和克娄巴特拉从相知到相识的日子。关于他俩共处的事儿，恺撒只对后人提及过一次：“恺撒恢复了克娄巴特拉的女王地位，因为她一直效忠于他并始终和他一起守在总部。”这句话出现在他的《亚历山大港的小木船》一文中。这些不带任何感情色彩的文字记录却是一个浪漫故事的第一章。从这以后，一个新的世界就要诞生了。
