鲁迅是想用辑录和校勘古籍来给自己建造一座高墙，把自己同这个令人失望和厌恶的社会隔离开来，以换得内心的安宁。然而，他毕竟不是潜居于深山中的隐士，他同社会依然保持着千丝万缕的联系，因此社会上发生的事件依然越过他手造的墙壁，钻入他的耳中：1913年，袁世凯派人在上海刺杀了国民党理事长宋教仁；进步党第一届内阁产生；孙中山发动"二次革命"，江西督军李烈钧宣布独立，起义讨伐袁世凯；袁世凯颁布《通令尊孔圣文》，袁军击败李烈钧、黄兴，攻陷南京，野心家袁世凯正式爬上大总统宝座，举行庆典，紧接着又解散国会，连民主的招牌也不要了；1914年，章士钊在东京创办《甲寅》月刊；袁世凯通令全国"以夏时春秋两丁为祀孔之日"，开始了复辟帝制的准备。
面对越来越浓重的黑暗，越来越露骨的闹剧，鲁迅感到自己无能为力，他只好沉郁地、自我麻醉地继续加厚着那道精神的围墙。他在校勘古籍之外，又开始钻研佛经和抄写古碑。从1914年4月中旬起，鲁迅一本接一本地阅读佛学书籍，一年中，他读了《三教乎心论》、《释迦如来应化事迹》、《华严经决疑论》、《大乘法界无差别论疏》、《金刚经心经略疏》、《大乘起信论梁津》、《瑜珈师地论》、《阅藏知津》、《唐高僧传》、《阿育王经》等佛教经典，并校录了《法显传》、《出三藏记集》等。他不但自己阅读，还常常与住在绍兴的周作人互相交流这类书籍。
为庆祝母亲六十寿辰，他在这年9月，还捐资银元六十元刻印《百喻经》上下卷四十部，并于1915年1月，由金陵刻经处印成。《百喻经》是印度僧人伽斯那所撰，南朝萧齐时印度来华僧人求那毗地译成古汉语。原出自印度大乘佛教，实际上是九十八则佛经中的譬喻故事。1926年王品青对此书加以标点铅字印行时，用它梵文的原名，叫做《痴华鬘》。鲁迅还为他写了一篇题记。鲁迅觉得《百喻经》与《伊索寓言》相近，译笔又好，可供翻译外国文学时借鉴。此外，佛家因明学中含有逻辑的思想方法，某些部分确实能启发人们思考。因此鲁迅读了这些佛教书籍之后，兴奋地对许寿裳说："释伽牟尼真是大哲，我平常对人生有许多难以解决的问题，而他居然大部分早已明白了，真是大哲！"这时他对于尘世的一切厌烦到了极点，尽管从这些书中感到一种哲理上的慰藉，但他并非从根本上去信仰这种虚幻的宗教。随着岁月的推移，随着他逐步从故纸堆中解脱出来而去迎接时代，他就展开了对佛教的批判。他后来曾对许寿裳说："佛教和孔教一样，都已经死亡，永远不会复活了"。五四运动时期，他指出儒、道、释"三教同源"，金人玉佛与孔家店一样，都是科学之敌，也都属于应当踏倒的欺人的偶像。
1915年至1916年，鲁迅除了继续披阅佛经之外，还进一步开拓了阅读的领域，造像、画像、拓本、墓志、壁画、金石、瓦当文字无不阅读研究，仅在1915年，他就搜集了《射阳门画像拓本》、《武氏祠堂画像并题记拓本》等数十种。
因为绍兴会馆的藤花馆过于嘈杂，1916年6月，他搬进了同馆的补树书屋。此时第一次世界大战正在进行，袁世凯演出的复辟帝制丑剧，已经破产，张勋的复辟丑剧正在酝酿之中，社会黑暗到了极点，他决定继续沉默，是在沉默中死亡还是在沉默中爆发，他未曾考虑，他只是感到必须沉默，在沉默中让生命像小河一样静静地流逝。如今，他找到僻静的古屋了，而这院子又有一株古槐树，相传过去槐树上曾缢死过一个女人，因此这屋子很久没有人住。他觉得这阴冷的环境和自己的心境是相宜的，因此搬了进去。在这里他又潜心地抄写、校勘、整理了大量的古碑以及其他有关美术的宝贵资料，其中有《吴谷朗碑拓本》、《唐邕写经碑》、《栖岩寺舍利塔碑》等二百数十种碑帖，《汉画象》、《杂造象》、《六朝造象》等五十多种石刻拓本。不管会馆外的世界是如何纷扰，每天他从办公室一回到补树书屋，就一头钻进这些从来无人问津的古老碑帖丛中去研究、欣赏和抄录，并在这种缓缓的开拓中，赢得了一种只有他能领略的精神上的淡淡的慰安。
