1916年，在北京的美国“罗氏竹花医学社”，将北京协和医院3个班的学生转到济南，并入共合医道学堂，并带来15万元的“协款”。
1917年，潍县广文学堂、青州共合神道学堂迁至济南，并入共合医道学堂，结束了1904年以来四科三地的分散局面。同年，南京金陵大学的医科和汉口的“大同医学”两校师生，也并入济南共合医道学堂。
为适应学校扩充需要，学校筹巨款200余万元，在当时济南市南关新建门外建筑校舍，创办新校，正式定名为齐鲁大学，对外和在教会内部则仍称山东基督教共合大学。英国人卜道成便成了第一任校长。
1917年9月，齐鲁大学正式开学，设文理学院、医学院、神学院，文理科为四年制、医科为七年制，共有学生277名，教工53人，其中外籍教职员工36 人。此时的校长为英人布鲁斯，经费由英、美、加等国教会支付。学校逐步设立文科、理科、医科、神科、社会教育科、天文科、农科和国学研究所。有一段时间，还将广智院也包括在学校编制内。学生来源非常广泛，国内各省市、社会各阶层、信或不信基督教的都有。
这时的齐鲁大学，已发展成为一个校园面积达800亩（其校址包括医学院、附属医院，就是现在的山东大学西校区、齐鲁医院，曾历经山东医学院、山东省立二院的变迁），规模庞大、科系繁多的综合性大学，是当时山东省内最大的一所高等学府，并在加拿大立了案。她的最高管理机构，设在加拿大多伦多市，在英国的伦敦市和美国的纽约市也设有分部。她已成为帝国主义教会在中国进行文化传播的重要堡垒。
齐鲁大学成立后，采用西方教育模式，办学质量优良，校长、系所主任及教授大部分由外国传教士担任，大多数采用英语教学，其教学水平“接近了同时代欧美一般大学的程度”。
抗战前的20年（1917~1937）是齐鲁大学历史的主要时期。学校在创办后的十几年间，异常复古与守旧，宗教气氛十分浓郁，校政大权一直掌握在神职洋人手里，学生也几乎是清一色的基督徒，入学不入教要受到歧视。
1929年10月底，齐鲁大学的学生掀起反对教会奴化教育、争回教育权的学潮。
齐鲁大学校长刘世传
同年，国民政府颁布大学组织法与大学规程，要求所有民办大学一律立案纳入管辖，并冠以“私立”两字，其校长必须由中国人担任，外国人在学校董事会中的名额不得超过三分之一。
1930年，孔祥熙任董事长兼名誉校长，首任华人校长由当时的国民教育部长朱经农担任，宗教色彩日渐淡化，不入教的师生数量也大幅度增加，礼拜堂也改为大礼堂。
1931年11月，国民政府教育部派王慎明视察文、理两学院，尹莘农视察医学院，均认为合格，遂于12月终被南京政府教育部核准立案。立案之后，齐鲁大学虽然在名义上受到了中国政府的控制，但其管理实权仍掌握在教会手里。校长、教务长等职务，名义上由中国人担任，但实际上学校事务仍由外国人最终拍板。
原任齐鲁大学文理学院院长的林济青接任校长后，创新办学思路，广泛延揽人才，创办国学研究所。齐鲁大学进入了一个新的发展时期，声誉鹊起，学界有“南齐鲁、北燕京”之说。国内许多知名学者如老舍先生、历史学家顾颉刚、墨学大师栾调甫、戏剧学家马彦祥等纷纷到此执教。1930年，老舍先生来到齐鲁大学文学院任院长，住在南新街58号（原54号）的一个四合院里，距离学校仅有一箭之遥。在这段日子里，老舍的创作也进入了爆发期。
1937年7月，抗日战争爆发。10月，日军逼近黄河，学生无心读书，学校停课。齐鲁大学除留下部分员工留守外，大部分师生及主要教育教学设备迁往四川。翌年秋天，在成都华西坝借华西协和大学的部分校舍复校开课。留驻济南的师生，在抗战前几年尚能“平安”。太平洋战争爆发后，日军进入齐鲁大学，外籍教工被押往潍县乐道院关押，其他人解散，学校教学设施遭到严重破坏。
1945年8月，日本投降，齐鲁大学师生陆续返校。经过整修，学校于当年10月1日正式在济南复校。1947年上半学期在校学生为442名，其中文学院105名、理学院123名、医学院203名、医事检验技术专修科11名，教职员工70人。1945年经费3亿元。
1948年济南解放前夕，在极少数人操纵下，齐鲁大学曾将部分师生和教学物资南迁，先后落脚于杭州、福州，及至建国以后。
1948年，一大批优秀人才走出齐鲁大学校园，如医学院病理科主任侯宝璋、化学科主任江清、皮肤科主任尤家骏等。但是，齐鲁大学初建时，招生和毕业的学生很少，1917~1931年毕业生只有438人。究其原因，一是招生条件过高，高中必须毕业，还要通过党义、国文、英文、混合算学、中外历史、科学等6门考试。历史政治系前四届每年只招三四名学生。二是学费过高，学生要向学校缴纳10项费用，每年高达140元，其他杂费还要20多元。也有其他原因，像一个时期的收回教育权运动，长期未能在中国政府立案，影响了学校的扩张。
济南解放后，1951年学校被人民政府接管。1952年9月全国高等院校进行院系调整，齐鲁大学被解体撤销，其原有各个学院分别并入专业相同的专门学院；神学院和国学研究所撤销，文理学院所属系科划归青岛山东大学（今山东大学）、南京大学和济南山东师范学院（今山东师范大学），农业专科划归济南山东农学院（今山东农业大学）；保留其医学院，更名为山东医学院，校址由山东医学院接收，今为山东大学西校区。
齐鲁大学之所以被撤销，主要因为是一所教会大学，该校由登州源起直至最终定型于济南，迎合了西方列强不断深入侵略山东的势头。但是，齐鲁大学在办学的过程中，不断调整政策，改善管理体制，提高办学质量，使学校的教育目标能与我国社会现实需要相符合。她不仅为近代山东的新式高等教育提供了清晰的参照，而且较为广泛地传播了西方自然科学、人文科学方面的知识，向社会输送了相当数量的专门人才。仅齐鲁大学医学院，就先后培养了1000余名医护人员——包括一批医学名家在内，为山东及其他地区的医疗保健事业做出了显著贡献。
同时，她所开展的乡村建设运动，对推动山东乡村向近代化发展、改善农民的生活，都起到了积极的作用。经过全国各地一系列实验，乡村重建的思想发展为全国性的重要运动，齐鲁大学在这方面的工作无疑具有开创性意义。
所以，齐鲁大学已融入中国学校教育系统之中，成为中国高等教育的重要组成部分，在山东省高等教育发展史中占有重要的一席之地。
改革开放以来，山东工业大学、山东农业大学等许多高校曾先后提出要更名为齐鲁大学，但都没有获得批准。
