1937年抗日战争爆发后，圣约翰大学曾将学校迁往公共租界里的南京路，与沪江大学、东吴大学、之江大学等4校组成上海联合基督教大学，但后来又于1940年迁回原校址。学校的办学经费除来自学费收入外，也有教会和其他社会捐款。
圣约翰大学的校训初为“光与真理”，后加上孔子名言“学而不思则罔，思而不学则殆”。
圣约翰大学拥有许多著名校友，都曾对中国的历史进程起到过重大影响，知名校友包括顾维钧、林语堂、宋子文、宋子良、宋子安、荣毅仁、刘鸿生、邹韬奋、严家淦、经叔平、贝聿铭、周有光、成幼殊、黄金祺、陈成达、何占春、曾楚霖、潘序伦、施肇基、王正廷等。他们大多出身显要、富裕家庭，成就则远超父辈。
1950年12月，圣约翰大学正式宣布与美国圣公会脱离关系。1952年在全国院系调整中，她被拆散并入其他多所高校，主要是华东师范大学、复旦大学和上海第二医科大学（今并入复旦大学）。
1967年，台湾的圣约翰大学校友为延续圣约翰精神，原本打算在台湾复校，但受到当时国民党政府教育政策的影响，私人仅能开办专科学校，遂成立新埔工专，目前已升级为圣约翰科技大学，未来将恢复为圣约翰大学，成为综合性大学，辉耀昔日圣约翰的光芒。
此外，圣约翰校友得到加拿大不列颠哥伦比亚大学支持，于该校建立专为研究生而设的圣约翰学院。据上海圣约翰大学校友沈鉴治所言，虽然母校不能在中国大地上重现，但这已是复校的第一步，故这所学院得到了不少校友支持。
林语堂的慨叹
后来，林语堂回忆起自己在圣约翰大学的学习和生活时说道：
“我很幸运能进圣约翰大学，那时圣约翰大学是公认学英文最好的地方。由于我刻苦用功，在圣大一年半的预备学校，我总算差不多把英文学通了，所以在大学一年级时，我被选为ECHO的编辑人而进入了这个刊物的编辑部。我学英文的秘诀就在钻研一本袖珍牛津英文字典上。这本英文字典，并不是把一个英文字的定义一连串排列出来，而是把一个字在一个句子里的各种用法举出来，所以表示意思的并不是那定义，而是那片语，而且与此字的同义字比较起来，表现得生动而精确；不但此也，而且把一个字独特的味道和本质也显示无遗了。
作家林语堂故居
“我在圣约翰大学将近二年级时，学校又增加了一块私产，与原校产相接，有乔木，有草坪，极为美丽。我就在此美丽的环境中度过愉快的时光。倘若说圣约翰大学给我什么好处，那就是给了我健康的肺，我若上公立大学，是不会得到的。我学打网球，参加足球校队，是学校划船队的队长。我跟从夏威夷的男生根耐斯学打棒球，他教我投上弯球和下坠球。最出色的是，我创造了学校一英里赛跑的纪录，参加了远东运动会，只是离获胜还远得很。学校当局认为这种经验对我很有益处。”
但这个学校也有明显的问题，即教会学校的只重视英语和西方文化，却忽略了中文和中国文化。林语堂感叹地说：“我曾经说过，因为我上教会学校，把国文忽略了，结果是中文弄得仅仅半通。圣约翰大学的毕业生大都如此。……不仅是我的学问差，还有我的基督教教育性质的影响呢。我过去受限制不得看中国戏，其实大部分中国人都是从中国戏里得以知道中国历史上那些名人的。”
林语堂（1895~1976），中国现代著名学者、作家。福建龙溪（现福建漳州）人。1912年入上海圣约翰大学，毕业后在清华大学任教。1919年秋赴美国哈佛大学文学系，1922年获文学硕士学位。同年转赴德国，入莱比锡大学。1923年获博士学位后回国，任北京大学教授、北京女子师范大学教务长和英文系主任。1924年后为《语丝》主要撰稿人之一。1926年到厦门大学任文学院院长，写杂文，并研究语言。提倡“以自我为中心，以闲适为格凋”的小品文。1935年后，在美国用英文写作《吾国与吾民》、《风声鹤唳》，在法国写长篇小说《京华烟云》，此外还有《苏东坡评传》等著作。1944年曾一度回国到重庆讲学。1945年赴新加坡筹建南洋大学，任校长。1967年受聘为香港中文大学研究教授。1975年被推举为国际笔会副会长。
文会馆/广文学堂创建
齐鲁大学是1904年至1952年在中国山东省办学的一所教会大学，也是当年外国人在中国创办的14所教会大学之一。她由来自美国、英国以及加拿大等3国的14个基督教教会组织共同筹款联合开办，其前身为山东基督教共合大学，1904年由潍县广文学堂、青州共合神道学堂和济南共合医道学堂合并而成。
作为中国历史上最早的教会大学之一，齐鲁大学的渊源可上溯到19世纪60年代，是由最初的一个规模很小的教会学校，经过长期经营扩充，逐渐发展起来的，是中国历史上最悠久的大学之一。齐鲁大学最盛时号称“华北第一学府”，与燕京大学齐名，有“南齐北燕”之称。
虽然齐鲁大学和山东大学同处在山东，但是在新中国成立之前，也就是1901到1949年，这两所著名大学的关联并不多。齐鲁大学是一所历史悠久的教会大学，与山东大学是两所不同性质、不同风格、不同命运、相互独立的大学。与山东大学相比，齐鲁大学的历史要悠久和复杂得多。齐鲁大学校长、毕业于美国哈佛的刘世传曾不无自豪地说：“正如我的另一个母校哈佛大学是美国最老的大学一样，齐鲁大学是中国最老的大学，绝对没有一个中国大学能在这一点上赶上齐鲁大学！”
齐鲁大学楼房
所以也有人认为，真正中国最早的大学应该是齐鲁大学，而不是圣约翰大学。
19世纪60年代，来自美国北部的美北长老会在山东登州府城（今蓬莱）建立了中国北方第一个传教基地（后来山东省一直是美北长老会在华最重要的传教区）。1864年，美北长老会传教士狄考文（1836~1908）来到登州（今蓬莱），在城里一所叫做观音堂的破庙里办起了免费义塾，起名为蒙养学堂；1872年取“以文会友”的意思，学堂正式定名为文会馆。登州文会馆是中国境内最早的现代高等教育机构，这是齐鲁大学的重要萌芽和发端。
文会馆大学部的课程主要有两大类：圣道文学、天化格算。具体是：四书五经、策论经义、中国史记、万国通鉴、福音合参、天道溯源、省身指掌、救世之妙、是非学、心灵学、富国策；圆锥曲线、微积分、天文学、代数学、地理学、地理志、地石学、测量学、数学、化学、乐法、体操。在教学实验设备方面，锅炉、蒸汽机、柴油机、电动机、发电机、铣床、电镀设备、磨光机、螺丝机，化学药品、瓦斯灯、烧焊用具、各种电池、显微镜、望远镜等一应俱全。当时在整个中国也没有几处设备这么先进、齐全的学校。也正是在登州文会馆时期，狄考文和教师邹立文合作，最早将阿拉伯数字引入中国。
在山东省传教的另一个重要差会是英国浸礼会。1875年，英国浸礼会将传教基地从烟台迁到青州。1884年，在青州创办了一所广德书院。义和团运动之后，英国浸礼会和美北长老会决定合办大学。1902年在青州开会，通过合办“山东基督教共合大学”的决议，将文会馆与英国浸礼会在青州办的广德学堂合并，取两校名的头一个字，起名为广文学堂，后称广文大学，首任校长为柏尔根。
所以，如果说文会馆是一所大学的话，则她（即后来的齐鲁大学）就是中国最早的大学；如果文会馆不算是正式的大学，广文学堂才是正式的大学，则圣约翰大学才是中国最早的大学。
1890年，美国基督教长老会在济南设立教会医院，附设医道学堂。1906年青州医道学堂并入，称为济南共合医道学堂。
1904年，广文学堂校址迁至潍县东郊乐道院，与青州的神学堂、济南的共合医道学堂并列，分别为山东基督教共合大学的文、理、神学、医学等4科。
1908年，英国传教士卜道成，在济南老城区西南南圩子外，名为永租实为强行购置土地545亩，开始筹建大学，到1911年校舍落成并招收新学生，这就为日后结束山东基督教共合大学四科三地的局面打下了基础。济南当局为方便学校和已建医院的交通往来，在南圩子城墙上新辟城门一座，称为“新建门”。
