1995年，加拿大开始商业化种植转基因油菜。但在随后的几年里，麻烦出现了。一方面，油菜的抗除草剂基因飘移到附近的杂草，杂草也变得具有了抗性，变成了除草剂无能为力的“超级杂草”；另一方面，收获时散落的油菜籽第二年重新萌发，但如果第二年这片田里种植的不再是油菜而是别的作物，那些萌发出的油菜也将成为“超级杂草”。这些“超级杂草”还会通过交叉授粉等方式，污染别的植物。
如今，这些杂草化油菜在加拿大的农田里已非常普遍。（参见《加拿大“转基因油菜超级杂草”事件》，见农博网，20070913。）
21世纪初，美国得克萨斯州一个生产无公害绿色玉米的农场，所生产的玉米却被发现含有转基因成分。原来是因为附近种植了转基因Bt玉米。结果这家农场被迫将受到污染的玉米全部销毁，承担了巨大的经济损失。研究表明，转基因成分是通过交叉授粉传播的。美国大面积推广转基因作物，使许多非转基因作物的种子中含有了转基因成分。
两位学者奎斯特和卡普拉于2001年11月在《自然》发文，称在墨西哥南部2000年种植的地方品种中检测到转基因，而那一地区自1998年就禁止种植转基因玉米。该文引起轰动，人们由此更加担心转基因作物给生态环境造成威胁。
墨西哥是玉米的故乡，拥有丰富的玉米种类，农民们世世代代种植玉米，并以此为生。我们在《孟山都公司眼中的世界》这一独立导演所拍摄的纪录片中，看到了由于基因污染而产生的“怪胎”玉米，看到了农民们保护自己传统玉米种子的渴望。
对于国内人们针对转基因水稻提出的基因污染问题，张启发院士做出了回应：
野生水稻在我国属于濒危资源，除江西、广东、广西、云南等少数省份有国家建立的野生水稻专门保护圃外，我国已基本上没有自然状态下的野生水稻了。水稻是自花授粉植物，在稻田中的自然传播难以超过1米的距离。两种因素加在一起，转基因水稻的基因不可能漂移到野生水稻。（魏刚、陈永杰、李鹏：《转基因水稻不是魔鬼》，载《北京科技报》，20100222。）
不过，张启发院士只是说明了转基因水稻不会“漂移”到“野生水稻”，并没有回答转基因水稻是否会“漂移”到非转基因水稻上面。而其他研究者则没有张院士这么乐观，他们纷纷撰文指出，转基因水稻不仅可能污染野生水稻，也可能污染其他水稻资源。
