虽然水稻被认为是严格的自花授粉作物，但普通野生稻的异交结实率却相对较高，说明栽培稻和野生稻之间的基因漂移是客观存在的。从我国栽培稻的种植区划和野生稻的分布范围看，二者之间明显存在重叠区域。特别是我国南方野生稻主要分布区恰恰是栽培稻种植面积最大的区域。因此，一旦转基因水稻品种获得释放，转入水稻的某些基因可能通过有性杂交漂移到野生稻中。（杨庆文：《转基因水稻基因流对野生稻遗传资源的可能影响》，见《转基因生物风险与管理——转基因生物与环境国际研讨会论文集》，北京，中国环境科学出版社，2005。）
——杨庆文,中国农业科学院作物品种资源研究所
薛达元研究员也在论文中明确说明了转基因水稻对遗传多样性的可能影响。
转基因水稻的潜在风险主要来自花粉的传播，导致异交而发生转基因水稻外源基因的逃逸，造成基因污染。具体表现在：
● 基因水稻可能透过基因流向栽培稻、杂草稻和野生稻转移基因，危害这些栽培品种或者野生种的遗传完整性、遗传多样性和生存能力，对现存的稻属自然基因库造成污染。
● 不管是耐除草剂、抗病虫和抗逆性的单性状，还是综合性状的转基因水稻，都可能成杂草化。（就是说，现在这片地里种转基因水稻，可以抗除草剂，但当这片地改种别的作物，这些转基因水稻就会变成除也除不掉的杂草。如果它们和其他杂草再杂交，就会产生大片除不掉的疯狂杂草。美国、加拿大的转基因农田中已经大量出现类似的疯狂杂草。）一旦它们逃逸到稻田外，就可能成为难以根除的恶性杂草。
● 通过转基因作物强烈的选择压而使害虫或病原体产生抗性。
● 转基因水稻的花粉、稻谷、稻草或根系的分泌物也可能对稻田生态系统中的昆虫、鸟类、野生动物、根系微生物等产生影响，或诱发突变，或破坏生态平衡。（薛达元：《中国转基因水稻的环境风险与管理对策》，见《转基因生物风险与管理——转基因生物与环境国际研讨会论文集》，95页。）
读者们可能已经被轮番的争论弄得头昏脑涨了，从食品安全到粮食安全到生态安全，到底孰是孰非？如果您对我们以上呈现给您的信息依然感到困惑，一个办法是“自力更生”，自己去找出相关数据，把自己武装成半个专家。采取这个办法，一个很大的障碍在于有的专家只给出了结论，却没有公开他们的研究数据和研究报告。
还有一个对于普通公众来说最简单也最有效的评判方法——常识。如同我们去一家从来没去过的餐馆，可以先看别的顾客点什么菜、怎么评价再来决定一样，我们可以看看谁在研究转基因技术、谁在种植转基因粮食、谁获利最多、谁在吃转基因食品，再来判断孰是孰非，决定自己怎么做。下面我们就通过一个大名鼎鼎的公司——孟山都公司的故事，来带您认识这一切。
