（4）内毒素是一种蛋白质，会像其他蛋白质一样被消化、分解掉，因此无毒，是这样吗？
蛋白质类的毒素，有很多可以在体内代谢成氨基酸，例如，肉毒毒素、白喉外毒素和破伤风外毒素，等等。其中，最强的肉毒毒素1毫克纯品能杀死2亿只小鼠，其毒性比化学毒剂氰化钾还要大1万倍。这些也可以降解成氨基酸。对于超敏反应研究最著名的僧帽水母毒素也是多肽，可以降解成氨基酸的，也是致命的。
是蛋白质并不是无毒的标准，能被降解成氨基酸也不是无毒的标准。
——王月丹,北京大学医学部免疫学系副教授
认为Bt毒蛋白安全的专家认为，Bt蛋白是自然界中本来就存在的，苏云金芽孢杆菌的存在比人类的出现还早，是和其他生物协同进化的，因此是无害的。
而质疑Bt毒蛋白的人士则认为，当苏云金芽孢杆菌天然分布于自然界中时，对周围的其他菌或者生物，造成的影响是可以平衡的。如同大草原上的角马、斑马、狮子、鬣狗等动物，它们都是协同进化，维持在一定数量。如果狮子太多，把角马吃完了，狮子也照样玩完；狮子太少，角马过多，整个草原同样无法延续。Bt蛋白也是同样道理，自然界中的苏云金芽孢杆菌一直维持在一定的数量，整个生物系统才处于一种平衡状态。当我们采用基因工程技术改造苏云金芽孢杆菌以后呢？ Bt蛋白就会超量散布于自然界中，这势必会打破原有的生态平衡。改造过的Bt是否是“蝴蝶的翅膀”？是否会影响整个生态系统？目前还无法下定论。但是生态系统从一个稳定的平衡被打破，到建立一个新的稳定平衡，期间必然出现矛盾冲突。
质疑转基因生物的人士还指出，转基因过程中为了知道基因的转入是否成功，要用抗生素进行标记，而抗生素的滥用会对人体产生危害。用老百姓最通俗的话来讲，原来打一针就可以治的病现在打几瓶点滴也不管用。另外，转基因食品还被质疑可能增加人们食物过敏的风险。食物过敏不是新鲜事儿，有的人吃海鲜过敏，一吃海鲜就拉肚子，有的人酒精过敏，一喝酒就起疹子，而转基因食品是否会增加食物过敏的风险？
Bt蛋白作为生物杀虫剂已安全使用70多年；与已知致敏原蛋白氨基酸序列无相似性，不会引起过敏反应。（农业部农业转基因生物安全管理办公室：《农业转基因技术与生物安全问答》，见农业部网站，2010316。）
