我们在吃食物时一般是要加热、煮熟才吃的，内毒素是一种蛋白质，蛋白质加热后会变性，实验表明，内毒素在60摄氏度的水中煮一分钟就失去活性。即使是生吃也没有关系，内毒素只有在昆虫肠道碱性环境下才能加工成有毒的蛋白，而人和牲畜的胃环境是酸性的，肠道细胞表面不含有毒素蛋白的受体，因此不会中毒。被人和牲畜吃下去的内毒素，会像其他蛋白质一样被消化、分解掉。方舟子：《转基因水稻杀虫不害人，农药更有害》，载《中国青年报》，20050420。
——方舟子
针对“Bt毒蛋白对人体一定无害”的说法，也有专业人士提出了质疑。（参见王月丹：《到了向全国人民公开转基因大米真相的时刻了——呼吁两会关注转基因大米的问题》，见王月丹的博客。）
（1）Bt内毒素本身没有毒吗？
国家官方杂志《食品科学》，早在2007年28卷第3期的357页就已经撰文，揭示出苏云金芽胞杆菌其实与人体的致病菌蜡样芽孢杆菌是一种菌，而后者被认为是可以引起致命性呕吐和肠胃炎的病原体，其产生的热稳定性毒素可以在30分钟内引起人体发生呕吐，并曾经导致一名17岁的瑞士男孩由于呕吐引起的肝衰竭和横纹肌溶解而死亡。目前的研究发现，以前的所谓蜡样芽孢杆菌中70%是苏云金杆菌，而且目前商业用的苏云金芽胞杆菌菌株（我们的农药菌株）含有呕吐毒素和肠毒素基因。
（2）昆虫肠道碱性环境下才能加工成有毒的蛋白，而人的胃环境是酸性的，因此对人无毒，是真的吗？
人的体液大部分是碱性的，唾液的PH值6.50～7.50，十二指肠液的PH值4.20～8.20，胆汁的PH值7.10～8.50，胰液的PH值8.00～8.30。所以人体整个消化系统几乎都是碱性的，完全可以满足Bt毒蛋白溶解和发挥生物学作用的需要。
（3）人的肠道细胞表面不含有毒素蛋白的受体，因此就不会中毒？
蛋白质与细胞的结合，可以通过吸附作用，而不一定需要结合受体，比如红细胞对青霉素和磺胺药等的吸附。而且，现在没有发现受体并不等于不吸收，例如三聚氰胺虽然不是蛋白，但可以进入人体，现在是大家公认的，但是它的肠道受体又是什么呢？谁也不知道。
