瑞士方面也许以为此举可以化解这场持续数月的危机。然而出人意料的是，美国方面迅速发起更猛烈的攻势。美国政府在达成上述妥协的第二天，也就是在2009年2月19日，再次起诉瑞士银行，要求后者呈交涉嫌逃税的数万名美国客户账户资料，但瑞士银行以保守银行秘密为由予以拒绝。当天，美国政府在向迈阿密地方法院提交的诉状中指控瑞士银行涉嫌帮助美国富人逃税的秘密账户多达52万个。在这些账户中，２万个存有有价证券，32万个存有现金。美国国内税收署署长道格·舒尔曼当天表示，此举向那些通过海外账户逃税的人发出了“强烈的信号”，即税务部门会积极追缴漏税款项。面对指控，瑞银表示必须遵守瑞士相关银行保密法，拒绝提供这些客户的账户资料。显然，在这次诉讼中，美国故伎重演，变本加厉，提出公开多达52万个秘密账户的要求。
由于双方再次陷入僵局，在美国政府的施压和经合组织出面警告下，导致瑞士政府的直接介入。经合组织曾直接以组织名义写信给瑞士总统，要求其遵守经合组织有关税收信息交换协议第26条规定的国际标准，不要再以银行保密法为由进行辩讼。在彼此经过长达半年的周旋之后，终于在2009年8月12日，双方就秘密账户案达成协议，并于8月17日签署正式协议。根据两国达成的协议，瑞银将向美国政府提供大约5000个美国客户的秘密账户信息。这一协议的依据是美国和瑞士为避免双重征税的相关安排，在法律上绕过了瑞士严密的银行保密规定。对此，瑞士内阁将可以直接执行协议而不用提交议会。也有媒体称，瑞银将交出大约4500名客户的账户信息，这些瑞银客户可能将被美国政府罚款40亿瑞士法郎。
达成协议后，瑞银除了不用再向美方缴纳巨额罚款外，也避免了继续为秘密账户案所困扰。至此，美国此举的根本目的，似乎已经真相大白。美国要求的不是单笔的经济利益，而是比这个利益大得多的瑞士银行赖以生存和发展的保密体系。然而，这并不意味着瑞银的麻烦就此结束。有消息指出，瑞银的客户在被瑞银“出卖”后，不少客户正在考虑采取法律手段，以确保自己的账户信息不被披露。一名英国律师为此四处活动，为瑞银客户的集体诉讼争取更多支持。瑞士银行界人士也对这一协议的达成感到担忧。因为虽然从法律角度来说，这种做法并未违反瑞士的银行业保密守则，但瑞银每披露一名客户信息，瑞士银行业的信誉就受损一分。
另一方面，美国政府并未就此善罢甘休。在同瑞银的谈判取得一定进展之后，美国政府开始继而把矛头指向了帮助美国人逃税的第三方顾问。据境外媒体报道，美国政府在法庭文件中详细说明了瑞士银行以及第三方顾问如何帮助美国人利用在其他地区建立的企业藏匿财产。美国政府根据2009年2月份瑞银交出的那份250名客户名单，已经向4名美国公民提起诉讼。目前已有瑞银的一位加州客户麦卡锡同意认罪，罪名是未能向财政部进行申报。与辩诉材料一同提交的文件显示，作为逃税机制的一部分，是靠将资金转移到以一家其他地区的公司名义开设的瑞士银行账户上来完成的。
此前，也就是在2009年7月，来自纽约的切尼克已经认罪。美国司法部和切尼克达成的事实声明显示，切尼克承认自己曾提交虚假的报税表，他还使用了一家亚洲公司和海外银行账户向国税局隐瞒了销售佣金。由于诸多外部信托顾问提供了为瑞银客户组建海外公司架构的模板，使得美国政府得以举一反三、顺藤摸瓜，调查十分顺利。美国联邦检察官奥布莱恩发表声明称，司法部和国税局正在积极追查那些将资金隐藏在欧洲和亚洲秘密银行账户从而逃避联邦纳税责任的人员。显然，美国政府对于美国人的逃税事件并不会轻易罢手，在其花费大量时间终于从瑞银获取大量的客户账户资料之后，美国逃税者的灾难才刚刚开始。而作为这些美国人逃税的“跳板”，许多离岸金融中心金融机构无疑将随着调查的进一步深入而卷入其中。
美国与瑞士银行的这起争端的最后结局，在2009年的9月16日被披露。瑞士《星期日新苏黎世报》和《星期日》周刊报道，根据瑞士银行巨头瑞银集团和美国政府就秘密账户案达成的协议，瑞银将向美国提供大约5000个美国客户秘密账户信息。《星期日新苏黎世报》报道说，瑞银将向美方交出大约5000个被怀疑存在偷税漏税问题的客户账户明细。这一协议的根据是美国和瑞士避免双重征税相关安排，在法律上绕过了瑞士严密的银行保密规定，瑞士内阁将能直接执行协议，不用提交议会。这起避免双重征税的相关安排，是在2009年4月6日，也就是在伦敦20国领导人金融峰会之后四天确定下来的。在这次金融峰会上，与会者，尤其是德国和法国，提出了最后被认可的金融监管理念--没有任何一个金融管辖权、金融市场和金融产品能够免于金融监管，像瑞士这样的金融离岸中心将不得以银行保密法对抗有关偷税方面的检查，否则，就有可能受到黑名单的制裁。黑名单的制定基础，是经合组织的税收信息交换协议的国际标准，这一标准旨在提高税收信息的透明度。
2009年4月6日，美国财政部表示，美国和瑞士将重回谈判桌，修订1996年双边税收合约，以为两国围绕银行保密法规展开的争论降温。美国财长盖特纳在一份准备好的声明中称：“我们认为所有的国家必须遵守有关外汇税信息的国际标准。”盖特纳还表示，希望4月28日在瑞士伯尔尼开始谈判后，能够“迅速达成结论性的协议”。2009年4月8日，瑞士联邦委员会向外界确认将与美国重启修订双边税收协定的谈判，但表示新的税收协定需要通过全民公投。谈判的首次会议将于4月28日在瑞士伯尔尼举行。在瑞士，双边税收协定需要通过全民公决才能生效。
为应对全球打击“避税天堂”的行动，瑞士政府此前宣布将放宽银行保密法并接受更多税收和透明度方面的国际标准。“避税天堂”的问题是2009年4月2日举行的20国集团伦敦金融峰会的主要议题之一，20国集团领导人在峰会上共同承诺将清除“避税天堂”，打击税收欺诈活动并准备实施制裁，瑞士被列于要对税收准则进行改革以更好地遵守国际标准的“灰名单”。显然，美国在起诉瑞士银行方面并非单独行动。早在2008年11月，经合组织就曾告知瑞士当局有关税收信息交换的国际环境明显变得严峻。2009年1月经合组织再次提醒瑞士时间已所剩无多，瑞士应自己主动而非被迫采取措施。
