但是，由于对合资企业股权比例的持有量、商标的重要性的忽略以及资本运作的不熟悉，娃哈哈“利用外资”的美好愿望变成了“引狼入室”，留下了很大的发展隐患。
1996年初（合资公司成立以前），娃哈哈痛下决心进军成人饮料——娃哈哈纯净水，娃哈哈纯净水凭借着价格、广告优势高调上市，当年即拿下全国市场占有率第一的销售业绩。次年，娃哈哈AD钙奶强势推出，这使得娃哈哈集团年营业额连破10亿元、20亿元大关。
挑战两乐
1998年，娃哈哈经过10多年的历练，羽翼渐丰，已具备了与世界大品牌进行竞争的条件。经过两年多的精心研制，娃哈哈推出了“中国人自己的可乐——娃哈哈非常可乐”，在饮料界主动扛起了向世界第一品牌可口可乐挑战的民族工业大旗。在一片“非常可笑，非死不可”的质疑声中（包括合资企业股东达能引经据典的强烈反对），非常可乐系列隆重上市。非常可乐上市当年销售额过亿元，三年后超15亿元；在碳酸饮料领域，坐三望二的位置不可动摇。
1998年年末，娃哈哈集团的营业规模及营业利润开始位居中国饮料行业首位，企业声誉日隆，此后多年一直雄踞中国饮料业榜首地位。
还民营之魂
1999年末，基于国退民进的战略方针，已经挂了多年“红帽子”的娃哈哈集团有限公司进行股权改制，还民营之魂。
其中杭州市上城区国资局占51％的股份（两年后，国资局将5％的股权转让给娃哈哈集团公司职工持股会，还占46％；若不是2007年的达能事件，剩下的46％，也将可能转让给管理层和员工）；宗庆后获得1 5亿元股本（其获取股本的资本金以个人信用向银行借贷而来），股权比例为29 4％；除宗庆后外的38名高管共持股权2 3％；职工按岗位级别获得持股配额，1 885名正式职工共持股8 923万元，占总股本的17 3％。
全方位饮料公司
2001年，娃哈哈茶饮料、果汁饮料系列顺势推出，加上前几年的乳饮料、瓶装水、碳酸饮料，自此，娃哈哈定位于“全方位（“全方位”指全人群、全产品、全区域、全面推广，不断巩固并提升中国饮料业的榜首地位）饮料公司”的战略规划初见雏形。
多元化元年
2002年，在坚持以饮料业为主的同时，娃哈哈进军童装产业，被称为娃哈哈多元化元年；起初，宗庆后雄心勃勃，但低估了跨行业经营运作的艰难性，当年的娃哈哈童装目标销售额为10亿元，但至今却仅在1亿元上下徘徊，处于一种进退维谷，处境尴尬的状态。
三次创业目标
2003年，娃哈哈集团营业额超过100亿元，企业随即又提出了营业规模在3～5年过200亿元（2007年，娃哈哈的营业规模超过200亿元，即在第4年达到目标）、5～10年达1 000亿元的“三次创业”的宏伟目标。
进攻大城市
2005年开始，“营养快线、爽歪歪、非常咖啡可乐”等城市型产品相继强势上市，娃哈哈集团吹响了“农村包围城市，攻占大城市，解放全中国”的战斗号角。“洗脚上田”，从“野战”到“正规战”的娃哈哈果然身手不凡，新产品不辱使命，在城市开始站稳脚跟，娃哈哈再次进入了发展的快车道。
达娃之争
2007年4月，财经界震惊的娃哈哈达能“离婚大战”爆发，高歌猛进的娃哈哈遭遇了达能的强行并购：情理法的权衡，企业控制权的争夺，中西文化的碰撞，娃哈哈的“惊天浩劫”开始……
2007年12月，在中法两国政府的协调下，娃哈哈和达能双方发表联合声明同意结束对抗，回归和谈。
但是，鉴于双方利益的严重冲突，外界期待中的“真正和解”并没有如期到来，2008年，娃哈哈的劫难仍在继续……
如今的娃哈哈集团，生产销售乳饮料、瓶装水、碳酸饮料、茶饮料、果汁饮料、罐头食品、医药保健品、休闲食品等八大类近300个品种的产品，2007年产量600多万吨，销售额超过250亿元，占据中国饮料业产量的六分之一，是中国饮料业当之无愧的老大。其中瓶装水、含乳饮料、八宝粥罐头多年来产销量一直居全国第一，碳酸饮料、茶饮料、果汁饮料位居全国前三甲。
2007年底，娃哈哈已经发展成为总资产140多亿元，拥有2万多名员工，在全国26个省市建有102家全资/控股子公司（包括39家与达能合资的企业）的大型企业集团。在资产规模、产量、销售收入、利润、利税等指标上，娃哈哈已连续近10年位居中国饮料行业首位，成为中国最大、效益最好的食品饮料企业。
若不是10年前合资留下的隐患，风头正劲的娃哈哈未来无限好。
但是，达能以10年前的一纸协议，欲强行收购娃哈哈，宗庆后不仅要费心费力对付达能，还要同时对抗可口可乐、百事可乐、康师傅、统一等强大的竞争压力……
娃哈哈能否顺利渡过此劫难？娃哈哈是否因此而一蹶不振，还是风雨过后再见彩虹？……
一切都是未知数，一切皆有可能。
20年娃哈哈销售额成长曲线图
