咸丰九年七月十五日，曾国藩带着李瀚章和李鸿章一起登舟启行，向西而去。八月一日，行抵黄州，与胡林翼相见，待了七天。
这段时间非常关键，曾国藩在思考如何主导自己的命运。他与胡林翼沟通希望向东进兵的想法，希望能够得到好友的帮助。胡林翼与官文磋商，请他奏请将曾国藩留下，合力向安徽进攻。于是官文向朝廷奏报：宝庆已经解围，石达开南逃广西，四川已有备无患，请令曾国藩暂缓入川，驻扎湖口，与湖北官军一起，分四路进攻安徽。曾国藩在途中奉到上谕，令他暂驻湖北，调回湖南各军，大举向东推进。曾国藩大喜，于八月二十三日抵达武昌，与官文会商军事，逗留了十来天，随即返回黄州，与胡林翼筹备进兵。胡林翼慷慨地拨出十营兵力交给他指挥。曾国藩于九月五日在巴河登陆，坐镇陆军营垒。随即催调萧启江火速前来，会师东下。
曾国藩自从咸丰四年底在九江受挫，一直未能恢复对长江下游的攻击，尽管湘军坚守在九江的岗位上，却无法端掉九江这块拦路石。时隔四年多，曾国藩又回到了向东攻击的前进位置上，只是情况已经有所改变，九江已经回到官军手中，湘军前方的目标变成了安庆。所以，曾国藩向终极目标金陵的推进，是从安庆这个新的起点开始。此后湘军的作战，都是围绕攻克安庆的中心任务展开。在为期约十六个月的奋斗中，曾氏三兄弟一齐上阵，曾国藩率总部推进到皖南的祁门，牵制敌军的兵力，曾国荃和曾贞幹则负责对安庆的攻坚。
咸丰十年（1860）闰三月，正是曾国荃开始攻打安庆集贤关的时候，发生了一件大事，不但为曾国藩腾出了两江封疆之位，还把他推上了东南军事总指挥的高位。
在咸丰眼中的这个黑色的闰三月，太平军再次攻破金陵城外的清军江南大营，把清军主力赶到了丹阳。大将张国梁阵亡，钦差大臣和春受伤，随后在浒墅关死去。接着，丹阳、苏州和常州相继失守。两江总督何桂清被革职逮问。
在湘军人物看来，黑色的闰三月颇有些希望的色彩。据说左宗棠听到江南大营崩溃的消息，高兴地说：“天下事恐怕会有转机了！”
“季公为什么这么说？”旁边的人问道。
左宗棠答道：“江南大营的官兵无能怕死，若不是遭到如此的涤荡，真还不知如何下手整顿呢。”
“谁能善后呢？”旁人又问。
胡林翼抢答：“朝廷若将东南军事交付曾公，还怕天下无法平定？”
不独是左宗棠与胡林翼想把江南大营崩溃的坏事转化成好事，北京的高官中，个别人也有类似的想法。户部尚书协办大学士肃顺一贯主张重用汉人，又最得皇帝信任，向咸丰力荐曾国藩出任两江总督。
咸丰皇帝此时对绿营已完全丧失信心，除了湘军，他没有更好的选择。于是，曾国藩在四月份奉到上谕：曾国藩着先行赏加兵部尚书衔，迅速驰往江苏，署理两江总督。接着又有圣旨到来：
目下军情紧急，曾国藩素顾大局，不避艰险，务当兼程前进，保卫苏、常，次第收复失陷地方。重整军威，肃清丑类，朕实有厚望焉。
接到这样的圣旨，曾国藩的心情可想而知。自从咸丰三年组建湘军以来，这个湘乡人一直以肃清东南为己任，但他经历了无数艰险，可以说是在为皇上玩命，却连一个像样的名分都没捞到手，而且距离终极目标总是那么遥远。如今好了，朝廷失去了所有的指望，必须而且只能依靠他这个湘军大帅来维护大清王朝的统治，把肃清东南的任务明确地交到他的手中，不但给了他统一指挥东南官军的权力，而且把安徽、江西和江苏三省的行政权也交给了他。地方官僚再也不敢看不起他，更不敢刁难他，他再也不会被逼到要兵无兵、要饷无饷的绝路上。
