江忠源的办法太好了，好到给其他县份添了乱。此事传到嘉兴县，百姓哗然，对县太爷说：“大人为什么不学学江青天，也来救救我们，反而鱼肉百姓？”大家一窝蜂似的拥向县衙，又打又砸，气势汹汹。知府隆锡堂亲自前往弹压，还是无法制止。无奈之下，只得把江忠源叫去做安抚工作，事情才告平息。
赈灾告一段落，江忠源跟幕友商量如何处置县牢里关押的一百多名人犯。大家的意见，不是斩首，就是绞刑，不是充军，就是流放。
江忠源说：“他们都是可怜人，饿得没法子了，才敢以身试法。一律打几棍子，都放回去吧。也用不着一一审理，总的造个册子上报就行了。”
幕友们说：“大人如此宽纵抢劫犯，难道不怕上峰驳回？”
江忠源说：“吴中丞那里，由我去解释。”他风风火火地赶到杭州，跑进巡抚衙门，向吴巡抚当面陈情。吴文镕对他的做法非常欣赏，夸赞道：“江知县，你杀了一个人，却保全了一百多人的性命，功德无量嘛。本部院要通令全省：对待盗抢人犯，一律照秀水江县令的办法办理。”
灾后重建的任务，继续考验江忠源的施政能力。洪水退后，已是秋天，田地里略有收获，聊供饥民果腹。江忠源下令，本县一概免征农业税。江浙州县的征税官员，素来欺善怕恶，弄得民不聊生。江忠源把赋税一免，万众欢腾。百姓渡过了难关，但县府和他私人亏欠了上万两银子，给后任留下了一大截亏空。
灾后的耕种遇到了难题。秀水县地势低洼，积水排泄不了，无法补种粮食。江忠源到郊野巡视，发现较高的地面没有被水，便劝说农民补种杂粮。浙江西部盛行养蚕，但在水灾之后，桑树大多枯槁。江忠源从《农桑集要》等书籍中找到补救的办法，写成《补救六条》，告示百姓。
灾民流亡在外，田地缺人耕种。江忠源将流浪者召回，禁止游手好闲，惩治奸猾刁民。他发现，秀水虽穷，但民风奢侈，喜好摆阔，恶习难改。若要提倡节俭，喊几句口号是不行的。他想了一个绝招，令人张贴告示，广告百姓：本县每天只花六十四文钱。知县带头，民间不再以勤俭寒酸为耻。
江忠源在秀水知县任上干了九个月，改变了一县的大局，抚平了水灾的创伤。一位士绅提笔写诗，歌颂他的善政，称他为两百年未见的好官。
二弟江忠济到秀水来看大哥，一入县境，便问父老：“当今的县令如何？”父老说：“父母生了我，如果我患病死亡，父母不能救活我。如今洪水杀人，甚于疾病害人，而江使君把我救活了。使君之恩，大于父母之恩哪。”
江忠济到了县衙，见江忠源天未明就起床，半夜才睡觉，每天忙得团团转，一刻也闲不下来。
江忠济说：“大哥，不能歇歇吗？”
江忠源回答：“二弟只见我身体劳作，却看不见我心中的歉疚。我是想以身体的劳作，来弥补心中的歉疚啊。”
