最后，根据希特勒的第46号训令，在苏联占领区的所有德国非军事人员，包括帝国青年义务劳动队，铁路职工，农林人员等等，也要配备精良武器，加入清剿行动。希特勒规定，“在受游击队威胁的地区，不允许有消极或被动参加同游击队斗争的德国人”。根据苏联方面的统计，到1943年，用于对付苏联游击队的德军辅助人员，总数约50万人。这个数字并没有得到更可靠来源的证实。但根据希特勒的指示，大量德国非军事人员也必须参与清剿。
德国正规军后方部队和后备部队、德国警察和形形色色的仆从辅助人员，组成了庞大的东线占领力量。依据所在地区的不同（而非完全的隶属关系），这些占领部队，有的听命于德国军队，有的听命于德国后方占领机构，并不断发动清剿。但苏联游击队非但没有被消灭，反而有愈演愈烈之势。地处白俄罗斯和俄罗斯一部分地区的中央集团军群后方，由于当地居民的民族属性更有利于游击队的活动，导致该集团军群面临的形势尤其严峻，其后方地域司令部1943年5月9日就报告称，仅靠现有的59个警卫或者警察营，根本无法保证漫长的交通线免遭游击队的侵袭。德军为库尔斯克战役进行的后勤准备，因此受到了直接影响。
为了彻底消除苏联游击队的威胁，给即将到来的东线夏季会战创造一个稳固的后方，德国人决定利用前线平静的有利时机，将一些野战部队暂时撤下来，加强反游击战的力量。这样，连同原有的警卫师在内，德国正规军用来对付游击队的兵力增加到了25个师。
5月，中央集团军群大规模反游击行动拉开了序幕，清剿的重点是布良斯克西南部。德军第2装甲集团军第47装甲军、第55军，第3装甲集团军和第4集团军，实施了代号“吉普赛男爵”、“魔弹射手”、“五月雷暴”和“友邻支援1、2”的行动。投入的部队，除了2个警卫师，大量后方警卫警察部队外，还包括从匈牙利步兵第102师，德国步兵第6、7、292、102、707师，第4、5、18装甲师、第10摩托化师等众多野战兵团抽调来的兵员，其中包括坦克分队。在布良斯克地区，投入兵力约4万人，在明斯克地区，投入3万人。连同其他地区投入的兵力，中央集团军群动员的人员可能在10万左右，并且得到飞机火炮，坦克和自行火炮的配合。
对这次大规模的东线反游击行动，无论是前苏联史料还是西方史料都介绍得不多。德方宣布的战果为击毙3152名游击队员，俘虏569人。但行动本身的结果并不理想。参与围剿的匈牙利军队在战后总结中承认，动用大兵团清剿游击队的效果不明显。匈军在战斗中付出了战死800人的代价。清剿行动在6月份结束。就在这个月，德国的统计却显示，苏联游击队袭击铁路设施仍然高达1092次，摧毁或破坏机车409辆，可见清剿效果的微弱。而根据苏方统计，在4-7月，游击队一共炸毁德军列车1700列。
面对苏联游击运动的膨胀，以罗森堡为首的一些纳粹官员开始劝说希特勒改善在苏联的占领政策，更多以胡萝卜取代大棒，并争取当地的民族主义势力。但希特勒和强硬派的占领区官员则认为，对苏联占领区采取怀柔政策，不仅不利于掠夺当地的物资和劳动力，轻率扶植当地民族主义的做法，还会为未来带来巨大的麻烦。苏联对西乌克兰怀柔的失败已经证实了这一点。
靠极端民族主义上台的希特勒本人很清楚民族主义所蕴藏的巨大力量，更了解其多变和不可控制：他们固然不会轻易屈服于大棒，但更不会随便就被几根萝卜收买，反而会在萝卜的滋养下膨胀起来。在某些自以为是的政治家，为了眼前的一点利益而随意扶植势力的同时，或许已经为自己的未来挖掘了坟墓。
随着7月和库尔斯克会战的临近，德国军队的后方形势并没有多大改善，只能将游击队的活动控制在一个可以维持的程度上。不过希特勒明白改善后方形势的根本途径。他本人说过：“只有在城堡行动中获胜，我们才能消除盟友的失望情绪，熄灭被我们征服人民的希望”。
