但好景不长。美国的“反恐大业”绵延至非洲，布什政府怀疑当时的索马里政权为国际恐怖分子提供支持和庇护，即全力阻止教派武装组织掌控索马里政权。半年后，随着“伊斯兰法院联盟”被由美国暗中支持、前来帮助过渡政府的埃塞俄比亚军队赶出首都，索马里海盗再度活跃起来。索过渡政府忙于应付首都摩加迪沙以及过渡议会驻地拜多阿等少数几个重要城镇的袭击事件，根本无力顾及其他地区。这给了海盗东山再起的机会，他们在2007年卷土重来。
另有报道称，近期活跃在该海域的海盗中，还掺杂了许多已经“走投无路”的“伊斯兰法院联盟”的武装分子，他们干起了自身曾一度排斥的勾当。
2008年秋季，由于谣传欧盟新组建的“海空混合反海盗部队”将在年底部署到索马里海域，感受到危机的海盗们急于“捞上一票”。在此危机映衬下，当年10月17日尼日利亚海盗劫持8艘渔船共96名船员的事件却并未引起多大反响。
比起索马里海盗的猖獗，索过渡联邦政府的影响力显得有些力不从心。其目前仅能控制摩加迪沙及拜多阿等少数几个重要城镇，且时刻面临教派武装和反政府势力的威胁，处于绝对守势。
如今的索马里，海盗营生已经成为一种颇为成熟的“产业”。据东非“海员援助组织”估计，索马里海域的海盗至少在1000名以上（而过去五六年间一直在100人以下）；而为海盗提供情报、后勤服务的人则难以计数。索马里海盗成分复杂，来源广泛，其中既有本国贫苦的农民和走投无路的当地居民，也有嗜战成性的部族武装分子及军阀残部，还有来自周边国家与地区的“外来务工”人员(这些海外劳工可能是吉布提人、厄立特里亚人，也有可能来自肯尼亚或其他国家)。
而据《环球时报》驻俄罗斯特约记者2008年12月12日说，联合国安理会一观察组织近日出台一份报告显示，索马里沿海共分布着1500名左右海盗，他们共配有小船、快艇、大船总计60艘。安理会计划于12月16日审议针对索马里海盗的新议案，该议案将允许对索马里海盗实行海陆空一体打击。
该报告还说，索马里当地政府掌握很多海盗头目情况，包括宣布独立的邦特兰。但所有当地政府领导对海盗问题都采取放任不理的态度。报告指出，索马里海盗其实已经形成了一个价值数百万美元的工业体系。而且，海盗为了使自己的行为合法化，他们以当地人民的名义，认为自己的行为实际上是在保护本地海洋资源不受外国人的侵犯和保护自然生态环境。这些赎金只是这些船只主人对索马里的必要补偿。他们甚至宣称，自己就是索马里的“海军”。这才是真正的“强盗逻辑”。
但他们的观点其实也有一定的道理：“我们索马里人才是真正的受害者。多年以来，世界上很多大国都到索马里海域捕鱼，几千吨上万吨的现代化渔船，一网下去，刮尽大陆架的海产，就连深海老鱼也不放过（还包括向海里倾倒废物）。索马里国弱民穷，小小木帆船，一支钓鱼竿，怎敌得过欧美、俄罗斯、日本等国家越洋而来的海上霸王？既然联合国规定所有沿岸国家水域有200里专属经济区，那么东洋和西洋帝国主义为何不尊重穷国索马里的主权？”
“况且，人总得活下去，我们只是在美国支持的索马里‘内战’政府的曾经‘授权’下，在生计渐渐断绝中，万般无奈时才‘逼渔为盗’，拿起土枪洋炮，继续这下海收取买路钱的事业，哪算什么抢劫和绑架？这不过是在替政府合法地收回‘专属经济区’的海洋权益，与合理地对过往船只收取必要的管理费罢了。”这很有些中国古代农民起义“官逼民反，民不得不反”的意味了。
