与昏庸懦弱的前巡抚郑祖琛不同，接替郑祖琛镇压太平天国的周天爵是一个具有暴力倾向的老顽固，作为帝师杜受田的门生，周天爵很有理学书生的死硬脾气，一直是清廷镇压流民叛乱的急先锋，在多年的斗争生涯中积累了丰富的经验。周天爵严密布置镇压太平天国的方略，但遭到钦差大臣李星沅和将军向荣的反对。战争里，中枢指挥得当，蒙得恩式的庸才也能建功，指挥不当，纵全军俱是韩信，也会一败涂地。李星沅、周天爵和向荣都是老于行伍的人，也都是自高自大的脾气，各自有一套用兵方案。小皇帝将三人凑成一堆儿，他们谁也不服谁，事权不专，指挥混乱，广西清军乱成一团。而此时，太平天国已经在三里圩准备打一场规模空前的会战。
三里圩是一个适合出奇制胜的战场，这一地区多丘陵，村庄以棋盘状散布其间。太平军以奇兵占据丘陵，居高临下，控制各个战场，又以山为防，在各山口埋伏精兵，扼守进出战场的交通线。在这个沟壑纵横的战场上，太平军将部队主力分数队，在数条战线布置开来，形成大纵深防御阵地，清军既难包围，又无法正面突破。
除了依托地形设防，杨秀清还派出富有权谋心计的部下，查探地形，然后驱使大量精壮男丁，对地形进行改造。太平军先挖断了防御上兵力难敷的交通入口，如紫荆山西面的山路，又使用炸药迫使河流改道，阻挡清军进犯。杨秀清和后来太平天国的老对手曾国藩一样，极其重视阵地工事的修建。他在预备作为战场的村庄，修筑大量工事，防御工事的严密令人惊叹，其“房屋之外，必筑土墙，墙外开壕；壕外又立木墙，木墙外又开重壕。外钉木桩，木桩前立交叉竹签”（《贼情汇纂》卷四）。在石达开的推动下，太平军也十分重视火炮的使用，石达开先前已在家乡铸造大量铁炮，如今派上了用场。杨秀清下令在各丘陵的“山麓厚筑土墙，排列炮位”，为防止清军偷袭炮台，又在炮台对面“多插旗帜，以为疑兵”，同时在炮台前的隘口设防，“于隘口山路陡绝处，堰掘深坑，遍埋竹签”。三里圩虽无坚城，仍被打理得铁桶一般。
后来因“天京事变”臭名昭著的韦昌辉是此次会战前敌总指挥，杨秀清则率大队人马屯其后，作为战略预备队。两线部队依托先前构筑的防御阵地，构成一个方圆三十里的庞大口袋阵，“贼踞东乡之村，头村为韦逆之大渊薮。其地西至东岭、三里圩，有三十里”（《东华录》咸丰卷载周天爵奏）。按杨、韦的作战计划，以东岭、三里圩作为守卫东乡腹地的门户，韦昌辉率精锐部队在此拒敌大队；以台村、灵湖一带淤积的烂泥田作为关栏，靠天然路障限制清军于阵地之中；以山鞍岭作为域限，石达开率兵千人在此依托炮台要塞，阻击清军；而莫村一带则由杨秀清亲率重兵埋伏，等候深入的清军，也随时增援各个战场。各战场彼此呼应，作战体系天衣无缝。
焦急暴躁的周天爵因与李星沅失和，独自赶赴前线决战太平军。周天爵读书读得脑子进水，居然相信说书人岳珂杜撰的岳爷爷朱仙镇“八百破十万”的小说家言，随身只带了一百团勇，在路上又临时招募一百人。岳武穆八百破十万，周天爵今日准备两百破二万五。依笔者看，这病得不轻的周天爵不该学岳武穆的朱仙镇，他应该去学通天教主的朱（诛）仙剑，然后改“爵”为“师”，更名“周天师”，连两百人都不用，单枪匹马，周天师立斩洪杨“妖魔小丑”于马下。
“刘项原来不读书”，老百姓大概是不会看《封神演义》的，“周天师”手持诛仙剑赶到武宣县时，全县百姓因惧兵火早逃窜一空，只余才看完“万仙阵”一回的知县刘作肃独守空县。“周天师”问他“有何准备，答云‘只有一绳’，则大哭”（周天爵《致周二南书》）。周天爵犹嫌兵勇太多，不能成就本天师超越岳飞的功业，于是分兵一百给刘作肃守城，自率一百人破敌，“留兵五十名、勇五十名守、其一百名赴前扎营赴敌”，众军“皆失色”。周天爵天师抬望眼，仰天长啸，壮怀激烈，下令“违我制者斩”，气势汹汹地杀向东乡（这老书生实在迂腐顽固得可笑又可敬）。
