1965年的某一天，大约是《谁在敲我的门？》正在孕育的时候，斯科塞斯做了最后一次告解，此后便再不去参与弥撒。在1991年，斯科塞斯说道：“自那时起，绝大多数时间里我都是在电影里进行我的忏悔。当然，我还会不由自主地带有宗教性的眼光。我在寻找上帝和人之间的联系。”
“耶路撒冷，耶路撒冷”是一个标志，它标志着斯科塞斯开始挖掘自己的早年生活，从中寻找灵魂的存在。主角J.R.反映出青年斯科塞斯的道德敏感和对性的罪恶感。J.R.与一群18岁的天主教男孩子一起参加静修。他心目中的十恶不赦的罪行是手淫，在忏悔时他对此感到难以启齿，最终虽然坦白了，但却委婉地将其表达为“自渎”。“耶路撒冷，耶路撒冷”的绝大部分篇幅都是男孩在复述。他描述了“苦路十四处”“苦路十四处”（Stations of the Cross）指的是耶稣受难过程中的14个关键环节（stations），后来演变成一种宗教仪式。原则上此仪式可在任何时候举行，实际通常在每年复活节前的星期五（Good Friday）举行。在举行仪式的时候，会有14幅画像（或雕塑）来分别描述这14个关键环节，人们依次从14幅画像（或雕像）前走过，宛如重新经历一遍耶稣受难的过程。近年来，许多教会邀请知名艺术家来创作“苦路十四处”，从而使之成为一个重要的行为艺术机会。的内容，还描述了麦克马洪神父（Father McMahon）借助火与硫磺石所进行的关于婚姻与性的布道。这些场景都是斯科塞斯长久迷恋的东西。几个场景进行着快速的剪切：耶稣在十字架上受折磨的场面、从J.R.的视角所看到的鲜血从耶稣的手腕汩汩而出的画面，还有麦克马洪神父讲的寓言故事——一对年轻男女，等不及结婚便匆忙享受性爱。当他们在车内偷欢的时候不幸遇到车祸，双双被烧死在车里，“死时还紧紧拥抱着对方”。在J.R.脑海里浮现出的这些场景，其力量经久不衰，一直延伸到了斯科塞斯的后两部作品中。《谁在敲我的门？》里有一场登高远眺乡间景色的戏。一行人在蜿蜒的山坡上吃力地爬行，这场景便是从“耶路撒冷，耶路撒冷”中的“苦路十四处”脱胎而来。在《穷街陋巷》的一场关键戏中，查理因为仍然相信静修时神父所讲的那个婚前性关系会遭到可怕报应的寓言而受到同伴们的嘲笑。在“耶路撒冷，耶路撒冷”结尾，J.R.在静修结束后返回家中。他躺在床上，刹那间他的房间沐浴在光明之中，“辉煌而动听”的音乐响起，结尾字幕：“为了上帝的更大的光荣。”尽管“耶路撒冷，耶路撒冷”的欢愉结尾背叛了它前面的叙述，但是它所表达出的对耶稣会（Jesuit）的奉献却是严肃的，丝毫没有讽刺意味。该片显然赞美了J.R.在精神上的自我挣扎，并且在结尾煞住了全片的宗教低迷情绪——它是斯科塞斯的《欢乐颂》（Ode to Joy）。
