嘉靖时期的浙江巡抚朱纨试图严格执行“海禁”，并鼓励民众揭发与海寇私通的豪门势家及地方官员。势家大户为了保护自己的利益，便勾结朝廷高官弹劾朱纨，终于迫使朝廷罢免他的职位，朱纨最后服毒自杀56。他的遭遇显示，当时抵制“海禁”的势力是多么强大。
正如今天我们对政府的政策经常出现“保守派”和“改革派”的不同意见，明清时也有不少“改革派”对“海禁”政策持有异议。最显著的有明朝的李贽、徐光启、许孚远、傅元初、陈子贞等，以及清朝的慕天颜、靳辅、李率泰、王来任、蓝鼎元等。他们大都主张开放“海禁”，准许公开贸易，认为只有这样才能杜绝海寇，造福平民百姓，并能够增加政府税收57。也正因为有这么多反对的声音，明清政府才多次放宽“海禁”，并没有认真执行“海禁”。
其实当时的走私活动很多已经是半公开或半合法的，而朝廷的政策也往往是充满矛盾的。比如，广州早在正德四年（1509年）就已开始准许非朝贡船只的进口贸易，后来还得到礼部的肯定，从根本上否定了“有贡舶即有互市，非入贡即不许其互市”的朝贡贸易基本原则58。
葡萄牙人则于嘉靖三十六年（1557年）得到明朝的允许，在澳门定居和通商。他们把澳门作为与日本、菲律宾和印度贸易的中转站。当时正是明朝与日本关系恶劣、倭患猖獗的时候，很多中日之间的贸易便经过葡萄牙人之手，在澳门进行59，而明朝对此亦不过问。
另一个回避明朝禁制的办法便是利用琉球的朝贡贸易。琉球在明初已成为明朝的朝贡国，日本与明朝的朝贡关系中断后，很多日本人便通过琉球，继续与明朝通商。即使到了17世纪初，琉球被日本南部的萨摩藩大名控制后，明朝仍然假装不知，继续允许琉球入贡60。这当中的原因就在于，明朝需要从日本输入白银，作为货币之用。由此可见，日本与明朝的贸易其实从未中断过，而明朝的“海禁”政策在执行时是相当务实的。
我们可以从白银流入中国的程度，一睹明清对外贸易的兴旺。白银在明朝的中后期已成为中国的主要货币。由于中国国内市场规模庞大，因此对白银的需求非常大。但中国国内银矿甚少，所以白银必须依赖外国进口。明清时期世界的主要产银地区是新大陆（占全球产量的85%）和日本（占余下15%的大部分）。在明朝和清初，日本是中国白银的主要来源；到了18世纪，新大陆成为中国白银的主要来源61。据估计，从16世纪中期至18世纪末的两个半世纪内，日本和新大陆出产的白银，有1/3～1/2经国际贸易渠道直接或间接流入了中国62。即使这些估计可能过高，但我们知道在明末清初以及乾隆后期，中国的银价已经和世界的银价差不多63；况且，清初官员慕天颜和靳辅均提到过当时中国社会白银充裕的情况64。这说明在这两段时期，白银的输入已接近市场饱和，同时也间接显示出，明清的对外贸易虽然是在诸多限制的情况下进行的，却仍然极为旺盛。
