成都大学虽然成立了，但因为与成都高师共处一校，引发不少纠纷，学生之间也冲突不断。1926年，参加四川中学校长会议的众多校长联名致函省长公署，要求将高师改为师大，没有成功。第二年高师再次提出这个问题，刚刚诞生的南京国民政府批准国立成都师范大学成立。正在这时，全国范围内有一股成立单科大学之风，五大专门学校也趁机合并，成立了公立四川大学。公立四川大学成立后，还与成都大学发生了争夺原四川高等学校校址的纠纷，经省长公署仲裁，成都大学于1929年迁入原四川高等学校旧址，才解决了这些矛盾。
如此一来，四川高等教育呈三足鼎立之势。其中成都大学经费充足，教师阵容强大，在三所大学中最具实力。相比之下，成都师范大学因为成都大学的分离而元气大伤，再加上经费和师资等问题，到1930年几乎陷于停顿状态。公立四川大学成立后，五大专门学校不仅没有融为一体，而且人均经费仅仅是成都大学的七分之一左右（1930年《全国高等学校统计》，转引自《四川大学史稿》第140页）。在这种情况下，该校人事变动频繁、专任教师太少、图书设备缺?等问题，就很难解决。
1931年5月，四川省政府主席刘文辉在训令中指出：三所大学自“成立以来，数载于兹，别户分门，叠床架屋”，应该予以整顿。10月，刘文辉召集会议，宣布由他担任委员长的四川省政府整理大学委员会成立，并提出合并三所大学的具体安排。经过一番讨价还价，各方面矛盾得以化解，直到1931年11月9日，三所大学完成交接任务，包括四院11系的国立四川大学才正式成立。
三、任鸿隽的改革措施及其成效
四川大学成立后，校务由省政府整理大学委?会代行。1932年2月，经张澜推荐，国民政府任命王兆荣为该校首任校长。王上任后，为提高教育质量和学术水平做了不懈努力，但因经费等问题不易解决，使他心力交瘁，最终于1935年8月辞职。随后，国民政府任命任鸿隽为四川大学校长，并要求他尽快到校处理校务。9月初，任鸿隽飞抵成都正式上任。同年12月，他把家搬到成都，只把上中学的大女儿任以都留在北平。
早在1928年国民政府就任命任鸿隽为四川省政府委员兼教育厅厅长，他没有就任。1931年，他回四川考察成都大学，希望四川的文化能与世界潮流并驾齐驱。这次出任四川大学校长，用他的话来说，是因为国难当头，“乃不得不奉命驰驱”（《科学救国之梦——任鸿隽文存》第687页）。当时的四川在蒋介石的策划和刘湘的经营下，为了阻止红军西进或北上，取消了原来的防区制，并决定军费由中央直接划拨，从而使学校经费有了保证。因此任鸿隽在1935年5月向记者说：“‘国立四川大学在西南方面极为重要，彻底整顿，数年来即有此计划，亦实有此必要。惟以往四川政局不定，整顿计划殊难实现。’现在，防区制打破，整顿川大计划乃趋于实现。”对于任鸿隽的到来，当地舆论也好评如潮，认为任鸿隽是我国学术界少有的人才，他入主川大，是四川教育界的福音，也会给四川文化带来转机。
上任后他明确提出四川大学的两大目标和三大使命。两大目标是实现“现代化”和“国立化”，三大使命是输入世界知识、建设西南文化中心、担负民族复兴责任。这一切，都是为了“把川大办成一座规模宏大、师资设备齐全、有国内第一流学术水平的综合大学。”与此同时，他还把学费从20元降到12元，以减轻学生负担。因此当报纸认为，新校长“是深得从前蔡孑民先生办北大时的遗风”。（《四川大学史稿》第178-180页）
与梅贻琦等人一样，任鸿隽也认为大学的好坏不在于有没有大楼，而在于有没有大师。因此他一上任就把聘请著名学者当作头等大事。他认为原来的教师队伍有两个问题：一是川籍教授太多，有近亲繁殖的危害；二是有些教授思想陈旧，方法不当。因此他宣布重新发放聘书，没有得到聘书的可以另谋出路。与此同时，他四处聘请著名学者前来任教。
1936年9月，任鸿隽在开学典礼上说，经过一年努力，学校在以下三个方面发生变化：
第一是学生人数大大增加，学生人数由原来的四百多人已经增加到六百多。新生中外省人比例很大，这种作法与国外大学招收外籍学生一样，有利于大家开阔视野，交流思想，增进友谊，也与“国立化”目标完全一致。
第二是新聘一批教授，其中有担任过厦门大学副校长和北京大学教授的著名哲学家张颐，有研究西南民族语言的闻宥，有分别在南开大学、山东大学中文系任教的戴家祥和萧涤非，有刚从英国归来的外文系教授钟作猷，史学教授范祖淹、教育学家张敷荣和刚从美国归来的心理学家刘绍禹，有在中央研究院担任过化学研究所所长的王季梁，有在北大任教多年的光学专家张宗蠡，有在比利时研究法学的刘雅声，有在浙江大学森林系任教的程复新，还有曾在清华大学任教、最近刚从美国归来的体育系教授黄中孚……。前后来川大的还有曾经担任中央大学图书馆主任的桂质柏，曾在南开大学中文系任教的刘大杰，著名生物学家钱崇澍等数十人，这些人均为一时之选。据当年曾在这里就读的著名学者王利器回忆：“那时的四川大学很注意教师阵容，尽力网落有真才实学的名家学者来校执教，学校办得很有生气，一时蔚为蜀学中心。”（同上，第183页）
第三是校舍和教学方面有所变化。在校舍方面，任鸿隽经过调查草拟了一个三年?划，要求中央和地方政府每年拨出30万元，先建一座大型图书馆，再将原校址皇城改建成一个大学城。在这个开学典礼上，任校长说虽然经费等问题还需要进一步商讨，但校舍改建的筹备工作已经就绪，马上就可以动工。1937年4月，任鸿隽再三权衡，最后决定将校址定在望江楼附近。不久，新校舍破土动工，后人称这一决策很有远见（《四川大学史稿》第199页）。在教学方面，任鸿隽认为课程标准必须注意两个原则：一要注意打好基础，“即在第一二年级，必须将中国文、外国文，及普通科学修读完毕，到三四年级时然后学习专门功课，免致好高骛远，一无所成?”二要注重培养学生自学研究的能力。他提出“本学期为免除教学上灌注式的弊病起见，除少数特别情形外，所有讲义决定完全废除。要大学多读书，多动手笔记，以养成自动的探讨研求的精神。”（《科学救国之梦》第545页）
