中情局顶尖专家在9 月19 日的《国家情报评估特别报告》里说：“在古巴领土上成立一支可以用来对付美国的核攻击部队与苏联政策不符。”惊疑不定的中情局说：“苏联对古巴的未来军事计划，可能连他们自己也不确定。”这是典型的制造幻象的手法。这一评估在中情局40 年的误判史上本来居于最高峰，直到最近中情局对伊拉克军事形势的分析出错才被盖过。麦科恩独持异议，9 月20 日，他在蜜月期间最后一次发电报回总部，敦促局里三思。分析员叹了口气，然后再看看一位路边观察员在8 天前发回来的消息。这位在情报阶层中处于最低阶的古巴工作员报告说，圣克里斯托巴镇附近有一支由70 英尺长的苏联拖车队，正在搬运一批用帆布盖住、有电话杆大小的神秘货物。中情局的哈尔彭说：“我没听过他的名字，这位工作人员是‘猫鼬’计划的唯一成绩。他告诉我们，有件奇怪的事……空中侦察委员会讨论了10 天，终于批准再进行一次侦察飞行。”
10 月4 日，麦科恩一回工作岗位就对白宫禁止U-2 侦察飞行十分生气。近5 个星期，美国完全没有进行侦察古巴飞行。他和罗伯特?肯尼迪在“特别小组”（扩编）会议上，就是谁禁止飞行侦察问题“发生相当（激烈）的讨论”。禁止的人当然是总统。罗伯特虽承认有必要搜集更多古巴相关情报，但也表示总统最想要的是多进行一些破坏行动：“他敦促展开‘大规模行动’。”他责成麦科恩和兰斯代尔派遣特工潜入古巴探查各大港口，绑架古巴士兵来盘问。这个命令促成10 月间最后一次“猫鼬”任务，中情局在核弹危机最高潮时，用潜艇派出50 名特工和破坏工作专家到古巴。
就在美国情报大乱的时候，99 枚核弹头导弹在10 月4 日神不知鬼不觉地进入古巴，每一枚的威力都是杜鲁门在广岛投掷的原子弹的70 倍以上。就凭这一次隐秘行动，苏联已对美国造成加倍的伤害。10 月5 日，麦科恩来到白宫，力主国家安全系于U-2 侦察古巴行动。邦迪则嘲弄说，就算真有威胁，中情局也查不出来。
近乎彻底的情报震惊
中情局发现导弹10 天之后，将此事描绘为成功业绩，然而当时的掌权者鲜有人这样认为。
总统国外情报委员会几个月后的报告指出：“苏联在古巴导入和部署战略导弹，之所以会让美国彻底震惊，主要是由于评估与回报情报指针的分析方法和功能失调所致。”报告中说中情局对总统“服务不佳”，又说它“未能向政府主要官员提供最正确的（苏联局势）面貌”。此外，该委员会发现“潜伏在古巴的秘密特工不足”，以及“未能妥善运用空中摄像侦察”，并在结论中说“古巴形势方面的情报处理方式，可能是情报系统最严重的缺失，若不加以改正，可能会酿成最严重的后果”。缺失仍然没有改正。2002 年美国未能查知伊拉克军火实情，情况大致相同。
