麦科恩稍后向总统表示：“中情局完全同意……成立此任务小组，并以持续的调查小组形式向我负责。”中情局从1962 到1965 年间，一直在监视鲍德温和另外4 名记者，包括他们的消息来源。肯尼迪命中情局局长执行国内监视计划创下先例，约翰逊、尼克松和小布什总统只是萧规曹随而已。
这次白宫会议的话题终于又转回卡斯特罗身上。麦科恩告诉总统，这7 个星期来，已有38 艘苏联船只停靠古巴，船上货物“可能含有导弹零件，虽然我们不得而知”，但不管有没有，苏联总会帮助古巴提升军力。总统问：“这个问题应该跟是否建立导弹基地分开处理吧？”麦科恩说：“不，我认为两者息息相关。我认为他们是在双管齐下。”
第二天，麦科恩离开华盛顿去度蜜月。丧妻不久刚再婚的他，打算到巴黎和法国南部度假。他写信给总统说：“我乐于随时奉召。要是你真打电话来，我心中的罪恶感便可稍微减轻。”
把报告放进箱子里钉起来
8 月29 日，一架U-2 侦察机飞过古巴，所拍得的胶片连夜冲洗。8 月30 日，中情局分析人员对着幻灯光片低头细看，蓦地叫了起来：我找到SAM 了！是SA-2 “地对空导弹”，也就是在俄罗斯上空打下U-2 的同型武器。同一天，另一架U-2 飞越苏联领空被侦测到，此举违反了美方保证，立即招来莫斯科的正式抗议。
麦科恩在日后表示，古巴有地对空导弹的消息，使得白宫“理所当然地不愿或不敢”再批准新飞行计划。总统命暂代局长职务的卡特将军隐藏报告：“放进箱子里钉起来。”他不能让国际紧张局势变成国内的政治动荡，尤其是在离选举只剩两个月的时候。谁知，9 月9 日这一天，另一架U-2 也在中国上空遭击落。用中情局报告里的话来说，现在国务院和五角大楼“普遍带着厌恶，或最起码是不安的情绪”，看待U-2 侦察机和侦察风险。愤怒的邦迪在腊斯克催促下，以总统名义取消预定的U-2 侦察古巴飞行，并召来主管“空中侦察委员会”的中情局老手詹姆斯?雷伯。“规划这些任务的人是不是想开战？”麦克乔治?邦迪不客气地问道。
9 月11 日，肯尼迪总统禁止U-2 飞越古巴领空。4 天后，第一批苏联中程导弹停靠古巴马里埃尔港，但相片在这历史关键时刻出现一个盲点了，持续达45 天之久。
麦科恩通过电报，从法国里维拉不断督导中情局总部，此时便指示总部应提醒白宫可能有“奇袭危机”。总部并没有遵照执行。中情局估计古巴境内有1 万名苏军，实际数目却是4.3 万名，认为古巴军力为10 万人，其实是27.5 万人。中情局断然否定苏联在古巴建立核武器基地的可能性。
