在革命上的单纯与理想化，并不能掩盖章太炎学术思想的深邃。从他在诂经精舍的两部“涂鸦之作”和后来的政论文章中，我们就可以看出他学问根基的扎实程度。然而，这些还只是冰山一角。
作为学问家的章太炎，无论是在思想史、学术史，还是文学史上，都是中流砥柱，一代宗师，其学问绝对配得上“精深”二字。那么，究竟精深到何种程度呢？我们不妨先来看几个故事。
戊戌政变后，章太炎寓居台湾，结识了一位记者李书。两人闲聊，章太炎问李几岁开始读书，李说大约20岁才延师启蒙。章太炎听后连连摇头，嫌他读书太迟，并说自己六七岁就开始读书，到20岁差不多已经读完了。李书颇为怀疑章还能记得多少，于是随便举出几则自己记得的经书来问，不待李书说完，章太炎就一字不漏作了答复，甚至连哪一句在哪部书的第几页都说得清清楚楚。
1904年，《訄书》修订本在日本出版后，古奥的文辞令不少人望而却步。连他的弟子鲁迅也说“读不断”、“看不懂”。
章太炎有三个女儿，他为她们起名：■■（lì），叕叕（chuò），■ ■（zhǎn）。三个女儿成人后，都才识不凡、如花似玉，但迟迟无媒人来提亲。原来这几个字很多人都不认识，媒人们怕读错了字丢脸。章太炎知道后，大摆宴席邀请亲朋好友，在席间“无意”说出自己给三个女儿起名的意义和读音：四个“工”其实就是“展”的古字，段玉裁注《说文》曰“工为巧，故四工为极巧”……此后，媒人络绎不绝。
写了文章，取了名字，却故意让人看不懂，以示其“曲高”。这虽然为章太炎赢得了上层知识分子的钦佩和门下众弟子的追慕，但同时也造成了才高知音稀的遗憾。
有了这些直观的认识，我们再来看章太炎的著作。章太炎的国学成就大致可分为小学①、经学、史学、文学、诸子学等方面。
小学是章太炎学术的立身之本。章太炎继承了乾嘉学派的作风，“究语言之源”、“综方言之要”。他所撰写的《文始》（1913年）、《新方言》（1909年）、《小学答问》（1908年）、《国故论衡》上卷（1910年）等著作，成为近代语言学的奠基性著作。《文始》是一部汉字语源学的创始著作，用因声求义②的训诂方法，对许慎《说文解字》中9000多字的源头进行了理论的解释。《新方言》通过各地方言的比较研究，以今音证古音，以穷其声转之源。《小学答问》共122条，每条从《说文解字》中的一个字开始，征引相关古籍，阐明其本字、借字如何演变；对于字音相关、字义相同或相反者，则努力揭示其内在联系。《国故论衡》上卷论小学，阐发音理，以音理诠解转注假借之义。
此外，章太炎还创造了58个注音符号，声母36个，韵母22个，上声下韵，相切成音，是中国第一套汉字注音方案。辛亥革命后，被教育部“读音统一会”一致决议采用，沿用了四十多年，直到1958年《汉语拼音方案》公布。
章太炎治经学，笃守古文经，强调“说经者所以存古，非以是适今也”，“学者在辨名实，知情伪，虽致用不足尚，虽无用不足卑”，这与今文经学派“通世致用”的目的正相反。这一点在前文中已经多次说明，我们需要重点强调的是章太炎的“经学史学化”的观点。章太炎继承了清朝章学诚“六经皆史”和龚自珍“六经为周氏宗子”的基本精神，认为“六经皆史之方”，“经外并没有史，经就是古人的史，史就是后世的经”。因此，对章太炎来说，治经就是治史，治史就是治经。同时，他还将历史学从行褒贬、正名分的传统观念中分离出来，赋予历史学以“知古今进化之轨”的功能。
