1904年，《訄书》修订本在日本问世，其全新的内容和观点让人耳目一新，问世不久就因为脱销而再版。这本书代表了章太炎经学史学化的古文经学思想的确立。章太炎与康有为在政治主张上你来我往、唇枪舌剑的高潮时期也随之到来。在这本书中，章太炎通过《订孔》、《清儒》等篇解构了晚清今文家的“六经皆孔子而作”的观点，并且认为“六艺”非儒家所独擅长，将孔学与儒学、经学与儒学区分开，反对康有为认为的“以孔统儒，以儒统经，经儒合一”的主张；而且，他将孔子与左丘明联系起来，认为《春秋》是史书，应该通过《左传》去了解孔子的《春秋》，将孔子定义为“良史”。自此，章太炎终于摆脱了康有为的影响，举起了经学史学化的大旗。
1906至1907年，章太炎被推为《民报》主编后，与梁启超所在的《新民丛报》大打笔仗，使《民报》名气陡增，孙中山提出的“三民主义”思想也远播海内外。比及《时务报》，这一时期章太炎的政论文更加老辣稳重，他条分缕析，笔锋横扫一切，所向披靡，“令人神旺”。
1913年，在读到康有为等倡导定孔教为国教的言论时，章太炎撰写了《驳建立孔教议》。其后，康有为、张勋两位文、武圣人共同导演的一出复辟闹剧为孔教画上了终止符号，也为章、康二人的论争画上了句号。
在民国政坛上，与章太炎理想最为接近的当数孙中山、黄兴等革命党人。
章太炎与孙中山相识是在1899年第一次流亡日本期间。那次见面，章太炎被孙中山“当今中国不流血就不能推翻满清王朝”的议论深深打动，连连叫好，称其“卓识”。
1901年，章太炎割辫明志后，随即著文《剪辫发说》，并将其寄给孙中山。文章很快就发表在了《中国旬报》上，这是孙中山对章太炎行为的无声肯定。
1902年，章太炎第二次东渡日本，再次见到了孙中山。此时孙中山领导的革命党已成气候，日本的大部分留学生开始投入革命党的怀抱。孙中山利用会党内部的结盟仪式，邀请兴中会同志一百多人，举行盛大的欢迎宴会，与章太炎正式定交。这一天，章太炎连喝了七十多杯，竟然没有醉态。居日期间，两人经常接触与交流，在讨论中，章太炎接受了孙中山“平均地权”、“耕者有其田”的革命主张。
三个月后，章太炎回到了国内，先是对自己的理论和思想进行了一番清理，修订了《訄书》，紧接着接受了蔡元培的邀请，参加中国教育会，与其共同创建爱国学社。教学之余，两人经常带领学生到张园演说，公开宣传革命；还一同在《苏报》上撰文，鼓吹排满。《驳康有为论革命论》、《〈革命军〉序》就是在这个时候写的。在这里他还和邹容、章士钊结为了异姓兄弟。正当章太炎在革命浪潮中充分施展其才学的时候，震惊中外的“《苏报》案”发生了，这是清朝末年最大的一起文字狱案。1903年6月30日，章太炎被捕，从此开始了三年的牢狱生涯，曾静、戴震等人的故事在他身上重演。
“《苏报》案”发前，蔡元培、章士钊、吴稚晖等人闻听风声，相继逃往外地。但章太炎照常去报社上班，邹容劝他暂时躲避风头，他只是笑笑，说：“小事扰扰。”当友人气喘吁吁跑来告诉他，巡捕马上要来了，请赶紧离开，章太炎还一边摇头一边说：“革命必流血，吾之被清政府查拿，今为第七次矣。”恰在此时，几个凶狠的巡捕叫嚣着冲了进来，一个小头领从口袋里掏出一张拘票，高声念着章太炎、蔡元培、吴稚晖等人的名字。不等小头领念完，章太炎忽地起身，向前逼近一步，指着自己的鼻子，高声说：“其他人都不在，要拿章太炎，就是我！”其风范直追“戊戌六君子”之一的谭嗣同。
