菅直人与小泽一郎的“孤注一掷”
2002年12月10日，民主党举行了当年的第二次党代表选举，菅直人力克冈田克也，重新掌握了党的最高指挥权。
尽管民主党与自由党的合并构想成为鸠山倒台的直接导火索，但重返党首宝座的菅直人并没有放弃相同的努力。对于已经有过一次“执政”失败经验的菅直人来说，其政治生命已经不起第二次失手。如果作为党代表不能领导民主党在下一次国会选举中取得胜利，自己今后作为大党领袖登上首相宝座的可能性将降低为零。而在小泉内阁压倒性的人气面前，要在选举中赢得胜利，只有与小泽一郎率领的自由党合并以壮大民主党的势力一条路可以选择。但与鸠山由纪夫不同的是，菅直人并没有立即走到两党合并的前台。
2003年5月，菅直人首先向小泽一郎试探两党成立统一会派的可能性，遭到对方的一口回绝。
6月下旬，外界关于小泉将在9月自民党总裁选后不久进行“十一月总选举”的推测日嚣尘上。菅直人意识到，必须在总选举到来之前完成民主党和自由党的合并，留给自己的时间已经不多了。他开始在暗地里加紧推动两党合并的计划：一方面积极游说党内的合并反对论者，另一方面又鼓励部分党内支持合并的国会议员征集声援签名。但当征集联合署名的国会议员采取行动后，作为党代表的菅直人却首先表示了反对意见。在菅“阴奉阳违”的举动背后，是民主党内由来已久的“小泽过敏症”在作祟。
早在小渊内阁时代的1998年秋，民主党与自由党围绕倒阁问题就结下了“梁子”。
在当年7月进行的参院选举中，自民党席位未过半数遭遇惨败。当时小泽领导的自由党在参院首相指名选举中将票投给了“菅首相”，两党开始并肩推翻自民党的战斗。但是在随后的较量中，小渊惠三敏锐地捕捉到了小泽与菅之间的矛盾，加紧分化两者的努力，终使小泽一郎中途放弃与民主党的合作，转而与小渊惠三联手组成“自自联合政权”。
由于自由党的倒戈，民主党陷入空前的孤立之中。自此，民主党内就深深地埋下了对小泽强烈不信任的种子。而在细川内阁、羽田内阁时代就曾与小泽一郎有过合作经历的民主党人对小泽反复无常、独断专行的一面更是心怀不满。
在鸠山由纪夫因为倡导与自由党合并而被“赶”下党代表宝座之后，菅直人与冈田克也围绕下届党首的人选展开了激烈竞争。菅正是因为得到众多合并消极派及合并反对派的支持才得以顺利胜出。因此，菅直人不得不顾虑自己的支持者们的感受，而在公开场合对两党合并的真实意图进行暂时的隐藏。只是，私下里他从来没有放弃对反对派们不遗余力的劝说。
在民主党内部，菅直人一直给人留下自我中心、拙于幕后斡旋的印象，甚至因此得到“急躁菅”的绰号。但在民由合并问题上，菅直人的努力使自己的这一不良形象得到了很大的改观。
在此期间，民主党内部秘密进行了一次关于下届总选举结果的预测调查。
调查结果显示，民主党若单独参加竞选，议席很可能会有所减少。这一结论无疑为菅直人平息党内的反对合并声浪提供了有力的支持。
在加紧开展党内工作的同时，菅也没有放弃在党外寻求支持的努力。据时任自由党干事长的藤井裕久回忆，当时菅直人就民主与自由两党合并一事征求了各方意见，其中就有经济界的重量级人物对他说“民主党非常认真、廉洁，但在某些地方还带有几分书生气。如果能够吸收自由党加入的话，无疑会增加民主党的厚重感”。
