由于谈判进展到商谈两党具体的组织合作事宜，蒋介石自然要开始在打共产党组织的主意了，希望能够借此一并消弥其政治上的影响力。用他的话来说，就是今后对共产党，“甲、应使其取消名称，改编组织；乙、应使其誓行三民主义；丙、应使其承认领袖之地位与权责；丁、应改编其军队为国军”。可“宽纵其经济”，甚至政治亦可从宽，唯应“严限其军额”，“区域则宜严”，总之“不能使之独立”。只有在这种情况下，才可以考虑共产党公开活动的问题。而且“国民大会前其宣传与组织均应停止活动”，以后“共党如其要公开，则应取消其党名”，不准其用“各党各派”字样，应承认领袖之权责，“否则不准其公开活动”。《困勉记》卷四十二，1937年5月12，17，25，29日条，台北国史馆藏蒋中正档案。
为了尽快实现这一目标，蒋介石于22日电告顾祝同，要他通知周恩来月内可来庐山会面。在与中共中央电报往返后，周恩来决定27日飞沪再转往江西九江附近的庐山牯岭，同时拟就了与蒋介石商谈的几方面问题的腹稿。
周恩来所拟关于两党关系方准备讨论的问题包含：两党共同纲领问题；两党组织结盟或改组国民党容纳共产党问题；释放被捕中共党员及爱国人士问题；发表共同宣言或共同声明，以及发表边区名义及其委员会（以林伯渠、张国焘、秦邦宪、董必武、徐特立、高岗、郭洪涛及张冲、杜斌丞为委员）问题；改编红军、发表名义（以朱德、彭德怀、林彪、贺龙、徐向前、刘伯承为正副司令及各师师长）问题；正规军经费六十万，学校五万，地方行政及武装十五万，遣散及善后六十万，收回苏票一百二十万等问题。与此同时，周恩来还计划与蒋讨论修改国民大会选举法、修改宪法草案及中共参加国和国防会议等问题。
27日，周恩来飞抵上海，之后于6月4日经南京转庐山。蒋介石这时已上庐山多时。因此，周恩来一到牯岭，立即就准备商谈的问题向蒋介石提交了一份书面提纲，要求尽快会谈。提纲包括两方面内容，共十八个问题，而最主要的问题有八个，即：
一、纲领及组织问题；
二、停止剿共，释放政治犯及整理各边区问题；
三、边区政府组织问题；
四、改编红军为三或四个师，计四万五千人，学校千人，地方部队约一万人，工兵约一万人，遣散约一万人，共计八万余人；
