太平天国在长江流域兴风起浪的同时，黄淮地区亦狼烟四起。变民团体之多，人数之众，势头之猛，对大清帝国威胁之严重，丝毫不亚于太平天国。由于这些变民团体大多由一种叫做“捻”的民间组织发展而来，故而后世历史学家笼统称之为“捻军”。
“捻”为淮北方言，意思是“一股”或“一伙”。安徽、河南一带农村在迎神赛会时，人们将一种特殊的纸张搓成“捻子”，蘸上油脂点燃，用来驱除疾病和灾难，类似于其他地区求神拜佛时燃香点烛之举。后来，这一地区的游民结伙外出的行为就被人们形象地称作“结捻”。
黄淮地区的部分农村有溺杀女婴的恶俗，这种因为生路艰难而迫于无奈的做法导致该地区性别比例严重失调，高达五分之一的青壮男子在应当娶妻生子的时候，却不能得偿所愿。没有正常家庭生活的青壮年男人们遂成为一个燥动难安的群体，或四处游荡，或啸聚成党，此即为最初结捻之由来。自1790年代以来，安徽北部、江苏西北部、河南中东部、山东西南部等地区的乡民，一直流行结捻外出谋求生计——当然少不了打家劫舍——“居者为民，出者为捻”。每一股称为一捻，少则几人、几十人，多者二三百人，越是荒年，人数越多。
黄河、淮河为中国境内两条令人恐怖的河流，它给予两岸尤其是中下游居民的利益远远少于它所带来的灾难。两河溃堤、决口、改道的记录不绝于史，而每一次溃决改道都是一场凶残的屠杀，滔滔黄水从天而降，犹如脱缰的野马，肆无忌惮地吞财噬物，幸而没有被洪水屠杀的居民则面带惊恐和绝望的神情，于荒郊旷野流浪。1850年代，大清帝国忧患深重，政府修明尽失，黄、淮河堤疏于修护，溃决不时发生。1850年，淮河在苏北决口，“徐州至扬州，方圆数千里，庐舍禾稼荡然无遗”；1851年，皖北地区久雨成灾，黄河在江苏北部的丰县地段决口；1855年，黄河在河南开封以东的铜瓦厢大决口后，下游改道北向，冲出一条流经山东半岛的新河道。流离失所而又饥馑难耐的农民，在生与死的苦苦挣扎中纷纷入捻，新一轮的结捻步入高潮。
捻军在1855年后能成功地控制着苏、淮、鲁、豫的一些地区，还必须归因于大清帝国鼓励团练自卫组织的尝试在黄淮、华北地区出人意料的失败。在南方太平天国活动的数省，上层绅士常主动组织团练和兵勇，但在皖北、河南、山东和直隶等省则不同，显贵士绅很少真正愿意亲自采取这样的措施。因为，农村的动乱非常普遍，拥有大量家财的显贵士绅都不愿把武装和不可靠的人安置在周围，他们非常愿意住在城市，在城里兴办城团或练勇，而捻军运动恰恰在乡村集镇这一层结构上，才能够蔓延扩大——集体抗税的农民、游手好闲的乡众和异端教门等心怀不满的集团早就潜藏其中。
捻军的兴起还重新激起了这一地区白莲教的复兴欲望。1850年代后期，在安徽、河南的一些村庄和集市中出现了“顺天军师” 王庭桢率领的一支约有五千人的教派军队，他们身穿鲜红上衣，手舞飞刀， 号称无敌。但他们并不是真的无敌，几个月以后，即被政府的军队击垮。
几年之后，另一支具有白莲教传统的教派在山东归德爆发。教首郜永清预言“大劫”将降临这个世界，但他可以帮助信徒脱灾免祸。河南的一些盗匪、安徽的一支捻军先后加入了这个教派。郜永清率领他的信徒们采取的军事行动持续了一年多时间，才在政府军队猛烈的炮火中消失。
捻军在黄淮地区的侵扰不但鼓励了抗税，激活了邪教，同时也助长了盗匪活动。许多地方的盗匪纷纷打出捻军的旗号，干着杀人越货的下游勾当。更有甚者，则以手中掌握的武装力量为资本，利用政府与捻军的对立，采取骑墙姿态，希望能左右逢源。出生于安徽凤台的苗沛霖就是这样一个恶棍式的人物。他在淮河中部地区控制了一支强大的武装部队，时而打着捻军的旗帜，干着偷鸡摸狗的营生，时而接受朝廷的封赏，极尽打击排挤捻军之能事，反复无常，毫无原则，随时都能与任何人结盟。苗沛霖的出现意味着黄淮地区的社会局势实在是糟糕透顶。
除了初期漫不经心的原因之外，大清帝国在1850年代一直被太平天国所困扰，这在客观上促使了黄淮地区各种民变武装的疯狂发展。1858年，张乐行及其友军选择了与具有围城战丰富经验的太平军结盟的道路，“听封而不听调用”，以取得太平军的帮助。这之后，他的部队夺取了淮北的大城市怀远以及洪泽湖附近的一批大城镇，扼住了来回于苏北和安徽之间的私盐贩子必经的水道，在控制这个地区的两年时间里发了横财，一时声威显赫。
与此同时，山东、河南的捻军也有了惊人的发展，直隶南部则盗匪猖獗。而此时，英法联军已经攻入北京。但迫于情势，手忙脚乱的帝国政府还是决定将剿捻列入议事日程。1860年底，圆明园余烬未灭，那位先在天津大沽炮台重创英军、而后又在北京八里桥全军覆灭的蒙古亲王僧格林沁，率领三千五百名骑兵、两万名八旗步兵和五千名绿营军开到山东济宁。一直到1865年5月被捻军击毙之前，这位蒙古亲王是华北平原上最忙碌的人。在大军到达济宁的两年之后，他的努力终于取得成效。在安徽亳州一次据传有二十万捻军参战的战役中，僧格林沁赢得了决定性的胜利。英雄盖世的张乐行于被俘之后，被刽子手先用铁钩从肛门里拉出肠子，然后凌迟处死。
但顽强的捻军并未就此覆灭，赖文光 任柱等人领导的东捻军继续在中原地区活动，张宗禹领导的西捻军则进入西北与之呼应。僧格林沁死后，平定太平天国的两位功臣曾国藩、李鸿章先后出任剿捻总指挥。张乐行惨死后六年，赖文光在扬州被处死，张宗禹跳入徒骇河不知所终。至此，由多灾多难的农民点燃的捻火终于在帝国的腹地被浇灭。
大火之后的现场一片凋零。
