大战在即，而长沙与武汉只有300公里之距，一旦武汉失守，敌人必溯水而上，长沙势难独撑。面对危局，无论是刚组建不久的临时大学，还是中央研究院在长沙的研究所，又一次面临迁徙流亡的历史性抉择。
何处才是安身之地？长沙临时大学委员会在迁往重庆还是昆明之间摇摆不定，有师生认为立足方定，正好弦歌不辍，倘再兴师动众迁徙，不但劳民伤财，荒时废业，甚至是杞人忧天，自寻烦恼。湖南省政府主席张治中闻讯，同样认为迁校无此必要，并表示：“即使长沙不安全，尽可以在湖南另找一地，省政府仍愿全力支持办学。”[17]广西省政府听到消息，迅速派员赴长沙与临大常委们接洽，积极建议迁到桂林或广西别的安全城市，广西政府和人民愿意倾全力支持云云。
对于这些建议，常委会经过慎重考虑，认为武汉万一弃守，长沙必遭攻击，到那时整个城市将陷入混乱和战火之中，再想从容迁徙就万般困难了，其前途也将不堪设想。为学校能够从容不迫地办下去，必须未雨绸缪，在长沙遭受敌军攻击之前就要转移到一个相对安全的地方。经过反复研讨，常委们最后决定迁往云南省会昆明，其理由是 ：昆明地处西南，距前线较远，且有滇越铁路可通海外，采购图书设备比较方便。更重要的战略意义还在于，一旦内陆全部被日军攻占、封锁，还可通过滇越铁路在西南之地甚至海外予以周旋，为民族复兴保存最后一批文化种子。时为云南省政府主席的龙云闻知，表示出极大热情。但此人属于独霸一方的军阀，号称云南王，与蒋介石面和心不和，被蒋视为脑后长有反骨，需日夜提防的三国时代魏延一类的人物（南按：后来的事实证明了这一点）。因而，对于这一方案，尚不算糊涂且深谙官场规则的王世杰与教育部官僚均不敢定夺。蒋梦麟于焦急中径直赴武汉面见蒋介石陈述，但不便向车胎上扎针--泄气，直白地说一旦武汉弃守之类的丧气话，只说昆明可通安南直达海外等等，蒋介石心知肚明。经过反复磋商，终于在1938年1月上旬得到最高当局批准。
1月20日，长沙临时大学第43次常委会作出即日开始放寒假，下学期在昆明上课的决议。规定全体师生于3月15日前在昆明报到，同时通过了一系列迁校的具体办法，组建了由蒋梦麟为主任的昆明办事处。2月15日，蒋梦麟飞赴昆明，主持建校事宜。
就在临时大学高层人物蒋梦麟等来回奔波商讨迁校之际，中央研究院长沙工作站委员会几名常务委员，也在紧急磋商进退办法。此时，中央研究院院长蔡元培已转往香港，傅斯年随中研院总办事处迁往重庆。在群龙无首的境况中，中研院在长沙几名委员的讨论未能达成共识，谁也不知要流落何处更为有益。梁思永以中研院长沙工作站委员会常务委员的身份，与史语所代所长李济共同召集所内主要人员开会，商量本所的去留问题。经过一番仁者见仁、智者见智的激烈争论，尽管未能最终确定目标，但总算拿出了一个大概的应对策略，这就是许多年后石璋如在他的回忆录中所说：“为了此地同仁的安全，不能够留在长沙工作，要再搬家。搬家的地点目前虽然还未确定，只有一个先决原则：同仁的家庭没有沦陷的话，就先回家；家庭沦陷的话，可以跟着所走，只是地点未定；若不想跟着所走，也可以自便。决定此一原则之后，就让各组自行商量。”[18]
史语所考古组（三组）经过协商，决定先把个人手头的工作尽快结束，全部交付主任李济处，尔后再谈个人去留问题。经过几天的紧张忙碌，所有资料全部收集起来，按顺序打包装箱，倘日后有其它人接手，可以按照原来的顺序继续工作，不至于茫无端绪。待这项工作结束后，李济召集考古组全体人员集会，议决各人的去留问题。商量的结果是：李济是组主任，不能走；董作宾专门研究甲骨，安阳出土的所有甲骨都需要他负责保管研究，因而也不能走；梁思永正研究殷墟遗址西北冈出土的器物，同时又是中央研究院长沙工作站管理委员会常委，即使走，也要等各所的事务告一段落才能走，因而暂时不动。同时，李、董、梁三人属于中央研究院的高级委员，各自都带有家眷，上有老，下有小，所谓拖家带口，真要走也不是件容易之事，不到万不得已，前行的脚步是不易迈出的。
李、董、梁“三巨头”无法脱身，史语所考古组的“十大金刚”却要各奔东西了。
老大李景聃是安徽人，家乡尚未沦陷，表示乐意回去。老二石璋如是河南偃师人，当时洛阳一带还在中国政府的控制之下，偃师属于尚未沦陷的洛阳地区之一部分，因此石璋如也要回家乡暂住。老三李光宇是河北人，家乡那个偏僻村落虽没进驻日本鬼子，但他一直负责管理三组的出土器物，因而不能走。老四刘燿（尹达）是河南滑县人，家乡已经沦陷，他自己表示要投笔从戎，奔赴延安投奔共产党抗日。对于这一抉择，众人觉得中央政府领导的国军就在眼前，与整个中华民族生死攸关的武汉大会战即将打响，而刘氏却弃而不投，偏要远离血与火交织的正面战场，越长江，跨黄河，跋山涉水，不远千里到后面的山沟里来一个“敌进我退，敌跑我追”的游击式抗日，颇有些不可理喻和过于“圆滑”，并担心这种“游击”会不会变成介公所说的“游而不击”。但想到人各有志，天要下雨，娘要嫁人，也就不再理会，随他去罢。[19]
