清崇德五年，即明崇祯十三年(1640)，降将祖可法、张存仁等联名上疏皇太极，力主“直捣燕京，割据河北”。然而，他们也知道皇太极有自己的主张，未必接受这个方案；就又提出另一方案：
如欲不加攻克而先得宁锦，莫如我兵屯驻广宁，逼临宁锦门户，使彼耕种自废，难以图存，锦州必撤守，而回宁远；宁远必撤守，而回山海。
这个方案在祖可法看来是下策，他们提出来无非是供皇太极选择而已。皇太极却恰恰赞成这个方案。因为他认为要想进取明朝京师，就必须先攻取山海关，而宁锦防线不打破，要攻取山海关是不可能的。于是，皇太极决定先攻锦州。锦州是关外明军仅存的两个重镇之一。自明清争战辽西以来，锦州的战略地位日益重要，成为明在辽西的前沿阵地。锦州周围有松山、杏山、塔山三城，是卫护锦州的军事据点。但这三城都在锦州南向，离清军最近的是锦州城；如果锦州城被清军攻破，松山、塔山、杏山自不能保。如何进取锦州，皇太极选取北边的义州(今辽宁义县)作为进取锦州的基地。义州处在锦州和广宁之间，位于大凌河畔，土地肥沃，是产粮的地方。他派人至义州修城、屯田，作夺取锦州的准备。
皇太极决心取锦州之后，都察院参政梅勒章京张存仁提出：
坚持围困之策，截彼侦探，禁我逃亡，远不过一岁，近不过数月自有可乘之机。
这个建议还提到争取明军投降的事，有人认为祖大寿以前降而复叛，未必有颜再降。张存仁等却认为，祖大寿会“惟便是图”，他“本无定见，一当危急，束身归命矣”。皇太极接受张存仁的“围困之策”。以往，清军几次强攻锦州，都没有成功，他派人去义州修城、屯田，目的就是为了围困锦州。张存仁的建议正合了他的心意。崇德五年四月底，皇太极亲至义州巡视，而后又到锦州城外察看地形，部署包围锦州的兵力。
明王朝在侦知皇太极准备攻打锦州的行动以后，崇祯帝立即下诏“倍加侦备，勿得少有弛懈”。而后，他又下严旨，命“该督抚镇密筹方略”，限定日期，向他报来。有的大臣还明确意识到清军目标是锦州和松山。洪承畴急令前锋总兵祖大寿、辽东总兵吴三桂等扼守锦州、松山。但是，洪承畴对清军这一行动思想准备不足，认为那时清军刚从内地剽掠不久，且皇太极又提出和明廷达成和议。洪承畴对崇祯帝说：
属夷明暗等屡乞抚赏，今后若建虏不入西协，则抚赏如故。否则寻祸无疑，即革赏进剿。
崇祯帝同意这个意见。从洪承畴的建议看，他一面怀疑清军确有主抚诚意；一面认为如清军进西协，即“革赏进剿”，好像主动权完全操在明军一方。至于清军的真正目的及其危险性，他似乎还没有估计到。洪承畴任蓟辽总督以后，对辽事还处在调查研究之中。崇祯十三年正月，洪承畴对宁远一带的军事指挥进行调整。他指出：
宁远城有镇监抚道等官，营伍纷杂，事权掣肘。
因命军务听总兵官节制。凡监抚按镇同城并如之。
可知洪承畴是在逐步理顺宁锦的指挥系统。这时清军已在义州筑城，并在义州附近屯田，显然，清军在义州筑城、屯兵、屯田，目的是在于进取锦州。但是，对清军的举动，明朝大臣认识并不完全一致。辽东巡抚方一藻在给崇祯帝回奏的方略中认为：
