卷二 味经
先生所著书，生前未刊板行世，外孙刘逢禄致力推誉，孙绶甲录寄粤东，阮元闻先生“践履笃实，于六经皆能阐抉奥旨，不专专为汉、宋笺注之学，而独得先圣微言大义于语言文字之外”。刻《春秋正辞》于《皇清经解》，以为先生所学与当时讲论或枘凿不相入，故秘不示人。
阮元《庄方耕宗伯经说序》曰：“元少时受业于李晴川先生，先生固武进庄方耕宗伯辛卯会试所得士也。常为元言宗伯践履笃实，于六经皆能阐抉奥旨，不专专为汉、宋笺注之学，而独得先圣微言大义于语言文字之外，斯为昭代大儒。心窃慕之。
“岁丙午，与公之文孙隽甲同举于乡。是时，公已解组归田，未及以通家子礼求见，亲炙其绪言也。公之弟学士本淳公之子述祖官山东，元视学时，常叹其学有本原，博雅精审，为不可及。岁辛未，公之外孙刘逢禄应春官试，馆于邸寓，公之外孙宋翔凤亦时来讲学，益叹公之流泽长也。
“元于庚寅岁建学海堂讲舍于粤东，思欲蒐采皇朝说经之书，选其精当，胪其美富，集为大成，为后学津逮。兹刘君从其外兄庄绶甲录寄宗伯公遗书凡□种。元受而读之。《易》则贯串群经，虽旁涉天官分野、气候，而非如汉、宋诸儒之专衍术数、比附史事也。《春秋》则主公羊、董子，虽略采左氏、穀梁氏及宋、元诸儒之说，而非如何邵公所讥倍经任意，反传违戾也。《尚书》则不分今古文文字同异，而剖析疑义，深得夫子序《书》、孟子论世之意。《诗》则详于变雅，发挥大义，多可陈之讲筵。《周官》则博考载籍，有道术之文为之补其亡阙，多可取法致用。“乐”则谱其声，论其理，可补古“乐经”之阙；《四书说》敷畅本旨，可作考亭争友，而非如姚江王氏、萧山毛氏之自辟门户，轻肆诋诘也。
“公通籍后，在上书房授成亲王经史垂四十年。所学与当时讲论或枘凿不相入，故秘不示人。通其学者，门人邵学士晋涵、孔检讨广森及子孙数人而已。文孙绶甲虑子孙之不克世守，既次第付梓行世，元复为之序其大略，刊入《经解》，以告世之能读其书者。”(庄存与：《味经斋遗书》卷首，1～2叶)
按：《皇清经解》收先生《春秋正辞》十卷之一小部分。
先生撰著，亦曾单本刊行，如《八卦观象篇》，由邑人李兆洛刊布。
薛子衡《八卦观象篇跋》曰：“先生经说多已刊布，是书则今岁吾师申耆先生始刊行之。余又得先生之孙经饶先生写本校正焉。道光十八年，岁次戊戌八月，同邑后学薛子衡谨跋。”(庄存与：《味经斋遗书·八卦观象》后跋)
朱景昌亦有跋：“方耕先生遗书，大半多已刊行，是书则吾师申耆先生今岁校刊也。剞厥既就，以景昌习于天官家言，命疏其所以故，述其略例如右。道光戊戌季秋月朔，江阴后学宋景昌谨跋。”(庄存与：《味经斋遗书·八卦观象》后跋)道光间，《味经斋遗书》刊行，阳湖庄氏藏版；光绪八年重刊。所著书目为：
《易》一
《彖传论》一卷《彖象论》一卷
《系辞传论》二卷《八卦观象论》二卷
《卦气解》一卷
《书》二
《尚书既见》三卷《书说》一卷
