一个庞大而又复杂的机构
中情局是美国情报系统的总协调机关，也是美国从事情报分析、秘密人员情报搜集和隐蔽行动的重要机构。中情局的每一任局长都是由美国总统亲自任命的，这些局长同时还常常要担任总统和国会的高级情报顾问，常被称为总统的“耳朵”。中情局成立后，杜鲁门总统每天接见的第一个人总是中情局局长。
中情局的在编人员常年保持在16500余人。不过据有关人士推测，其实际人数可能远远超过了这个数字，最多的时候甚至突破了5万人。
中央情报局总部的组织机构非常庞大而且复杂，主要有局长办公系统、秘密行动司、行政管理司、情报司、科学技术司等，分别管理有关业务。
美国中央情报局徽章
中央情报局局长也是中央情报主任，他负责管理整个美国情报界的活动。中央情报局分为四个主要组成部分，每一部分由一名副局长领导，还有六个直接归局长和副局长领导的办公室，如总审计办公室、总监办公室、平等就业机会办公室、人事主任办公室、政策与计划主任办公室等。
情报策划与协调小组是20世纪90年代初成立的一个专门协调情报工作的部门。它的主要任务是为情报工作规划今后的新路线，探索在冷战结束后的形势下情报工作需采取的应急措施；在密切注意俄罗斯情报动向的同时，搜集日本、欧洲等各国竞争对手的经济战略、市场目标及研究开发项目等方面的情报，把握世界经济动态；负责搜集违法武器交易、器材机械出口、国际技术合作等方面的情报；确保中央情报局的工作能够得到不断的调整，以便更加适合美国对外战略和国内政策的需要。
秘密行动司是中央情报局最大的一个部门，它一般把情报工作和特殊行动混在一起，其成员分别从事普通间谍活动和特殊隐蔽行动。秘密行动司一方面作为最大的对外情报部门，以驻外使领馆为基地进行情报搜集工作，另一方面还是中央情报局隐蔽活动的主要执行机关。在国外从事策反、颠覆、和平演变，甚至绑架、暗杀等特殊隐蔽行动。
秘密行动司下设十五个处或组，分别是六个地区处、一个国内行动处、一个特别行动处、三个参谋组、三个服务处和一个管理服务部。
六个地区处：
远东处、欧洲处（西欧处）、西半球处（拉美和加拿大处）、近东处、东欧处和非洲处。这些地区处大致相当于国务院的各地区司。地区处主要负责对这些地区的国家进行谍报、情报、准军事活动的领导，这种领导主要通过设立在这些地区的驻外分站来进行，而这些驻外站或分站通常设在这个派驻国的美国大使馆和领事馆里，有的则设在这些国家的美国军事基地内。
国内行动处：
实际上也是一个地区处，主要是在国内进行隐蔽行动。
特别行动处：
是一个类似于地区处和参谋组的混合体，主要负责为国外的准军事行动提供人力、物力和雇佣军以及执行任务时所需要的专门技术。
三个参谋组：
包括外国情报参谋组、反间谍参谋组和隐蔽行动参谋组。这三个组负责监督各自专业方面的作战方针，并尽可能为各地区处、驻外站和分站提供帮助。
三个服务处：
包括专勤特项处、行动服务处和技术服务处。专勤特项处主要负责秘密行动司的行政计划和预算，并将隐蔽行动的必要性写成报告上送审批；行动服务处主要负责为间谍、特务的伪装和掩护做出安排；技术服务处主要负责制造各种间谍情报器具，如伪装品、微型相机、录音机、密写器材等。
管理服务部：
管理服务部包括：行政管理司、情报司、科学技术司。
行政管理司：
主要负责管理中央情报局技术设备，负责为中央情报局招募谍报后备人才，并负责这些人员的训练和培养；也负责全局的通讯密码的编制与破译，同时还从事一些反间谍侦查工作，如该司经常对一些外国策反人员进行精神状态分析和测谎试验等。
情报司：
它是中央情报局的主干机构，主要负责对外情报的搜集，尤其是对这些情报的鉴定、评估、分类，以及进一步的、详尽的分析与研究。编写《情报动态报告》，供总统和总统周围的核心人物参阅。
情报司下设的分支机构主要有：政治情报研究处、战略情报研究处、动态情报研究处、图像情报研究处、地理制图研究处等。
科学技术司：
科学技术司是中央情报局最小的一个司，其主要职责是进行基础研制工作、侦察卫星操纵及对尖端技术领域的情报进行分析研究，负责中央情报局的电子信号情报处理，把一些尖端技术应用于情报工作的研究活动。该司有工作人员1300余人，大多是一些高水平的电子和空间技术领域专家。科学技术司下设六个业务室、一个国家级的图片判读中心和一个完善的图片资料库。
中央情报局除上述庞大而复杂的总部之外，还在美国20多座城市设有分局，进行着广泛的情报活动，它还在130个国家和地区设有情报站，派有情报人员，大部分以外交官的身份作掩护。
中央情报局总部的几个系统之间、分局和分局之间，彼此都互不通气，更不得泄露自己的活动秘密。譬如，情报司虽然可通过秘密行动司得到情报，但这情报是谁、通过什么方式和途径得到的，却完全属于秘密；行政管理司按照秘密行动司的要求提供一切秘密行动的设备、物品，但不能过问其内容和目的。中央情报局就是在其内部，也被保密的帷幕遮盖得严严实实的。
中央情报局除了本部之外，还设有几个属于它的独立机构，如：
美国技术转让估价中心：美国中央情报局为稽查泄露工业技术情报的公司和个人而设立的专门机构，负责研究和通报这方面的情报和存在的问题。
美国全国间谍情报任务分配中心：由美国第13任中央情报局局长盖茨于1992年设立。通过该中心，建立起全国协调一致的情报任务分配机制，即把情报任务分配给那些获取情报可能性最大、承担风险最小、所用经费最少的间谍区完成。
特别行动小分队：这也是中央情报局的一个重要部门。他们采用最新技术，运用各种变幻莫测的手法，在各国首都、军事基地等要害部门进行电子侦察工作，用一般人意想不到的方法获取重要情报。
情报解密工作处：该处是20世纪90年代初，盖茨上台后，为推动中央情报局“公开化”进程而成立的。它的主要任务是研究历史性情报问题，比如公开U-2飞机秘密档案等等。
中央情报局成立之初，就存在诸多重大的先天缺陷。它的功能原本是要整合各部各局的情报，可是一开始就遭到五角大楼和国务院的反对，因为中情局不归它们管辖，它们也不看好中情局；另外，中情局的隐秘性也常常和美国民主的开放性相抵触。
但是在美国民众眼中，中央情报局却一直被看成是“白种男子的精英组织”。它对谍报人员的招聘工作虽然有自己一套严格的程序和考核制度，但是到了后来也就变得不拘一格了，由原来的秘密招聘变为公开招聘，甚至不惜重金花钱做招聘广告。
