平定浙南
1861年8月20日，咸丰皇帝在热河驾崩。此时也身患疾病的左宗棠接到哀报后，感念先帝的恩遇，悲伤不已，于是决定在军中举行哀礼。咸丰帝去世后，11月2日，慈禧太后联合恭亲王奕等人，解除了咸丰皇帝遗命的载垣、肃顺等八名“赞襄政务王大臣”的职务，开始垂帘听政，夺得了清朝的最高统治权，并将新继位的年仅六岁的皇帝载淳的年号由原拟的“祺祥”改为“同治”，慈禧太后开始左右政务。慈禧太后掌权后，进一步对在镇压太平天国起义中崛起的汉族地主阶级地方实力派加以重用。不久，另一著名湘军将领胡林翼在武昌病逝。胡林翼是左宗棠的至交好友，几十年来一直在保护和支持着左宗棠。左宗棠得知这一噩耗后更是感伤，为之痛哭不已，作《祭胡文忠公文》以表哀思。
胡林翼的逝世，对于左宗棠来说，损失是难以估量的。官场上，左宗棠交友不多，骆秉章和胡林翼算是他的两位挚友了。此时，骆秉章年及七旬，去日无多，而跟左宗棠同岁的胡林翼突然辞世，使他在官场中成为独行者，仕途变得充满暗礁和漩涡，凶险莫测。
慈禧太后
这时，湘军鲍超部已经击败了江西的太平军，湘军水师也已攻克池州，而太平军却接连在浙江战场相继攻占了严州与绍兴。左宗棠纵观东南诸省形势，提议以全军增援浙江。曾国藩对此极力表示赞同。在稍后上给清廷的奏折中，他称赞左宗棠用兵“取势甚远，审机甚微”，还说他“毅然以援浙为己任”。
不久之后，浙江的太平军又攻占了宁波与台州，围攻杭州，攻势日益加强。于是，曾国藩与左宗棠商议，先巩固徽州防务、保卫饶州和广信，再伺机出兵浙江。
左宗棠在赣北的战事，对牵制太平军西征和确保曾国藩集中兵力围攻安庆的战略起到了重要的作用。太平军黄文金部和李世贤部均在赣北受到重创而分别退至皖东和浙西。李秀成部太平军绕道江西腹地抵进湖北时，陈玉成的北路太平军已从湖北撤兵两月而去救安庆之急，李秀成见状便从湖北经江西也进入了浙江。而曾国藩则在赣北之战后从祁门移营进驻集贤关，加紧对安庆的围攻，并于9月5日攻占安庆。
安庆陷于湘军之手，使太平天国都城天京上游失去了屏障。太平天国试图通过西征而解安庆之围的计划破灭，从此，太平军对清军转入防御阶段。
李世贤在赣北失利后转进浙江，攻克常山、寿昌、金华、义乌、严州等地，控制了浙中地区。李秀成进入浙江在严州与李世贤会面商议后，随即进兵攻克临安、余杭等地，并于12月29日攻破杭州。这样，浙江大部已为太平军掌握，并与苏南根据地连成一片。但是，这些并不能弥补太平天国在皖北战场和天京上游的损失，此时太平天国在军事上的不利局面已经难以扭转了。
在11月的时候，清廷令曾国藩统辖江苏、安徽、江西和浙江军务，巡抚、提、镇以下文武官员皆归其节制。同时，令命左宗棠督办浙江军务。大权在握的曾国藩决定把大营移到安庆，以对天京实施合围。他部署了三面进攻太平天国的战略：由曾国荃率湘军主力从安庆沿江东下，主攻天京；李鸿章带领新组建的淮军进入上海，主攻苏南；左宗棠率领楚军进取浙江。这时，清军在浙江的地盘，除杭州城以外，只剩下衢州、温州与湖州。温州和湖州已经被太平军团团包围，只有衢州与江西接壤。在李秀成的太平军攻占杭州后，曾国藩上了一道密疏，奏请清廷提拔左宗棠为浙江巡抚。随后函告左宗棠，称“目下经营浙事，全仗大力，责无旁贷”。
曾国荃
第二年年初，获得了专折奏报权力的左宗棠，首次以自己的名义向清廷呈递奏疏。他陈述了自己节节攻占、步步为营的战略考量，希望清廷不要强迫他挥师冒进，以免楚军陷入太平军重围。同时，他分析了浙江清军战败的原因在于当局未曾重视选将练兵，而将本省防御托与外省的部队。他提出要对浙江的现有兵力严加挑选淘汰，增强纪律，严明赏罚。另一方面，他又强调浙江形势严峻，而他手下人才匮乏，兵力不足，请求清廷允许他从各地湘军大帅麾下抽调将领和兵力。他请求清廷批准蒋益澧招募几千兵力前来浙江，并批准刘培元招募三千兵力驻防衢州。
此时左宗棠仍然不忘遵循“兵马未动，粮草先行”的古训，反复向清廷强调楚军在缺饷的情况下不可能在战场上获胜。他要求清廷尽快责成为他提供军饷的各省各地官府，不得拖欠军饷，否则他便要向朝廷参劾那些有意推诿、玩忽职守的官员。清廷最终同意左宗棠的奏请，还任命左宗棠补授浙江巡抚，于是左宗棠终于一跃而成封疆大吏。
浙江与天京、苏南同为太平天国后期的主要基地。李秀成、李世贤兄弟锐意经营江浙，在浙江布有重兵。李秀成在攻克杭州后，北进江苏，两次攻打上海，随即又率兵救天京之围。浙江战区主要就由李世贤负责，他以金华为中心，以二十余万的兵力设重防于浙西、浙中地区，试图阻止左宗棠由西向东的进攻。同时，李世贤还设兵于宁波、绍兴，并会同汪海洋和李秀成部将分别防守杭州、湖州。此外，杨辅清部太平军也在皖浙交界一带活动。
元宵节这天，左宗棠率军从汪口跨越大庸岭，进入浙江境内，对开化的太平军展开进攻。楚军抵达篁岸后，开始准备攻击踞险防守的几千名太平军。左宗棠令部队在到达位置严阵以待，不要急于攻击。他派出一支奇兵，悄悄绕到登横岭，企图从太平军背后夹击。太平军驻防部队见楚军开到，列队抵抗。忽然，楚军大部队从岭上冲下，太平军大为震惊，丢弃军械，狂奔而走。各路楚军合力并进，斩杀五千余名太平军，将太平军的栅垒全部捣毁。太平军只得被迫撤至遂安与常山一带。左宗棠令王开来部留守开化。这样，左宗棠率军以开化县作为入浙的突破口。
清廷议论浙江的军事形势，认为左宗棠奉命进军浙江，行军却有些迟缓，于是颁下严旨，催促楚军尽快前往衢州，以攻取金华与严州。左宗棠先后上奏，再一次陈述了自己从长远着势的战略思想，指出先要巩固自己的后方，避免陷入太平军的大包围，因此立刻进军衢州有弊无利。他以“正值戎马倥偬之会，有时奏报稍迟，或思虑未周，奏报未及详尽”为由向清廷陈述其独到的用兵方略，得到了清廷的许可。由此可见，左宗棠和曾国藩一样，敢于对清廷说“不”。坚持自己的正确主张，是他用兵取胜的一个关键。在同一份奏疏中，左宗棠呈递了一个附件，请调李云麟、邓绎、夏献纶、谢大舒、张岳龄、周开锡、魏良、吴国佐、邹寿璋等一批干才，从各地汇聚他的麾下。在请调名单里，排在第一位的是胡光墉。此人就是后来以“红顶商人”著称于世的胡雪岩，而此举也开始了左宗棠与胡雪岩被后人议论的所谓“官商勾结”。
楚军在江西时，军饷供应就已经是非常的困难。而在进军浙江之后，朝廷拖欠官兵的军饷，已经多达一年的数额。清廷当时的财政，不但要赔款给外国列强，还要供给各种军队在十几个省份的作战，国库肯定是早已空空如也，无法指望。不过，有了得力的人才，就会有办法。左宗棠在这份奏折中请调的胡光墉，就是来为他解决军饷难题的。
胡雪岩，名光墉，字雪岩，安徽绩溪人。此人又对浙江的事务，颇为熟悉，而且人脉极广，办起事来一呼百应。如果能够让他到楚军大营听候差遣，筹集粮饷，必然能起到很大的作用。
胡雪岩
值得一提的是，胡雪岩和左宗棠一样，所走的人生之路，都很奇特。左宗棠步入官场，走的是幕府师爷这条路。而胡雪岩的路则不同，姑且可以称之为“贾而优则仕”，也就是先做商人，在经商赚足银子之后，再用银子来铺一条做官的台阶。有清一代，商人的地位并不高，真正能从商界进入政界的人就更少了。所以直到今天，胡雪岩一生的传奇事迹，仍然吸引着很多人。
胡雪岩生于1823年，比左宗棠小了十一岁，出生于人杰地灵、人才辈出的安徽省徽州府绩溪县。他自幼家境贫寒，先在杭州的信和钱庄当学徒，后来自己开钱庄，自此便一发不可收拾。
左宗棠早就听说胡雪岩是个富商。进了浙江，又听到大量关于胡雪岩勾结官府的传闻。当然，士民们对胡雪岩看法并不好。毕竟，官商勾结，人人讨厌。仇富心理，一般人多少都有一点。左宗棠收到一些禀帖，向他告状，说这个当地首屈一指的大商人，在杭州还没沦陷之前，过着暴发户般的骄奢淫逸的生活。
左宗棠是个生活俭朴的人，但他并不厌恶有钱人。他做师爷的时候经常劝富人捐款，如果天下的富人都没了，那还能找谁捐款去？只要能慷慨解囊，让部队有饭吃，有军火供应，左宗棠倒是希望他的钱越多越好。
所以，左宗棠眼里的胡雪岩，并不是一个见利忘义的奸商，而是“急公慕义，勤干有为”。由胡雪岩负责他的部队的后勤工作，自然是再合适不过了。他在当上浙江巡抚之后，就请求清廷迅速将此人调到他的大营听候差遣。
左宗棠出于军务需要，急需启用胡雪岩其人，没有疑义。官面上的理由，是“以浙江之绅办浙江之事”，坦白地说，实际上就是看中了他的财产，以及他的投资经商理念。
胡雪岩经过一番细细考量，觉得左宗棠是文武全才。这棵大树好乘凉，他没有太多的犹豫，就决定为左宗棠效力了。这个决心一下，就促成了胡雪岩日后巨大的成功。
胡雪岩初见左宗棠，带了一份丰厚的见面礼。左宗棠的军营里忙乱了好一阵，才能把这份礼物收下。因为，他给左宗棠送来的是军粮，足足二十万石大米！左宗棠非常高兴。在战争、饥荒和疾病肆虐的岁月里，有钱也难买到食物，大米比金子还要贵重。上一年，太平军攻打杭州时，把十座城门死死围住，守军又饥又饿。城中弥漫着恐惧的气氛。粮食奇缺，一石米卖到一百两银子。居民给军队捐钱十万两，却无米可买。路边都是饿死的人，草根、浮萍和蕉叶都吃尽了，只好把皮笼煮来充饥。这二十万石大米，对于楚军来说，比雪中送炭还要珍贵。
左宗棠和胡雪岩聊到中午，并留他吃饭，用夫人周贻端亲手制作的腊肉来招待他，规格极高，宾主尽欢。事后，左宗棠对这个商人赞不绝口。
不过，在1862年，胡雪岩跟左宗棠的交往才刚刚开始，他要戴上红色的顶子，还需要一段时间的努力。
胡雪岩脑子真是好使，他为左宗棠找到了一条筹饷的新路子——从外国商号得到一次总付的贷款。这种贷款没有抵押，由政府担保。担保人是通商口岸的海关，审批人是各省巡抚。各省保证，在规定的期限内，一定会将款项加利息归还给外商。这条路子为左宗棠解决了大难题。手拿朝廷的批文，伸手向东南沿海五省要钱，那是靠不住的。各省经历了多年的战争，财政非常困难，付款不可能及时。但是军队打仗，说打就要打，不能饿着肚子，所以先把饷银拿到手里，让各省慢慢去还贷，最为稳妥。
依靠借外债来打仗平定内乱，对清王朝而言，可谓是破天荒第一遭，实在不合祖制。但是，清廷在反复权衡之后，觉得还是江山要紧。国库空虚，战事紧迫，向外国人贷款，只好不得已而为之了，祖制就暂且放在一边吧。当然，借外债一事的具体操作，左宗棠不便出面。胡雪岩当仁不让，在此以前他早已步入上海滩的洋场，跟那些洋行大佬们混得很熟，由他出面借外债，自然是马到成功。
胡雪岩十几年期间，为左宗棠办了三件大事：一是筹饷，二是购置军火，三是打理洋务。左宗棠每次挂帅征战，都是兵马未动，粮草先行。胡雪岩始终是他的一个经济支柱。他不但自己出钱，还劝别人募捐。左宗棠手头一紧，立刻就会想到他。
后勤问题妥善解决之后，紧接着左宗棠便率部进攻遂安。当晚，楚军在城外二十里处扎营，兵分几路攻打杨村。左宗棠先派出一支部队从北路佯攻县城，黎明时分，楚军抵达杨村外，依山傍水而进。太平军摇旗呐喊，沿岸抵抗楚军的仰攻。张声恒和刘璈部首先渡到水西迎击，黄少春和朱明亮部横向拦截，陶鸿勋与丁长胜两军越过山岭，从太平军背后出兵，三面合击，将太平军压缩到包围圈内。太平军大败，损失上万人。城内太平军闻讯，全部撤走。楚军顺利进占遂安。
在此前后，浙江战场出现了清政府与外国侵略者联合绞杀太平军的局势，使太平军处于不利的地位。英、法在第二次鸦片战争结束后，转而支持清政府镇压太平天国。英、法侵略军悍然向宁波的太平军发动进攻，占据宁波。接着，英国侵略者刁乐德克仿照美国人华尔组织的常胜军（原名洋枪队），在宁波募集军士一千人，以英人为教练，组成常安军和定胜军。宁波海关税务司法人日意格与法海军军官勒伯勒东招募华勇一千人，后增至三千人，由法国军官任教练，名为常捷军。法国公使还照会清政府，已让勒伯勒东免去法国水师参将军职，专任中国军职——署理浙江总兵，听浙江巡抚及宁波道节制。清廷竟发布上谕声称“即应由该省巡抚给付札凭，以一事权”。七八月间，英、法侵略者又协助清军攻占慈溪、余姚、奉化等地。英国驻宁波领事夏福礼说：“无疑地，攻克余姚，将使宁波的形势趋于完全稳定，将来克复绍兴，更会促进宁波的繁荣”。这样，清王朝依靠着常安军和常捷军的大炮轰开了太平军占领着的城池的大门。
左宗棠不愿理会洋人，亲率本部大举进攻衢州北路，一天之内攻破太平军三十座壁垒。衢州城东南的太平军全部弃军营撤走。楚军解了衢州之围后，左宗棠决心在金华与李世贤决战，想于此歼灭太平军主力，为克复全浙打下基础。从此，左宗棠结束了在衢州一带徘徊半年的局面，把进取金华作为战略重点，展开了金华一线的会战。
9月，太平军向圭塘壁垒发起攻击，被刘培元部击退。第二天，李世贤派出五千兵力，从兰溪和汤溪赶来增援。左宗棠亲自督率各部奋战两个多小时，才将太平军击退。楚军发起追击，斩杀一千余人。
洋枪队
到了10月，高连升部攻克寿昌，李世贤集结兵力防守太平裘家堰军营。楚军合力进攻，攻破四座坚垒。太平军驻扎南岸，兵力仍然强盛。蒋益澧部渡河攻击，太平军分别据守罗埠与湖镇。楚军刚进罗埠，太平军将领李世祥派人来约投降。楚军与他里应外合，立刻攻破了五座壁垒，湖镇的太平军被迫撤走。
