2.南洋起风波
经历了在几所学校的任职后，蔡元培已经基本了解当时的教育情况。他深知办学条件的艰辛，新旧势力斗争的激烈，可一想到自己的教育强国之梦，又必须不屈不挠地奋斗下去。
1901年8月，蔡元培受到学堂邀请，协理校务，时隔一月，他经介绍到南洋公学教习中文。
南洋公学是由盛宣怀于1897年创办的一所晋代学校。校址在沪西徐家汇，即今天的交通大学所在地。义和团事件后，清廷推行“新政”，商约大臣盛宣怀接受建议，决定在公学增设“特班”，特班章程规定：“西课余暇，当博览中西政事诸书。”显而易见，其目的是培养精通国内外时务的新型官员。此时的蔡元培，负责指导。
盛宣怀参考相关资料，确定选修门类和需读项目。所制定学科涉及众多，包括哲学、政法、外交、财经、文史、教育和自然科学等。学生只需选其中的一到两类，定期上交笔记，蔡元培轮流和学生谈话，当面指导，且每月都会加以考核。
“特班”之所以称为“特班”，是因其学生之“特”。特班所招学生均为国学功底深厚的青年。蔡元培在给他们评语或与他们交谈时，常灌输他们民权、爱国思想，要求他们放眼世界，掌握真才实学。同时，他还利用课余时间，教学生学习国文，练就出众的口才。他曾明确指出：“今后学人，领导社会，开发群众，须长于言语。”为此，他常常组织学生练习演说、辩论，自己则站在一旁，指导演练。
致力于培养多才学生的蔡元培，为人师表，循循善诱，有良好的风范，独特的教学方式，深受学生的喜爱与尊重。
黄炎培回忆当时的情况时说：“入室则图书满架，吾师长日伏案于其间，无疾言，无愠色，无倦容，皆大悦服。”由此可见，蔡元培与学子的关系甚为融洽。他在《口述传略》中，对其学生这样说道：“是时，南洋公学开特班……学生中最为孑民所赏识者邵闻泰(力子)、洪允祥、王茂孙、胡仁源、殷祖伊诸君，其次则谢沈(无量)、李同(叔同)、黄炎培、项骧、贝寿同诸君。”
蔡元培任职南洋公学时，张元济恰好出任校书院院长，二人志同道合，常彻夜畅谈，甚为契合。两人商合：合资办报，向国人译述外国报刊对中国的评论和报道，名为《开先报》，后更名为《外交报》。
蔡元培为该报写《叙例》，其中阐明宗旨道：“荟我国自治之节度，外交之政策，与外国所以对我之现状，之隐情，胪举而博译之，将以定言论之界，而树思想之的。”稍后，张元济投资商务印书馆，建议设立编译所，拓展事业。
次年，编译所成立，张元济推举蔡元培任所长，负责组织编写新式教科书。此项工作，正是蔡元培企盼已久的，他邀约各类办学经验丰富、国外时事均了解的同人参与其中。
无论在哪个领域，蔡元培的思想始终是锐意求新的。他选编的《文变》一书，选文42篇，大部为近人所撰写，内容涉猎广泛，特别关注社会、政治、文化、伦理等问题。此书目的明确，就是让读者“寻其义而知世界风会之所趋”。
蔡元培的夫人王昭病逝后，身边人常劝其续弦，并为其介绍条件相当的女子。当时，妇女地位极其低下，而蔡元培自己却愿做表率，开男女平等之先风，遂提出择偶标准五条：(一)女子不需缠足；(二)须识字者；(三)男子不娶妾；(四)男死后，女可再嫁；(五)夫妇如不相合，可离婚。同乡的人，对于(一)、(二)两条，竟不易合格；而对于(四)条又不免恐慌，媒者无一合格，因而，蔡元培续弦的问题很久未解决。
林君为言都昌黄尔轩先生之次女黄世振，字仲玉，工书画，孝亲长，且居家待嫁。偶然间，蔡元培欣赏到她的画，很是欣赏，遂求人介绍。适时，黄家正在杭州，黄世振欣然接受蔡元培所提五条，即行订婚，二人于1902年元旦结婚。
婚礼在杭州举行，由于蔡元培反对旧习，仪式不循旧风俗，初开新风气。以带“孔子”二字红幛子代替三星画轴，以演说会代替“闹房”。婚后，蔡元培和黄仲玉前往上海，开始了新的生活。
其时，除了南洋公学的工作，蔡元培还参加了许多社会活动，如创办“爱国女校”，成立“中国教育会”等，均卓有成效。
1901年冬天，蒋智由、黄宗仰开创办学又一新潮——创立女校，并与蔡元培商量，蔡元培等人均大力赞同。当时，社会阻力很大，发起人均携家人一同参加。首次集会在蔡元培家中，黄仲玉到场，与大家合影留念。不幸，被吴彦复夫人看见，其两女儿都参加了此次集会，她甚是恼火，以骂相扰，筹办女校之事不得不暂时搁浅。
不过，妇女解放和受教育毕竟是时代潮流，难以违拗。虽经历周折，爱国女校还是于1902年9月正式建立，由黄宗仰发动犹太富商赞助，蒋智由出任校长。不久，蒋智由去日本，蔡元培接任。当时，学生仅十余人，大多为发起人的妻、女。不过，爱国女校在上海的影响却很大。
在筹建爱国女校过程中，蔡元培、蒋智由等人还发起成立中国教育会，初衷为推动教育事业发展。
当时，维新热潮席卷全国，新式学堂纷纷建立，人们倡言新学，热情高涨。但是，光有热情还远远不够，许多工作尚未开展。对于发达的上海——这个当时除北京外最大的城市来说，面对的最严重的问题，即是教材短缺。
中国教育会下设教育、出版、实业三个部门，各项工作接踵而来。启发民众，使青年走向革命，是创办教育会的深层意图。据李新的《中华民国史》记载，中国教育会章程写道：“该会的宗旨是以教育中国男女青年，开发其智识而增进其国家观念，以为他日恢复国权基础为目的。”
当时蔡元培在会上说：“我等所以设立此会者，实欲造成理想的国民，以建立理想的国家……乃纯然共和思想，所以从国民做起……”显然，其中隐含革命之旨。蔡元培在《我在教育界的经验》中也说：“自36岁以后，已决定参加革命工作。”其中详述了创办爱国女校、中国教育会、爱国学社以及参加暗杀团等经过。事实上，教育会的建立，有两种意义：教育和革命。仔细想想，其实目的一致，并不矛盾。
蔡元培始终是将革命寓于教育之中的，他给学生讲法国革命史、俄国民粹派主张，希望学生们将来能有所作为。
然而随着局势的不断变化，教育会在教育上的工作未能很好开展，甚至教材问题都未解决。不过，革命方面，各种功能得以实现，所以教育会也就是个虚名罢了。表面办教育，暗中谋革命，教育会俨然成了传播革命思想的团体。
1902年夏，蔡元培同高梦旦于暑假期间游历日本。在东京，恰逢北京大学堂总教习吴汝纶在此考察，蔡元培与之晤谈。那时，在日本的中国留学生表露着爱国之心，积极投身变革的热潮，这让蔡元培深受感染，尤其对“浙江二蒋”——蒋百里、蒋百器印象深刻。蔡元培本欲留一月，可吴稚晖被押解出境，遂又陪他回国了。
吴稚晖，名眺，又名敬恒，江苏武进人，曾任教于北洋大学堂和南洋公学，也是支持新派的典型人物。在南洋公学，他支持学生组织卫学会，提倡师生共管校园，学校反对，开除十余名学生，他愤怒辞职。其后，他又鼓励学生去日本留学，并亲自率队。
当时，留日学生想当陆军，清政府公使遵照旨意拒绝。吴稚晖又去公使馆请愿，仍不得果，且他和陪同者均被拘留，学生亦被遣散。之后吴稚晖虽被释放，但被限令回国。是时，吴稚晖身怀绝命之书，押解途中愤而跳水，意欲以死抗议，不料被警察救起，送到神户，押送到法国邮船。
蔡元培早已得知吴稚晖，其人训练学生卓有成效。二人又在南洋公学相识，蔡元培对他很是欣赏，因此蔡元培为吴稚晖积极奔走，极力挽救。
有消息称，日方将吴稚晖送到天津脱手，天津方面又将吴转交北京，查办之后，称其为“康党”。留学生欲求人搭救，蔡元培不顾自己安危，引为己任，主动护送。幸而路途顺利，无意外发生，邮船直达上海，之后终于脱险。
而在蔡元培归国后的几个月，一起大学潮在南洋公学爆发。
1902年11月14日，学校学生伍正钧误将墨水瓶放于郭振瀛的讲桌上，郭振瀛发现此事后，认为是学生故意所为，故而斥骂学生不敬师长。校方遂宣布开除伍正钧，并给班级其他学生记大过处分。宣布一出，全班愤起，同学们与学堂总办汪凤藻交谈，要求辞退郭振瀛，取消开除、处分决定，总办却坚决不许。
15日，五班学生决定全体退学。次日，总办行文道：“五班学生聚众开会，倡行革命，着全体一律开除。”一时间，全校学生即行罢课之举，200余名学生云集，与总办交涉，声援五班。
此时，蔡元培接受指派，前去和学生对话。他心中自是同情学生，不愿见学生学无所成，各奔东西。蔡元培召集特班学生谈话：“汪总办不让我们完成学业，我们应该自动组织起来，扩大容量，添招有志求学的学生来更好的进修。”
是时，学生坚决要求学校收回成命，并决定等到第二天上午10点，如无满意答复，全体退学。学生态度坚决，可学校也寸步不让。次日，学校未能收回成命。午后，中院6个班与特班学生合计200余人，列队出校，一路高呼“祖国万岁”等口号。当日，由贝寿同领队，到张园拍照留念。此后，便有145名学生离开南洋公学。
学潮荡起，其实是新旧观念的冲突。当时，南洋公学课程设置一流，而校政管理却专制顽固，教员思想守旧。学生受新潮感染，早已萌发自由自主意识。观念的反差，最终导致了这次学潮的爆发。
这次公开的抗争，蔡元培坚持正义，向当局交涉，试图改变决定，保护学生。可事与愿违，结果未能成功，学校顽固分子毫无改意。蔡元培不畏流言，与学生共进退，毅然辞职，离开了南洋公学。
蔡元培心中的大愿不能实现，这令其十分失落，但此番离去，也未尝不是一个新的开始。
