在居正入翰林院的时候，多数进士正在讨论怎样做西汉的文章和盛唐的诗句，但是居正的注意力却集中到实用上面，他的目光似已远远地看到二十年以后的将来。
嘉靖二十六年，居正为庶吉士，从此踏上了政治生活的大道。
这时政治的大权一切都在世宗手里。世宗是一个“英明”的君主，十六岁的时候，他只是兴王，武宗死了，遗诏召他嗣位。他自安陆兴王府入京，到了城外，礼部尚书请用皇太子即位礼，世宗立即拒绝，坚持着遗诏只是嗣皇帝，不是嗣皇子。十六岁的青年这样的坚决，确实是一个英主的举动。即位以后，为了追尊父亲兴献王的事情，他和大臣发生许多的争执，但是在大体上，我们毕竟不能不承认世宗称兴献王为皇考、伯父孝宗为皇伯考是一种合理的主张。此外还有许多兴礼作乐的事，也许现代的我们不会感到很大的兴趣，但是如废除孔子文宣王的尊号，只称先师，撤除塑像，只设木主，究竟不失为开明的举动。
然而嘉靖二十六年，世宗已经老了。他只有四十一岁，但是皇帝的年龄和一般人不同。崇高的位置使他失去了上进的诱惑，于是他开始感觉到厌倦，再由厌倦感觉到衰迈了。从嘉靖十八年起，世宗已经不视朝；二十年以后，便一直待在西苑万寿宫，连宫内也不去。一切政务都在因循和颓废中间消磨了。从嘉靖二年起，世宗在宫中开始修醮，至此更是无日不在修醮当中。当时还有前朝、后朝的分别，前朝百官的章奏是给世宗皇帝看的；后朝便是道士的章奏，也是给世宗看的，但是后朝的世宗只是道士的领袖。可是世宗对于整个政治仍然把持着，一步也不放松。他是洞内的虎豹，发怒的时候会从洞内跳出来，打死些獐猫鹿兔，打得厌倦了，便仍回洞内，度那优裕懒散的生活。嘉靖二十六年以后，世宗杀夏言，杀曾铣，杀丁汝夔、杨选、杨守谦、王忬，乃至杀杨继盛，杀严世蕃，都是统一的心理作用。然而世宗毕竟厌倦而衰迈了，整个政权慢慢地从他手里落下，严嵩、严世蕃父子就乘此盗弄君权，显赫一时。可是大柄仍然在世宗手里，当他从斋醮中清醒过来的时候，严嵩不免奉命回籍，严世蕃竟至身首异处。假如这是当时政治的轨道，那么居正入仕的那一年，明代的政治正在这样的轨道上面。
北京主要机构图
明朝的五部（除刑部外）和五军都督府都集中于正阳门与承天门之间的区域。
明代自成祖以来，政治的枢纽全在内阁。这是和现代资本主义国家的内阁近似、然而完全不同的组织。现代西方的内阁是议会政治的产物；它的权力相当得庞大，有时甚至成为国家的统治者，除了偶然受到议会制裁以外，不受任何限制，整个内阁，人员常在六七人以上，有时多至二三十人；全体阁员不是出于一个政党，便出于几个政见不甚悬殊的政党；内阁总理，纵使不一定能够操纵全部的政治，但是他在内阁的领导权，任何阁员都不能加以否认。明代的内阁便完全两样了。整个内阁只是皇帝的秘书厅，内阁大学士只是皇帝的秘书：内阁的权力有时竟是非常渺小，即使在相当庞大的时候，仍旧受到君权的限制；任何权重的大学士，在皇帝下诏斥逐以后，当日即须出京，不得逗留片刻；内阁的人员有时多至八人，但是通常只有四五人，有时仅有一人；因为阁员的来源，出于皇帝的任命，而不出于任何的政党，所以阁中的意见时常有分歧，偶有志同道合的同僚意见一致，这只是和衷共济，而不是政见的协调；在四五人的内阁中间，正在逐渐演成一种领袖制度，这便是所谓首辅，现代的术语，称为秘书主任，皇帝的一切诏谕，都由首辅一人拟稿，称为票拟；在首辅执笔的时候，其余的人只能束手旁观，没有斟酌的余地，即使有代为执笔的时候，也难免再经过首辅的删定；首辅的产生常常是论资格，所以往往身任首辅数年，忽然来了一个资格较深的大学士，便只能退任次辅；首辅、次辅职权的分限没有明文规定，只有习惯，因此首辅和其余的阁员时常会有不断的斗争；政治的波涛，永远发生在内阁以内，次辅因为觊觎首辅的大权，便要攻击首辅，首辅因为感受到次辅的威胁，也要驱逐次辅；同时因为维持内阁的尊严，所以他们的斗争常是暗斗而不是明争；又因为内阁阁员或多或少地都得到皇帝的信任，所以斗争的第一步便是破坏皇帝对他的信任，以致加以贬斥或降调，而此种斗争的后面常常潜伏着诬蔑、谗毁，甚至杀机。这样的政争，永远是充满血腥的，而居正参加政治的时代，血腥正在内阁中荡漾。
嘉靖二十六年，内阁大学士只有夏言、严嵩二人。在嘉靖二十三年以后，严嵩曾经当过一年有余的首辅，但是因为嘉靖二十四年九月起用夏言这是曾经当过三年首辅的资格较深的人物，所以退为次辅。夏言贵溪人，严嵩分宜人，他们虽然同是来自江西，却是属于两个范畴的人物。夏言是一味的高亢，严嵩便一味的柔佞。夏言有时甚至和世宗反抗。世宗在醮天的时候，自己戴着香叶冠，一时高兴，制了几顶香叶冠，分赐大臣。第二天严嵩把轻纱笼着香叶冠，颤巍巍地戴进西苑来。夏言竟没有戴，世宗问起来，他只说大臣朝天子用不着道士的衣冠。在他们同在内阁的时候，有一次严嵩跪在皇帝面前，泪水像雨一样的落下，说夏言欺负他，世宗想起夙恨，把夏言斥逐了，这是夏言第一次落职。以后便是严嵩的专权，贪污放恣成为政治的风气，所以世宗才想起重用夏言。夏言再入内阁以后，他们两人仍把以前的作风再行表演。世宗派小内监到他们家里去的时候，夏言只是坐着，把他们当奴才看待；严嵩却拉小内监并坐，数长数短地问着，等到小内监告辞的时候，更是满把的金钱塞到他们袖管里。世宗醮天，要有一道上给玉皇大帝的表章——因为写在青纸上，当时称为青词——便吩咐夏言、严嵩拟上来，夏言只是潦草塞责，严嵩便聚精会神，把他的文学天才完全灌注到青词上面。这是第二次夏言、严嵩在阁内的斗争，但是这次夏言的失败却失败在内阁之外。
夏言
夏言（1482—1548），字公谨，贵溪（今江西贵溪）人。嘉靖年间曾任内阁首辅，后受严嵩迫害，客死他乡。
自从明代开国起，直到神宗中世，国家的边患只有北方的一面。元代的后裔都在北边，在他们分散的时候，对于国家本来不成为多大的问题；但是一旦团结起来，常会给予国家一种严重的威胁。最初鞑靼骑士未入河套，所以国家西边还比较安静。英宗天顺六年，鞑靼开始侵入河套，以后逐渐视其为他们的给养地，不时再从河套出击，国家西边遂日渐不安。孝宗弘治十年，设总制陕西三边军务，所谓三边，便是指陕西省甘肃、延绥、宁夏三边，一切的布置都是对付河套的鞑靼，以后称为“套寇”。第一任三边总制王越曾经主张以十五万大军穷搜河套，事未得行。武宗正德三年三边总制杨一清主张夺回河套，上言：“兹欲复守东胜，因河为固，东接大同，西接宁夏，使河套千里之地归我耕牧，开屯田数百里，用省内运，则陕西犹可息肩也。”但是杨一清的计划也没有贯彻。到嘉靖年间，盘踞河套的吉囊更加猖撅了。河套不清，三边永无宁日。夏言当政以后，嘉靖二十五年夏间用曾铣总督
陕西三边军务。
曾铣，江都人，虽然出生在风华绮靡的地方，但是却充满报国的热情。到任不久，十余万套寇冲入边墙，大掠延安、庆阳，曾铣一面以几千兵抵住套寇，一面却另派大军直捣套寇的根据地，才算解了目前之急。但是曾铣认定最切实的办法只有把鞑靼逐出河套。他上疏言：
贼据河套侵扰边鄙将百年，孝宗欲复而不能，武宗欲征而不果，使吉囊据为巢穴，出套则寇宣大三关，以震畿辅，入套则寇延、宁、甘、固，以扰关中，深山大川，势顾在敌而不在我。封疆之臣曾无有以收复为陛下言者。盖军兴重务也，小有挫失，媒孽踵至，鼎镬刀锯，面背森然。臣非不知兵凶战危，而枕戈汗马，切齿痛心有日矣。窃尝计之：秋高马肥，弓矢劲利，彼聚而攻，我散而守，则彼胜；冬深水枯，马无宿藁，春寒阴雨，壤无燥土，彼势渐弱，我乘其弊，则中国胜。臣请以锐卒六万，益以山东枪手二千，每当春夏交，携五十日饷，水陆交进，直捣其巢，材官驺发，雷火炮击，则寇不能支。此一劳永逸之策，万世社稷所赖也。
嘉靖皇帝
朱厚熜（1507—1566），即明世宗，1521至1566年在位，年号嘉靖，宪宗之孙，兴献王朱祐杬次子。
这是嘉靖二十五年秋间曾铣的计划。他主张一面修筑边墙，一面收复河套，他又说：“夫臣方议筑边，又议复套者，以筑边不过数十年计耳，复套则驱斥凶残，临河作阵，乃国家万年久远之计，唯陛下裁之。”世宗把曾铣的奏疏交兵部议覆。经过相当时期以后，兵部尚书陈经议覆，认为筑边、复套都不容易，比较起来，复套更是困难。他说：“夫欲率数万之众，赍五十日之粮，深入险远艰阻之域，以驱数十年盘踞之兵，谈何容易。”这是审慎，但是审慎之中只看到因循。世宗下诏斥责兵部，同时策励曾铣道：“寇据河套，为中国患久矣，连岁关隘横被荼毒，朕宵旰念之，而边臣无分主忧者。今铣能倡复套之谋，甚见壮猷，本兵乃久之始复。迄无定见，何也？其令铣更与诸边臣悉心图议，务求长算。若边境千里沙漠，与宣大地异，但可就要害修筑，兵部其发银三十万两与铣，听其修边饷兵造器，便宜调度支用，备明年防御计。”这一道诏书正是夏言的手拟。
夏言的岳父苏纲也是江都人，因此常在夏言那里称道曾铣，首辅与边臣同心，要立千载一时之功。嘉靖二十六年五月，正在张居正中进士两个月以后，曾铣再在陕西发动战事，这只是一个小小的接触，一切正在做大举的准备。十一月曾铣连同陕西巡抚、延绥巡抚、宁夏巡抚，以及三边总兵上疏，决定收复河套。世宗还是说“卿等既已详酌，即会同多官，协忠抒谋，以图廓清”。夏言、曾铣都准备立功。
但是暴风雨来了。严嵩痛恨夏言，正在伺待机会，忽然一天世宗手诏辅臣：“今逐套贼，师果有名否？兵食果有余，成功可必否？一铣何足言，如生民荼毒何？”这是犹豫，犹豫的后面便是动摇。机会毕竟来了。严嵩是不会放过机会的，他立刻说河套绝不可复。夏言质问严嵩为什么不早说，要是有异议，就不应当迟到现在。在夏言盛气凌人的习惯里，这是常事。但是世宗的个性比夏言还要强，于是夏言和严嵩的对立突变为世宗和夏言的对立。严嵩再上疏认为曾铣开边启衅，误国大计；夏言表里雷同，淆乱国事。皇帝的暴怒是没有限制的，嘉靖二十七年正月夏言罢职，一面逮捕曾铣入京，政府官吏主张复套者一概罚俸。最后曾铣竟因交结近侍的罪名弃市，夏言则因为苏纲和曾铣同乡的关系被诬为由苏纲居间，受曾铣赃贿，也在十月间弃市。从此河套永远受着鞑靼骑士的蹂躏，却葬送了一个内阁大学土，一个总督陕西三边军务。严嵩复为首辅，再在那半清客、半权臣的局面下维持十五年的政权。
明代的翰林院是政治演进的结果，对于整个政治发生重大的影响。翰林院的新科进士，对于实际的政治不负任何职任，只是在优闲的岁月里给自己以充分的修养。这里大多数人士是在研讨诗文，但是也有一部分人士在那里研讨朝章国故。文学的人才、政治的人才，都在翰林院培养。假使我们对于明代的文学给予一种正确的估价，我们不能不承认翰林院的成绩；同样地，假使我们对于明代的政治仔细考察，为什么在许多昏君庸主下面还能维持二百七十余年的存在，我们对于明代的翰林院也不能不寄予同情。在居正入翰林院的时候，多数进士正在讨论怎样做西汉的文章和盛唐的诗句，但是居正的注意力却集中到实用上面。居正的目光似已远远地看到二十年以后的将来。
在夏言和严嵩的斗争里，一个新科进士是没有地位的，等到居正对于当时的时局有了些微的认识，夏言已经失败了。居正和严嵩的关系怎样，我们没有切实的把握；但是内阁大学士，是翰林院的长官，在翰林院设内阁公座，而且一切公务行移，皆用翰林院印；所以内阁、翰林称为同官，事实上居正和严嵩是不会不发生关系的。文集中的《圣寿无疆颂》《得道长生颂》，以及奏疏中《代谢赐御制答辅臣贺雪吟疏》，这一类的文章固然是代严嵩做的，毫无疑问；就是在严嵩失败以后，分宜县知县替他经营葬事，居正对他说：“闻故相严公已葬，公阴德及于枯骨矣；使死而知也，当何如其为报哉？”可见居正和严嵩是有相当的感情。在不断的政治斗争中，居正在那里揣摩着：他知道在怎样的环境里，应当怎样维护自己。他也知道，在学习的期间，应当怎样地从容缓进。他和蜗牛一样，正在或左或右地伸出触角，寻觅政治上的支援。
在吉囊盘踞河套，随时领导鞑靼骑士向陕西出击的时候，他的兄弟俺答也正在北部和东北部不断地进攻。嘉靖二十七年八月，俺答进犯大同，九月进犯宣府，深入永宁、怀来。这时夏言、曾铣久已罢职，严嵩在世宗面前指出俺答的进攻，完全是夏言、曾铣计划收复河套的结果，再给世宗以一种新的刺激。其后，二人的被杀便在九月间决定了。嘉靖二十八年二月，俺答大举入侵，进略大同，直抵怀来。总兵周尚文率兵万人，和俺答大战；宣大总督翁万达也向敌人进攻，居然杀了五十五个鞑靼骑士，算是数十年未有之大捷！
嘉靖二十六年，居正授庶吉士。名义上，庶吉士只是一种学习的官员，在翰林院中称为馆选，三年期满，称为散馆，凡是二甲进士及第的，例赐编修，所以二十八年居正是翰林院编修了，还是一个清衔，没有实际的政务。这一年，他著有《论时政疏》，首指臃肿痿痹之病五，继陈血气壅阏之病一。他说：
其大者曰宗室骄恣，曰庶官瘝旷，曰吏治因循，曰边备未修，曰财用大亏，其他为圣明之累者，不可以悉举，而五者乃其尤大较著者也。臣闻今之宗室，古之侯王，其所好尚，皆百姓之观瞻，风俗之移易所系。臣伏睹祖训，观国朝之所以待宗室者，亲礼甚隆，而防范亦密。乃今一二宗藩，不思师法祖训，制节谨度，以承天休，而舍侯王之尊，竞求真人之号，招集方术逋逃之人，惑民耳目。斯皆外求亲媚于主上，以张其势，而内实奸贪淫虐，陵轹有司，朘刻小民，以纵其欲。今河南抚臣又见告矣。不早少创之，使屡得志，臣恐四方守臣无复能行其志，而尾大之势成，臣愚以为非细故也，所谓宗室骄恣者此也。臣闻才者材也，养之贵素，使之贵器。养之素则不乏，使之器则得宜。古者一官必有数人堪此任者，是以代匮承乏，不旷天工。今国家于人材，素未尝留意以蓄养之，而使之又不当其器，一言议及，辄见逐去，及至缺乏，又不得已，轮资逐格而叙进之，所进或颇不逮所去。今朝廷济济，虽不可谓无人，然亦岂无抱异才而隐伏者乎，亦岂无罹微玷而永废者乎？臣愚以为诸非贪婪至无行者，尽可随才任使，效一节之用。况又有卓卓可录者，而皆使之槁项黄馘，以终其身，甚可惜也，吏安得不乏！所谓庶官瘝旷者此也。守令者亲民之吏也，守令之贤否，监司廉之，监司之取舍，铨衡参之，国朝之制，不可谓不周悉矣。迩来考课不严，名实不核，守令之于监司，奔走承顺而已，簿书期会为急务，承望风旨为精敏，监司以是课其贤否，上之铨衡，铨衡又不深察，唯监司之为据，至或举劾参差，毁誉不定，贿多者阶崇，巧宦者秩进。语曰：“何以礼义为？才多而光荣；何以谨慎为？勇猛而临官。”以此成风，正直之道塞，势利之俗成，民之利病，俗之污隆，孰有留意于此者乎？所谓吏治因循者此也。夷狄之患，虽自古有之，然守备素具，外侮不能侵也。今“虏”骄日久，迩来尤甚，或当宣大，或入内地，小入则小利，大入则大利。边圉之臣皆务一切，幸而不为大害，则欣然而喜，无复有为万世之利，建难胜之策者。顷者陛下赫然发奋，激厉将士，云中之战，遂大克捷，此振作之效也。然语曰：“无恃其不来，恃吾有以待之。”乘战胜之气，为豫防之图，在此时矣，而迄于无闻，所谓边备未修者此也。天地生财，自有定数，取之有制，用之有节，则裕；取之无制，用之不节，则乏。今国赋所出，仰给东南，然民力有限，应办无穷，而王朝之费，又数十倍于国初之时，大官之供，岁累巨万，中贵征索，溪壑难盈，司农屡屡告乏。夫以天下奉一人之身，虽至过费，何遂空乏乎？则所以耗之者，非一端故也。语曰：“三寸之管而无当，不可满也。”今天下非特三寸而已。所谓财用大匮者此也。五者之弊非一日矣，然臣以为此特臃肿痿痹之病耳，非大患也，如使一身之中，血气升降而流通，则此数者可以一治而愈。夫唯有所壅闭而不通，则虽有针石药物无所用。伏愿陛下览否泰之原，通上下之志，广开献纳之门，亲近辅弼之臣，使群臣百寮皆得一望清光而通其思虑，君臣之际晓然无所关格，然后以此五者分职而责成之，则人人思效其所长，而积弊除矣，何五者之足患乎？
在居正的奏疏中，这是初次，也许在世宗一朝，除了例行章疏以外，居正上疏也只有这一次。这里充分地表现居正的政治才能。他看定当时政治的症结，应当说的已经说了，然而没有得罪世宗，也没有得罪严嵩，这便和杨继盛、海瑞不同。杨继盛攻击仇鸾，攻击严嵩；海瑞攻击世宗。从直言极谏的立场看来，当然没有丝毫的遗憾，但在事实方面，继盛所得的是弃市，海瑞所得的是下狱，这是居正所不愿为的事。蜗牛的触角伸出了，但是觉得空气不利，终于还是收回，居正只是再埋头于朝章国故的探索，对于时政在便不更置一辞。
嘉靖二十八年居正上疏的时候，才二十五岁，我们因此遥想到汉文帝时一个二十余岁的洛阳少年，然而他究竟不如贾谊。贾谊在《治安策》中论众建诸侯以遏乱萌，这是汉代政局的对策，但是在明世宗的时候，要说宗室骄恣，真是太可怜了。武宗的时候，亲藩造反确有两次，但是即以宁王宸濠那样的声势，也是不久即灭，亲藩的威力已经逝去了，其实没有什么尾大不掉之势。在这个时期里，世宗正在崇奉道教，于是徽王厚爝也奉道，世宗封他太清辅元宣化真人；辽王宪也奉道，世宗封他清微忠教真人。这只是讨皇帝欢喜的一种可怜相，还有什么远大的志趣呢？也许居正念念不忘宪，在这个机会里给他放一支冷箭，但是他却忘记关于宗藩的一个大问题。明代宗藩的问题是宗禄。太祖二十六子，除懿文太子外，其余皆封王，王的长子当然也是王，其余便封郡王，如是一代一代地递降，除长子袭封以外，便有镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。王和郡王的女儿是公主、郡主，递降还有县主、郡君、县君、乡君。公主的丈夫是驸马，郡主以至乡君的丈夫是仪宾。这一切人都有岁禄，从王的一万石到乡君及仪宾的二百石，单单一个王府的岁禄已经是非常骇人。而自成祖以后，每经过一个皇帝，当然又要添若干王府。在宗室媵妾没有限制的时候，他们的子女也没有限制。太祖二十六子、十六女，已经是很大的数目，但是晋府庆成王奇浈便有子七十人，虽然没有打破田常七十余男的多子记录，比太祖已经多出三倍。一切王、郡王、将军、中尉，真把整个国家吃穷了。直到嘉靖四十一年，御史林润才指出“天下之事极弊而大可虑者，莫甚于宗藩禄廪。天下岁供京师粮四百万石，而诸府禄米凡八百五十三万石。以山西言，存留百五十二万石，而宗禄二百十二万。以河南言，存留八十四万三千石，而宗禄百九十二万。是二省之粮，借令全输。不足供禄米之半，况吏禄、军饷皆出其中乎？故自郡王以上，犹得厚享，将军以上，多不能自存。饥寒困辱，势所必至，常号呼道路，聚诟有司，守土之臣，每惧生变。夫赋不可增，而宗室日益藩衍，可不为寒心？宜令大臣科道集议于朝，且谕诸王以势穷弊极，不得不通变之意，令户部会计赋额，以十年为率，通计兵荒蠲免存留及王府增封之数，共陈善后良策，断自宸衷，以垂万世不易之规”。林润的见地便比居正中肯了。以后神宗万历六年，居正奏定宗藩事例，在这方面才建立了一些规模。
嘉靖二十八年三月庄敬太子死了，居正集中有《庄敬太子挽歌》，但是这一件事留给居正的不是一首五律而是毕生的事业。世宗八子，五子早夭，成立的只有次子载壑、三子载垕、四子载圳。嘉靖十八年立载壑为太子，载垕为裕王，载圳为景王。十年以后，太子死了，谥为庄敬。这时当然是裕王晋封太子了，偏偏世宗认为册立太子是一件不吉利的事，所以无形之中耽搁下来。当时得宠的道士陶仲文又提出二龙不能见面之说，皇帝是龙，太子当然是小龙，所以世宗索性不立太子，裕王、景王也看不到他们的父亲，从此裕王们便真真莫睹龙颜了。在太子的地位没有确定以前，裕王、景王成为急切的竞争者，幸亏他们都只是平庸到无可奈何的人物，所以宫廷以内不曾演出流血的惨剧。这一件事直到嘉靖四十年景王归藩，四十四年景王死去，才算告一段落。但是从嘉靖二十八年到四十年的这段时间中，裕王实在是非常得不安。景王夺嫡的计划在宫闱中已经是公开的事实。首辅严嵩对裕王也是相当得冷淡。裕王应得的岁赐，一直拖欠了三年，自己当然不敢和父亲世宗提起，只得由左右先送银一千两给严嵩的儿子严世蕃，才能补发。可是严嵩对裕王还不是很放心。一天世蕃对裕王讲官高拱和陈以勤两人说：“听说裕王殿下对家大人有些不愿意，是怎样一回事呀？”
这是一个霹雳。在世宗、裕王父子不得见面，严嵩在世宗面前说一听一的时候，要是严嵩感到裕王的威胁，一切的演变都不是意外。高拱正在设法移转世蕃的注意力，以勤只是沉静地说：“国本久已决定了。裕王殿下的讳字从后从土，明明是土地之主，这是皇上命名的意思。亲王讲官，旧例只有检讨，但是裕王讲官，兼用编修，和其余诸府不同，这是宰相的意思。殿下常说唯有首辅才算得社稷之臣，请问不愿意的话从何而来呀？”
这一席话保全了裕王的地位。其后高拱、以勤入阁，都是因为裕邸讲官的关系。嘉靖四十三年居正为裕邸日讲官，其后隆庆元年，居正入阁，也是因为这个关系。
嘉靖二十九年正月大学士严嵩七十岁了，这正是他炙手可热的时候，居正著有《寿严少师三十韵》。从“握斗调元化，持衡佐上玄，声名悬日月，剑履逼星缠，补衮功无匹，垂衣任独专，风云神自合，鱼水契无前”几句，可以看出世宗对于严嵩信任之专。同篇“履盛心逾小，承恩貌益虔，神功归寂若，晚节更怡然”，也指明严嵩那一番谨慎小心的态度。直到这时，居正对严嵩还保持着相当的好感。
这一年春间，居正曾经请假回江陵一次。《宜都县重修儒学记》“庚戌之春，余用侍从，请告归故郡。”可证。明弘治期间规定两京给假官员除往回水陆程外，许在家两个月。那时北京到江陵交通困难，所以往回水陆程期再加在家两个月，居正回京的时候已在秋间，因此有名的庚戌之变他大致恰巧看到。
嘉靖二十九年六月间，俺答寇大同，八月入蓟州，攻古北口，同时从黄榆沟溃墙入境。巡按顺天御史王忬出驻通州，调兵死守，一面向北京告急。本来从成祖初年，弃福余、泰宁、朵颜三卫以后，北京已经站在国防第一线了。蓟州失陷以后，敌人再从古北口取道通州进攻，对于北京完成围攻的形势。北京原是明代第一个要塞，一切都是取的战时体制。成祖设京卫七十二万，计军四十万，加以畿内八府军二十八万，中部大宁、山东、河南班军十六万，一共八十余万军队，当然不会感受任何的威胁。但是成祖的规模已经不在了，京军由三大营改为十二团营，再改为东西官厅，额军由三十八万再减为十四万，世宗初年京营额军只剩得十万七千万余人，武备是一天一天地废弛了。等到俺答逼到近郊的时候，兵部尚书丁汝夔清查营伍，只有五六万人。丁汝夔下令出城驻扎，但是这一群残兵一个个只是愁眉苦脸，长吁短叹。战争没有把握了，世宗才下诏勤王。第一个奉诏的是大将军咸宁侯仇鸾，从大同带了两万大军入援，以后各地勤王军一共来了五六万，总算有了一点儿声势。但是给养方面没有什么办法，饿死兵士正是日常习见的事。俺答到了北京城下，仇鸾不敢开战，派人和他接洽，只要不攻城，什么条件都可以承认。俺答当然有他的要求，但是和清朝中世英国侵略者东来的故事一样，称为要求“入贡”。世宗召大学士严嵩、李本和礼部尚书徐阶到西苑便殿，手持俺答求贡书，问他们有什么办法。
“这是一群饿贼，皇上用不着操心。”严嵩说。
徐阶郑重地说：“军队一直驻到北京城外，杀人和切草一样，不仅是饿贼了。”
世宗皇帝只是点首，一面问严嵩看到“求贡书”没有。严嵩也有一份，从衣袖里拿出说：“求贡是礼部的事。”
“事是礼部的事，但是一切还请皇上做主。”徐阶说。
“本来是和你们商议的。”世宗说。
“敌人已经到了近郊，要开战，要守城，什么都没有准备，目前只有议和，但是唯恐将来要求无厌，这是困难。”徐阶的话逐渐地具体了。
徐阶
徐阶（1503—1583），字子升，号少湖，又号存斋，松江府华亭县人（今上海市松江区），张居正的恩师。
“只要于国家有利，皮币珠玉都给得。”世宗慨然地说。
“只是皮币珠玉，事情便好办了，”徐阶说，“万一还不满意，怎样处分？”
世宗竦然地说：“卿可谓远虑。”
计划是决定了。徐阶主张，指出俺答的“求贡书”是用汉文写的，日后不能做讨论的根据，而且也没有临城求贡之理，只要他退出长城，改用鞑靼文写，再由大同守将转达，一切可以商量。当然，这是一个缓兵之计。日子拖长了，四方勤王的军队开到北京，朝廷便有决战的实力。日子拖长了，鞑靼的骑士掳掠已多，俺答也失去了决战的热情。终于有一天，俺答整顿辎重，作退却的准备，这时世宗正在接二连三地催促兵部作战。丁汝夔问严嵩，严嵩说北京和边疆不同，在边疆打了败仗，不妨报功，在北京近郊打败了，皇上没有不知道的，那时怎样办？严嵩决定等待俺答掳掠饱了，自己退出，可是世宗也决定趁此大变杀戮大臣，“振作纲纪”！俺答一退，丁汝夔立即下狱。汝夔向严嵩求救，严嵩肯定地说：“我在，你绝对不会死。”然而世宗的决心没有挽回的余地，严嵩也没有援救汝夔的意志。直到弃市的时候，汝夔才知道被严嵩出卖了。兵部尚书受讯，兵部的参谋长官——职方司郎中王尚学例当连坐，汝夔只说“罪在尚书一人，与郎中无预”，因此尚学免死远戍。汝夔还不知道，临刑的时候很关切地问左右道：“王郎中已经免死了吗？”王尚学的儿子王化在旁跪下道：“承尚书大恩，家大人免死了。”汝夔叹了一声道：“你的父亲屡次劝我速战，但是我为内阁所误，以至于此。现在你的父亲免死，我可以安心了。”丁汝夔被冤枉是当时大众俱知的事，后来到了隆庆初年，才得追复原官。
经过这一次大变，居正认清了兵备是怎样的废弛，边备是怎样的重要，以及应付俺答的对策是怎样的急迫。他认清了严嵩误国卖友，对严嵩确是断念了。蜗牛的一个触角及时收回，但是另一个触角就趁此时伸出。他已经发见一个友人，这是他任庶吉士时的翰林院掌院学士，现任礼部尚书徐阶。在翰林院的名分上，徐阶是居正的老师，但是在政治立场上，他是居正的政友。他们之间的友谊一直维持到万历十年居正身殁为止。
徐阶，松江华亭人，短小白皙，一个典型的江南人。在政治上，他正是严嵩的敌手。严嵩柔佞，夏言刚愎，柔能克刚，所以夏言失败了。但是一味的柔佞，柔到和水一样，便唤不起信任。大难临头的时候，柔佞的人只是推卸责任，这样最容易引起轻视。徐阶不是这样，他不是钢铁，也不是水，他是一方橡皮。橡皮是柔的，遇到坚强的压力，能屈服，能退让，但是在压力减轻的时候，立即恢复原状。对于外来的力量，他抵抗，但是永远不采取决裂的态度，即在退让的时候，他也永远不曾忘去撑持。这是政治上的一种风度，以后张居正、张四维都曾经采取过。申时行维持九年的政权，也是保持这个风度。
这个时代，恰是阳明之学盛行的时代，徐阶不是王守仁的学生，但是他的朋友很多都是阳明一派的人。他曾和聂豹、欧阳德、程文德等在北京灵济官讲学，听讲的人有时多至五千，是北京讲学的盛会，但是他的良知之学和他的侍从世宗，修治斋醮，好像不曾发生冲突。他讲求经世之学，但是他也精心结撰青词，好像也没有矛盾。他正在准备在政治上和严嵩争斗，然而表面上只有和平。时机还没有来，他正跧伏着。
嘉靖三十年是明代对外关系中可以纪念的一年。嘉靖二十九年俺答入侵，终于在饱掠以后退出长城了，但是对于北京正是一个随时可发的威胁。大将军仇鸾不敢开战，只有设法避免战争，主张采取马市的办法。马市是由俺答岁进若干马，朝廷岁给若干币帛粟豆。在表面上，是通商，在事实上，俺答所得的是生活必需的资源，明朝所得的是不能作战的马匹。嘉靖三十年三月，开马市。第一个反对的是兵部员外郎杨继盛，他奏言十不可、五谬。世宗召集大臣会议，仇鸾大声地说：“杨继盛没有看过战争，把事情看得这样容易！”最后的决定还是认为既经和俺答约定了，无从反悔。继盛也就在这次贬为甘肃狄道典史。继盛是徐阶掌国子监时的门生，但是徐阶看到仇鸾结纳严嵩，正在得宠的时候，一句话没有说。就是居正也在这个时期为严嵩赋三瑞诗：一篇称颂严家瑞竹、瑞芝、瑞莲三物的诗。最后的几句如下：
扶植原因造化功，爱护似有神明持。君不见，秋风江畔众芳萎，唯有此种方葳蕤！
这时是夏言已倒，徐阶未起的时候，世宗的力量正在维持着这一本江西分宜的瑞莲。
马市的事实对于朝廷毕竟是一种侮辱。世宗衰迈了，也许有一些苟且，然而禁不起这个刺激，高傲的血液里激荡着复仇的气息。仇鸾不知道，还在庆贺自己的成功；俺答也不知道，还在和平的气氛中，不断地进攻大同、怀仁。战争的呼声又起了，沉没了世宗苟安的杂念。嘉靖三十一年三月，他一面派仇鸾赴大同巡视边防，一面命礼部尚书徐阶兼东阁大学士参预机务。徐阶看清世宗对仇鸾的信任已经起了变化，首先便把仇鸾贻误大局的策略揭破。五月召仇鸾入京，八月收仇鸾大将军印，九月罢马市，朝廷和鞑靼间恢复作战的体制。世宗对仇鸾的反感，一切都被严嵩看在眼里。严嵩本来也感到徐阶的威胁，正在打算借徐阶、仇鸾平时接近的关系，给他们一个一石二鸟之计，却想不到第一个推翻仇鸾的却是徐阶，被他占了先着。于是他把一腔仇怨深深地埋藏下去，再伺候适宜的机会。徐阶也趁此时机结纳居正。周圣楷在《张居正传》中称“时少师徐阶在政府，见公沉毅渊重，深相期许”，便是这个时候。《明史·张居正传》称“严嵩为首辅，忌阶，善阶者皆避匿，居正自如，嵩亦器居正”。徐阶和居正方在计划推倒严嵩的政权，但是表面上还是平和的。严嵩看到居正在那里做《贺灵雨表》《贺瑞雪表》《贺冬至表》《贺元旦表》那些不痛不痒的文章，有时便吩咐他代拟一道，居正那些“臣等秩首班行，恩深眷遇，涵濡德泽，同万物以生辉，拜物衣冠，仰九天而称贺”，“卧等叨尘密勿，夙荷生成，念岁月之既多，感宠恩之愈厚”，都是在嘉靖三十一、二年代辅臣拟作的。在严嵩的眼中，居正只是一个应酬诗文的作家，这又证实严嵩不如徐阶敏感。
嘉靖三十二年，居正是一个二十九岁的青年，但是他的抱负已经把他压迫得喘不过气来。诗集中有《拟西北有织妇》一首，大致是这年作的：
西北有织妇，容华艳朝光。朝织锦绣段，暮成龙凤章。投杼忽长吁，惄焉中自伤。绵绵忆远道，悠悠恨河梁。远道不可见，泪下何浪浪！春风卷罗幙，明月照流黄。山川一何阻，云树一何长。安得随长风，翩翻来君傍。愿将云锦丝，为君补华裳。
究竟是少年人，在一首通篇比兴的诗后，透出志在宰辅的抱负。幸而严嵩不会看到此诗，可以不必顾忌，他只在那里等待江南来的长风，把他送进内阁。
嘉靖二十九年俺答包围北京的时候，仇鸾不敢开战，是严嵩的同志；马市开了，世宗一意听信仇鸾的话，仇鸾便成为严嵩的威胁，所以杨继盛攻击仇鸾，间接也给予严嵩一种安慰。嘉靖三十一年仇鸾失败，继盛便由狄道典史，一升山东诸城知县，再升南京户部主事，三升刑部员外郎，四升兵部武选司；从嘉靖三十一年到三十二年，一岁四迁，严嵩看清这次继盛一定是感激涕零了，偏偏继盛也看清严嵩只是一个辜恩误国的权奸。到任一个月，他弹劾严嵩十大罪，又说：
嵩有是十罪而又济之以五奸。知左右侍从之能察意旨也，厚贿结纳，凡陛下言动举措，莫不报嵩，是陛下之左右，皆贼嵩之间谍也。以通政司之主出纳也，用赵文华为使，凡有疏至，先送嵩阅，然后入御。王宗茂劾嵩之章，停五日乃上，故嵩得展转遮饰。是陛下之喉舌，乃贼嵩之鹰犬也。畏厂卫之缉访也，令子世蕃，结为婚姻。陛下试诘嵩诸孙之妇，皆谁氏乎？是陛下之爪牙，皆贼嵩之瓜葛也。畏科道之多言也，进士非其私属，不得预中书、行人选；知县非通贿，不得预给事、御史选。既选之后，入则杯酒结欢，出则馈赆相属，所有爱憎，授之论刺，历俸五六年，无所建白，即擢京卿。诸臣忍负国家，不敢忤权臣。是陛下之耳目，皆贼嵩之奴隶也。科道虽入牢笼，而部、寺中或有如徐学诗之辈，亦可惧也，令子世蕃，择其有才望进罗置门下，凡有事欲行者，先令报嵩，预为布置，连络蟠结，深根固蒂。各部堂司，大半皆其羽翼，是陛下之臣工，皆贼嵩之心膂也。陛下奈何爱一贼臣，而忍百万苍生陷于涂炭哉！至如大学士徐阶，蒙陛下特擢，乃亦每事依违，不敢持正，不可不谓之负国也。
继盛上疏之前，斋戒三日，满以为一诚上达，为国除害。但是，他却忘去了世宗的存在。世宗任用严嵩，这是世宗的认识；继盛指摘严嵩的奸贼，便是指摘世宗的认识错误。这一点徐阶看得清，但是徐阶对于继盛的上疏也是无可奈何，只有坐看严嵩的挑剔和刑部尚书何鳌的罗织。继盛经过廷杖一百以后，系刑部狱三年，最后在嘉靖三十四年，附着毫无关系的都御史张经案中弃市，这是后话。
居正是一个深沉的人，从继盛下狱以后，处处感到危机。对于时局，他的愤懑已经达到极点，可是偏偏不许流露。他的抱负是伟大的，可是在这个政局里，只要他做无关痛痒的文章，用不到他的抱负。平生的知己只剩得徐阶，然而徐阶只是那样的小心翼翼，纵使居正有什么主张，他一概不问，永远是静静地待着；而严嵩的政权正在日新月异地，因为受着世宗的栽培而滋长。
这是作诗的时机吧！居正充分地把一腔哀怨交给他的诗囊：
述怀
岂是东方隐，沉冥金马门？方同长卿倦，卧病思梁园。蹇予柄微尚，适俗多忧烦。侧身谬通籍，抚心愁触藩。臃肿非世器，缅怀南山原。幽涧有遗藻，白云漏芳荪。山中人不归，众卉森以繁。永愿谢尘累，闲居养营魂。百年贵有适，贵贱宁足论。
适志
有欲苦不足，无欲亦无忧，羲和振六辔，驹隙无停留。我志在虚寂，苟得非所求，虽居一世间，脱若云烟浮。芙蕖濯清水，沧江漂白鸥。鲁连志存齐，绮皓亦安刘，伟哉古人达，千载想徽猷。
蒲生野塘中
蒲生野塘中，其叶何离离，秋风不相惜，靡为泉下泥。四序代炎凉，光景日夜驰，荣瘁不自保，倏忽谁能知。愚暗观目前，达人契真机，履霜知冰凝，见盛恒虑衰。种松勿负垣，植兰勿当逵，临市叹黄犬，但为后世嗤。
在那个时代里，政治界的人物大都是热衷的。无疑地，居正的整个政治生活充满了热衷的气息。然而这时他居然恬淡了。他没有忘去鲁连存齐、绮皓安刘的伟业，但是眼前正留着种松负垣、植兰当逵的炯戒。归去罢，归去罢，江陵的山水正在向他招手。
据敬修的《文忠公行实》，居正元配顾氏，继配王氏。他第一次结婚在哪一年，不可考。从诗集编次看，大致嘉靖三十二年，顾氏已经死去一年了，诗题：“余有内人之丧一年矣，偶读韦苏州伤内诗，怆然有感。”这首诗流露了居正夫妇间的爱恋，“蹇薄遘运屯，中路弃所欢，嬿婉一何促，饮此长恨端”四句，指明他们相处的时期并不太长，然而已经永别了。“离魂寄空馆，遗婴未能言”，正写出寄榇北京的情形，遗婴是否就是敬修，也不可知。
顾氏死后，不久居正又结婚了，这是王氏。正和一切再娶的情形一样，人生的缺憾是无法弥补的。居正诗集中《朱鸟吟》的最后两句“仙游诚足娱，故雌安可忘”，是一个证明。
归去罢，归去罢！平生的抱负无法实现，当朝的权奸无法扫除；同年杨继盛已经下狱，自己的前途毫无保障；少年的伴侣已被死亡夺去；感情的创痕又无从弥补。嘉靖三十三年的居正只是一个三十岁的青年，然而他已经认识了人生的痛苦，纵使没有什么大不了的疾病，他已经感觉到衰病缠绵。终于在这一年，他告了病假，仍回江陵。临行的时候，他对徐阶留下一封一千几百字的长信。他说：
相公雅量古心，自在词林即负重望，三十余年；及登揆席，益允物情，内无琐琐姻娅之私，门无交关请谒之衅，此天下士倾心而延伫也。然自爰立以来，今且二稔，中间渊谋默运，固非谫识可窥，然纲纪风俗，宏谟巨典，犹未使天下改观而易听者，相公岂欲委顺以俟时乎？语曰：“日中必熭，操刀必割。”窃见向者张文隐公刚直之气，毅然以天下为己任，然不逾年遽以病殁。近欧阳公人伦冠冕，向用方殷，亦奄然长逝。二公者皆自以神智妙用，和光遵养，然二三年间，相继雕谢。何则？方圆之施异用，愠结之怀难堪也。相公于两贤，意气久要，何图一旦奄丧，谁当与相公共功名者？况今荣进之路，险于榛棘，恶直丑正，实繁有徒。相公内抱不群，外欲浑迹，将以俟时，不亦难乎？盍若披腹心，见情素，伸独断之明计，捐流俗之顾虑，慨然一决其平生。若天启其衷，忠能悟主，即竹帛之名可期也。吾道竟阻，休泰无期，即抗浮云之志，遗世独往，亦一快也。孰与郁郁颔而窃叹也？
夫宰相者，天子所重也，身不重则言不行。近年以来，主臣之情日隔，朝廷大政，有古匹夫可高论于天子之前者，而今之宰相，不敢出一言。何则？顾忌之情胜也。然其失在豢縻人主之爵禄，不求以道自重，而求言之动人主，必不可几矣。愿相公高视玄览，抗志尘埃之外，其于爵禄也，量而后受，宠至不惊，皎然不利之心，上信乎主，下孚于众，则身重于泰山，言信于蓍龟，进则为龙为光，退则为鸿为冥，岂不绰有余裕哉！
究竟经验是跟着年龄来的。三十岁的翰林编修已经迫不及待，拂衣而去了；五十二岁的内阁大学士却认清楚还得忍耐，还得忍耐。“披腹心，见情素”，固然是一个办法，但是在固执己见、呵护前非的世宗面前指摘严嵩，便是激怒皇上。杨继盛的例子在那里，这个使不得。“抗志浮云，遗世独往”，也很好，可是在和严嵩决裂以后，要想退居林下，安然自得，这是不可能的事——这是事实，不是徐阶的过虑。徐阶去位以后，遇到高拱当国；高拱去位以后，遇到张居正当国，都经过很大的危难。何况严嵩是一个比高拱更有办法，比张居正更无顾忌的人呢？不错，为了国家的安全，为了自己的安全，徐阶一步造次不得，他终于还是踡伏着，一切还是和平。他想到居正信中最后的几句，简直有些讽刺自己固位希宠了，他只是深切地沉吟：青年人不知道自己的苦衷，临去的时候连辞行的礼貌都没有，那么就让他去吧。徐阶依旧是“内抱不群，外欲浑迹”。
- 嘉靖十九年，改总制为总督。
- 书牍一《与分宜尹》。
- 奏疏十二。
- 上字应作下，《明史·食货志》引作上。
- 诗三。
- 《明史·庄敬太子传》误作嘉靖八年。
- 《明会典》。
- 诗六。
- 文集九。
- 奏疏十三《贺元旦表》二。
- 奏疏十三《贺元旦表》五。
- 诗一。
- 诗一。
- 诗一。
- 王世贞《首辅传》卷七言居正以妻丧请急归，与居正言不合。
- 诗集《送黎忠池》二首之二“余有归与兴，抱病淹朝秩”可证。
- 书牍十五《谢病别徐存斋相公》。
