导言 马衡先生生平学术
马衡(1881—1955)，谱名裕茳，字叔平，号凡将斋主人，别署无咎，浙江鄞县人。著名金石学家、考古学家、篆刻书法家、收藏家。曾任北京大学史学系教授、北大研究所国学门导师兼考古学研究室主任、北大考古学会主席、北大图书部主任、清华国学研究院特别讲师、西泠印社社长、故宫博物院院长、北京文物整理委员会主任委员等职。马衡生活在新旧思想文化激烈碰撞而又相互交融的时代，既继承了传统的金石、考据之学，又开拓了我国新兴的考古学，可谓近现代学术转折时期承上启下的代表性学者之一。可是，由于其为人谦和低调，不立门户，不涉政治，所治之学又较为专门、冷僻，与20世纪流行的各种时髦热闹的思想、主义较少瓜葛，使得其人其学不容易为社会大众所了解和注意。时至今日，一般民众包括不少学者或曾听闻过马衡的大名，但对其具体的生平事迹恐怕就不甚了解，至于其研究内容、艺术创作以及学术贡献更是知之甚少。这不能不说是一件憾事。加之我国现代学术发展至今大致已经历了百年的历程，在许多问题上不免陷入一种模式化的思路之中，抑或一味追逐各种新奇炫目的理论而遗忘了学术的本根。未来的学术研究若欲求得进一步发展，在埋头赶路的同时，更需要不断地回到起点进行反思与审视。而马衡那一辈学者所从事的研究工作不妨视为现代国学研究的一个起点，其中包含了各种或正或反的经验。因此，本书在搜集、选编马衡各领域重要论著的基础上，略述其生平行事与学术成就，以期较为全面地展示、表彰其人格学问、道德文章，也为今后的国学研究提供一些可资利用的知识材料与思想资源。
一 马衡生平事略
1881年6月20日，即清光绪七年农历五月二十四日，马衡出生于江苏吴县县衙内宅，祖籍浙江宁波鄞县东乡盛垫桥。相传，盛垫桥马家祖上乃汉代伏波将军马援之后，原居河南开封府，世亘业儒。后因北宋末年战乱南渡避难，迁居浙江临安，不久又隐迹于明州鄞县。明代永乐、宣德年间，其中的一支子昌公自鄞县塔峙嶴迁至邑东盛垫桥，入赘盛家，并定居于此，遂成为该族始祖。三世祖颐庵公曾官至兵部尚书。后家道中落，至马衡父亲马海曙时家里已穷得片瓦皆无，一度只能寄居在盛垫桥马氏祠堂里。
马海曙，生于清道光六年(1826)，族名有木，字薮香，号渔珊。少时或曾读过一些书，但未能进学，十五岁便到当地米行当学徒，后跟随同乡商人到扬州经商。咸丰元年(1851)，太平天国运动爆发，两年后攻占扬州。马海曙避居城外仙女镇，因有经营才能，替清军筹集粮饷有功，遂得到重用，令以县丞投效，正式步入仕途。后又檄募团丁防守扬州，跟随张国梁转战有功，擢知县，赏戴蓝翎，加品顶戴，寻赏花翎，加知府衔，以直隶州知州用。同治六年(1867)，分发江苏任用。后授金坛知县，调补宝山知县，历署吴县、丹徒、元和等县，兼理长洲县事，以知府用，加三品衔，并诰授朝议大夫，其父母、祖父母亦皆有诰封，可谓光宗耀祖，重振门庭。马海曙虽非科举出身，居官却颇有政声，两江总督刘坤一曾谓其熟习洋务，可供差遣，又称赞他“和平笃实，为政不事威严，临民如对子弟。其于地方应修水利，日夜孜孜不遗余力”，特以循吏保荐。
马海曙先后娶妻三房，共育有九子，除三子、八子早夭外，尚有长子马裕藩、二子马裕藻、四子马衡、五子马鑑、六子马权、七子马准、九子马廉。由于马衡与马裕藻、马鑑、马准、马廉兄弟五人后来皆在北京大学、燕京大学等著名学府任教，学术上各有造诣，可谓一门俊彦，故时人有“一门五马”“五马行空”之誉。
1886年，马海曙延请叶瀚在家中设馆，教授马家子弟。马氏兄弟不仅跟随其学习“四书五经”等儒家经典，马衡还特别向其请教金石、书法、篆刻之学。叶瀚当时年仅27岁，刚从日本留学归国，既精通旧学，又了解新学，还与梁启超、汪康年等维新党人相友善，主张教育救国，变法图强。早年的这段学习经历想必对马衡日后的兴趣志向和学术研究产生了深刻的影响，规划了最初的人生方向。
1895年，马海曙病逝于宝山知县任上。马衡随即同家人迁出县衙，扶灵回到故乡宁波新建的马衙街宅邸。1899年，马衡与五弟马鑑一同参加科举考试，双双考取秀才。但二人并未继续参加乡试，而是选择报考上海的南洋公学，并顺利进入南洋公学中院预科二班就读。当时，南洋公学分为师范院、外院、中院与上院四院，中院相当于中学，开设国文、外文、算学、史地、博物、理化、法制、经济、体操等课程，学制为五年，其中中院三年，高等预科两年，且规定须修完高等预科才能毕业，目的在于为上院提供生源。1901年1月，马衡在就读三个学期后便从南洋公学退学，此后一直在家自学。至于马衡中途退学的具体原因，目前已不可确考，学者一般认为是因为其岳父叶澄衷去世，叶家面临分产问题，故需要马衡尽快回家与叶薇卿完婚，并继承一份家族产业。
当年马海曙任宝山知县时，因在宁波旅沪同乡会“四明公所”兼任要职，结识了多位旅沪宁波籍工商业者，其中便包括著名的“五金大王”叶澄衷。1893年，经同乡富商朱葆三居中牵线，马、叶两家联姻。据说，当时马海曙领着马衡、马鑑、马权三人到叶家提亲，由叶澄衷亲自相中了马衡，将次女叶薇卿许配与他。二人后于1902年完婚，先后生育了十个子女。婚后，马衡从宁波搬入上海叶家的花园洋房，并担任叶氏企业董事，年薪六千银圆外加红利，可谓衣食无忧，生活优渥。这不仅使马衡可以安心从事他所钟爱的金石篆刻之学，也为其日后的收藏事业奠定了坚实的物质基础。马衡所任董事之职虽更多只是挂名的意义，并不需要负责企业的日常运营，但他有时亦会参与一些公司的管理活动，如参加董事会议，出席社交应酬，代表公司到各地的分号视察，了解企业的经营管理状况，从而锻炼、提高了马衡的待人处事与行政管理能力，为其日后胜任其他管理职务准备了必要的素质与条件。那时，叶家还兴建了上海最大的跑马场“江湾跑马厅”，马衡经常去那里练习马术，从而锻炼了身体，大大改善了原先羸弱的体质。而马衡的夫人叶薇卿作为富家的千金小姐，从小娇生惯养，颐指气使，不免性格比较强悍，脾气亦不太佳。据马衡之子马文冲回忆，其母亲“发起脾气来，会六亲不认，有时候可以骂上三四个小时，还经常乱扔乱砸”，马、叶两家无人敢撄其锋，大抵是苏格拉底之妻一流的人物，而马衡则对其处处谦让，不知这于马衡的性格与事业是否亦称得上是一种另类的成就。
虽然身处十里洋场、灯红酒绿之中，但马衡内心对此并不热衷，其最喜爱的仍是金石、篆刻、书法等学问，并广集金石、书画、古籍、碑帖等，逐渐在上海、江浙的文人雅士圈子里小有名气。正是在这一时期，马衡结识了著名篆刻家吴昌硕、吴隐、丁辅之、王福庵、叶铭等人，并参与西泠印社的筹建工作，成为西泠印社的早期社员。创社之初，由于经费缺乏，社内物品和活动经费多来自社员和赞助人的捐助，而马衡便是其中一位积极捐助者。据记载，其于1910年曾一次性捐助大洋五十圆，另有磐式茶几四张、靠背一字椅八张、大方几桌一张、圆桌面一张等物品，为早期西泠印社的建设贡献了重要力量。同时，马衡还取司马相如作《凡将篇》之意，将自己的书斋命名为“凡将斋”，并请吴昌硕题写匾额，得到欣然应允。吴昌硕时年六十二岁，马衡年仅二十五岁，由此可见吴氏对于后学晚辈“笃学嗜古”精神的嘉勉。而马衡对此匾亦十分珍视，与其相伴终生，后由其子马彦祥捐献给北京故宫博物院。
在上海当了十五年寓公之后，马衡仍不认为这就是他所期望和追求的生活，而此时他的人生正迎来另一个重大的转折。1917年，时任总统的黎元洪下令，将国史馆并入北京大学，在北大附设国史编纂处，由校长蔡元培兼任国史编纂处主任。由于处内人手缺乏，当时身为北大国文系教授的马裕藻念及马衡始终有志学术，便将其推荐给蔡元培，并获认可。听闻这一消息，马衡立即舍弃了公司董事之职和上海优越的生活，不顾其妻劝阻，只身来到北京，寄居在马裕藻家中。待工作逐步安定下来之后，才在北京购置房屋，将一家接到北京居住。初到北大，马衡受聘为国史编纂处征集员，寻又兼任体育教员，教授马术。由于当时北洋政府经常拖欠教师薪水，马衡一家的生活常常要靠上海的妻舅汇款支援。据其子马文冲回忆，尽管搬到北京后生活水平有所下降，但马衡的心情显然好了不少。“父亲在上海时经常督促兄弟们背书，背不出来就罚跪，到北京来了，父亲的脾气好了很多，‘改罚为奖了，谁背出来就奖一盒牛奶糖’。”
后来，马衡在金石学等方面的学术能力逐渐得到众人的了解与认可，先后被聘为北大国文系、史学系讲师，史学系教授，讲授金石学课程，并兼任北大研究所国学门导师、考古学研究室主任、考古学会主席，以及清华国学研究院特别讲师等职。1923年，马衡又兼任北京大学图书部古物美术品主任，1929年任北大图书部主任。其上任后大力整顿馆事，邀请武昌文华大学图书馆专科高年级学生帮助整理积压的西文书籍，以杜威分类法编订西文书目，并公布新拟定的《图书馆借书规则》，整顿读者借阅混乱的状况，还组织出版了《北大图书部月刊》，成为北大图书馆历史上第一次出版的月刊。1928年，北伐军占领北京，南京国民政府随后决定实行大学区制，将北大等北京国立九校改组为中华大学，后又改称北平大学，隶属于北平大学区。在此期间，北大文学院被划入北平大学文学院，张凤举任院长，马衡曾短暂出任史学系主任。但因当时北大学生强烈反对这一拆分北大的改革措施，罢课护校抗议，使教学活动陷入停顿，马衡实际上并未履职。此外，马衡还与蔡元培、李石曾、沈尹默、马裕藻、钱玄同等人一同创办了北京孔德学校，并担任常务董事，负责筹划学校经费、制定办学方针等事。
在北大任教期间，由于相似的学术志趣与研究内容，以及谦恭随和的性格，马衡与不少著名学者之间有着密切的交往，建立了深厚的友谊。例如，出于对金石、考古等学问的共同喜好，马衡很早便与罗振玉、王国维结识，到北京后交往日密，特别是与王国维之间保持了近三十年的交情。1917年底，蔡元培就任北大校长后不久，听闻王国维由日返沪任教，便欲通过马衡邀请其到北大担任文科教授，但遭王国维婉拒。1920年底，蔡元培又委托马衡与王国维联系，邀请其担任北大文科函授教授，而王国维则以身体、杂务、家累等理由推辞。他在复马衡信中说道:“来书述及大学函授之约，孟劬南来亦转述令兄雅意，惟近体稍孱，而沪事又复烦赜，是以一时尚不得暇晷，俟南方诸家书略整顿后再北上，略酬诸君雅意耳。”其又就此事致书罗振玉，表示:“马叔翁及大学雅意，与公相劝勉之厚，敢不敬承。惟旅沪日久，与各处关系甚多，经手未了之件与日俱增，儿辈学业多在南方，维亦有怀土之意，以迁地为畏事。前年已与马叔翁面言，而近岁与外界关系较前尤多，更觉难以摆脱。仍希将此情形转告叔翁为荷。”1922年初，北大研究所国学门成立，马衡再次盛情邀请王国维担任国学门通讯导师，去函言及“大学同人望先生之来若大旱之望云雨，乃频年敦请，未蒙俯允。同人深以为憾。今春设立研究所国学门，拟广求海内外学者指导研究。校长蔡孑民先生思欲重申前请，乞先生之匡助，……想先生以提倡学术为己任，必能乐从所请”，又谓:“大学新设研究所国学门，请叔蕴先生为导师，昨已得其许可。……好在研究所导师不在讲授，研究问题尽可通信。为先生计，固无所不便;为中国学术计，尤当额手称庆者也。”王国维经过反复考虑，终为马衡与北大的诚意所打动，允就国学门通讯导师之职。1922年7月底，马衡委托友人张嘉甫向王国维转呈书信及北大导师薪金二百元。王国维几经推辞后收下薪金，复信马衡致谢，询问“研究科有章程否，研究生若干人，其研究事项想由诸生自行认定”，并表示其“于经、小学及秦汉以上事(就所知者)或能略备诸生顾问;至平生愿学事项，力有未暇者尚有数种，甚冀有人为之，异日当写出以备采择耳”。此后不久，王国维又致书马衡，告知其已为研究所国学门拟就研究题目四条，并建议北大开设满、蒙、藏文讲座及东方古国文字学课程，资助派遣有志于此并有史学根底的研究生赴法、德等国学习深造。
1924年8月，《北京大学日刊》登载《研究所国学门考古学会保存大宫山古迹宣言》一文，揭露清室侵占、毁坏大宫山古迹以图建筑园寝的行为。文中不仅直呼溥仪之名，且有“乃亡清遗孽，既擅将历代相传之古器物，据为己有;甚且押售外人，罔恤舆论”等语。王国维阅后大为光火，讥讽考古学会诸君“不智”“不仁”“无勇”，愤而辞去国学门导师之职，并索还前交《国学季刊》拟发表之文，彻底与北大决裂。尽管经历了这样不愉快的事件，但王国维与马衡之间的私人友谊并未因此断绝。1924年10月，冯玉祥发动北京政变，要求修改清室优待条件，逼迫逊帝溥仪迁出宫禁，并成立“办理清室善后委员会”，将宫内物品封存清点。为此，王国维向马衡求助，表示“委员会检查南书房时，弟有如意四柄，(上并有姓名。)朝冠、披肩、朝裙各一件，同官中亦多有之，闻被封在一小屋内”，希望其代为交涉归还。1925年9月，马衡自洛阳考察归来后，将新近所得汉魏石经残石拓本近七十种及卣文影印本一纸赠予王国维研究。王国维感激非常，去信表示“百朋之锡，何以加之，敬谢敬谢。……此次所得残石至六七十片之多，可谓大观，然非兄亲往，恐亦不能运至此也。汉石经中，其一块有‘阳’字及‘弭’字者，乃《小雅》《采薇》《出车》二篇之文。(魏石经中似尚有《无逸》残字，不止‘民命’一石，尚未细检。)弟才阅一过，仅能知此，想兄必已考出也。小字隶书究系何物，兄已考出否？”1926年8月，王国维在《图书馆学季刊》中读到马衡所作《中国书籍制度变迁之研究》后，主动提供一则材料供其参考补充。马衡随即复信表示感谢，谓:“日前得手书，承示《墨庄漫录》所记。缝缋法岁久断绝，即难次序。其法为先订后写，与后来之线装书不同。嘱为补入拙著，至感至佩!拙著中尚有应行修改者否？并乞赐教为幸。”直到1927年初，王国维仍与马衡通信并会面，讨论金石、度量衡等问题，“畅谈至快”。由此可见二人之间的学术交往始终未曾间断。
1927年6月王国维自沉昆明湖后，马衡以“殷南”之名在《国学月报》上发表《我所知道的王静安先生》一文，悼念好友之丧，并为其死因辩白。在他看来，王国维之所以选择自杀，并非为了殉清守节，而是由于“思想的冲突与精神的苦闷”，“既有长子之丧，又遭挚友之绝，愤世嫉俗，而有今日之自杀”。马衡特别从学术角度进行分析，指出王国维治学“能不为纲常名教所囿，集合许多事实，以客观的态度判断之”，故“他的辫子是形式的，而精神上却没有辫子”，且其研究学问“常常循环的更换”，所以“他是思想不受束缚而且生怕受束缚的人，不应该不发觉他一时的错误”。惟其长期生活于守旧的环境之中，“既然发觉，而又为环境所压迫，不能轻易变更，这就是他隐痛所在。一到时机危迫的时候，就除死别无他法”。鉴于马衡的学术水平与声望，清华学校应陈寅恪等人之请，聘马衡为国学研究院特别讲师，以接替王国维原先担任的金石学课程。王国维去世两年后，清华国学研究院停办，国学院师生集资募款为其在校园内建造了一座“海宁王静安先生纪念碑”。纪念碑由陈寅恪撰文，林志钧书丹，马衡篆额，梁思成拟式，皆为一时之选。
此外，马衡对王国维书稿著作的刊印出版也十分关注，协助出力不小。1921年底，王国维欲印行其抄录校订的敦煌出唐写本《切韵》残卷三种，马衡得知后便于大学同人中牵头集资，交由中华书局付印，共印五百部，并于次年1月出版。1923年底，《观堂集林》印成出版，亦由马衡介绍在北大销售。王国维去世后，马衡又将其遗著《三字石经考》抄录一份，以备日后整理出版。是书卷首有马衡题跋曰:“《三字石经考》，为亡友海宁王静安先生遗著。一碑图、二经文异同、三古文、四附录。录《隶释》所录魏石经图，乃未竟之稿。先生归道山后，衡录副藏之，暇当为之整理增订，授之梓人。忆自十二年秋，衡得石经残石，先生亦于是时来京，乃相与摩挲审辨，有所发明，则彼此奔走相告，四年以来未尝或辍，而今已矣。无复质疑问难之人矣。读此遗编，倍增怅惘。”观之令人动容。
马衡与性情直率放达、善谈谐，而又精通音韵、文字之学的钱玄同也十分投缘，相契甚深。二人经常在一起吃饭聊天，交流学术，讨论大学与孔德学校之事。1922年4月，马衡撰成得意之作《石鼓为秦刻石考》。一日晚间，其与马裕藻、钱玄同、单不庵等人在沈士远家中聚餐，席间以新撰之文出示众人。钱玄同读后大为赞赏，表示“引证极确，断制极精，自有石鼓考以来，未有若斯之精当者也。我以为石鼓之考证得此，可以作为定论”，可谓知音之言。
马衡与钱玄同的共同好友周作人曾在《知堂回想录》中记录了马、钱二人交往过程中发生的几则小故事，颇为传神地表现了二人的性格特点与亲密关系:
有一次玄同与我转托黎劭西去找齐白石刻印，因为黎齐有特别关系，刻印可以便宜，只要一块半钱一个字，叔平听见了这个消息，便特地坐汽车到孔德学校宿舍里去找玄同，郑重的对他说:“你有钱尽有可花的地方，为什么要去送给齐白石？”他自己也会刻印，但似乎是仿汉的一派，在北京的印人经他许可的只有王福庵和寿石工。……他又喜欢喝酒，玄同前去谈天留着吃饭的时候，常劝客人同喝，玄同本来也会喝酒，只因血压高怕敢多吃，所以曾经写过一张“酒誓”，留在我这里，因为他写了同文的两张，一张是给我的，却不知道是什么缘故，都寄到这里来了。原来系用九行行七字的急就庼自制的红格纸所写，其文曰:“我从中华民国二十二年七月二日起，当天发誓，绝对戒酒，即对于马凡将周苦雨二氏，亦不敷衍矣。恐后无凭，立此存照。钱龟竞十。”下盖朱文方印曰龟竞，十字甚粗笨，则是花押也。给我的一纸文字相同，唯周苦雨的名字排在前面而已。看了这写给“凡将斋”的酒誓，也可以想见主人是个有风趣的人了。他于赏鉴古物也很有工夫，有一年正月逛厂甸，我和玄同叔平大家适值会在一起，又见黎子鹤张凤举一同走来，子鹤拿出新得来的“酱油青田”的印章，十分得意的给他看，他将石头拿得远的一看，(因为有点眼花了)不客气的说道:“西贝，西贝!”意思是说“假”的。玄同后来时常学他的做法，这也是可以表现他的一种性格。
1937年“七七事变”后，钱玄同由于身体原因无法随校南迁，被迫滞留北平，与马衡等大部分旧友相分离。其间，由于音讯不畅，钱氏曾被误传死讯，勾起了身在后方的马衡的思念之情，遂作《怀钱玄同》:“忆昔论交东板桥，而今离索感无聊。氏为疑古惊流俗，堂号群言久寂寥。卖饼生涯应不恶，填膺悲愤料难消。西窗梦境分明记，莫信髯苏儋耳谣”，追忆了二人之间的交往，寄托了对故人与往事的深切怀念。1939年1月，钱玄同于沦陷中的北平病逝。马衡听闻这一消息后，又作《钱玄同挽词》悼之曰:“一夕宣南陨巨星，卅年知己痛凋零。乱离未许书频寄，感契翻疑梦有灵。谁复怀铅问奇字，从今卖饼胜遗经。遥怜黯淡风霾里，薤露歌残不忍听。”可见二人之间隐藏在日常的幽默打趣背后的深厚情谊。
此外，马衡与北大著名的“三沈”亦长期共事，交情颇深。“三沈”，即沈士远、沈尹默、沈兼士三兄弟，虽出生于陕西汉阴，但祖籍浙江吴兴，也可算是马衡的同乡。沈士远曾任北京大学教授、校庶务部主任兼评议会评议员、燕京大学教授，后投身政界。中华人民共和国成立后，被聘为故宫博物院编纂委员、档案馆主任，再次与马衡共事。沈尹默早年赴日本留学，回国后曾任北京大学、燕京大学、中法大学、北京女子师范大学等校国文系教授，孔德学校常务董事会主席，河北省政府委员兼教育厅厅长，北平大学校长等职。其在河北省教育厅厅长任上时，马衡曾与之商议将河北作为北大考古学会的考古基地，遂促成了后来河北易县燕下都遗址的考古发掘工作。沈尹默擅长书法，曾受蔡元培委托，与马衡等人主持北京大学书法研究会，开我国现代高等学府重视书法教育与书法研究之先河。其在30年代又受聘为故宫博物院古物馆专门委员，负责鉴别晋唐以来的法书名迹。二人战时皆居重庆，马衡曾作《再用寺字韵答尹默》，盛赞其书学、书艺与自由独立之精神:“君家居近隆福寺，我昔谒君君论字。订交忽逾二十年，君书成家与众异。河发昆仑江起岷，穷原竟委谈訚訚。碗平掌虚肘自起，兔起鹘落豪能驯。二王妙迹垂千载，临模兼有神貌在。榜书冥想薛嗣通，俗札犹嗤徐季海。古人怀艺作公卿，促迫常教心胆惊。韦阎遭逢帝王世，何如君之自由享令名。”
沈兼士早年随二哥沈尹默一同留学日本，并从章太炎问学。回国后执教于各大学，曾任北京大学国史编纂处编纂员、国文系教授、文学院院长，厦门大学国文系主任、教授兼国学研究院主任，清华大学、中法大学、辅仁大学等校国文系教授，辅仁大学文学院院长兼文科研究所主任、代理校长等职。抗战胜利后，被国民政府教育部任命为平津区教育复员辅导委员会主任委员，兼任清理战时文物损失委员会平津区代表，负责接收包括故宫博物院在内的平津地区文化教育机构。在“三沈”中，马衡与沈兼士的关系最为亲近。沈兼士精于语言、文字及文献档案之学，在探讨、总结传统训诂学理论方面作出了重要贡献，被誉为“第一个从文字发展的角度来研究汉字从而提出新见解的学者”。马衡担任北大研究所国学门导师兼考古学会主席时，沈兼士任国学门主任兼考古学会常务干事，二人在工作上密切配合，学术上互相促进。1924年底，沈兼士担任清室善后委员会委员，负责点查、接收故宫文物，并筹备博物院成立事宜。次年，又与马衡等人被清室善后委员会推举为故宫博物院临时理事会理事，实际行使管理职责。故宫博物院成立后，沈兼士历任故宫博物院管理委员会干事、故宫博物院理事，并任图书馆副馆长，主持下属的文献部。1929年2月，文献部升格为文献馆，沈氏出任文献馆副馆长，1934年又担任馆长，直至病故。在此期间，他慧眼识珠，积极抢救、整理、编辑、出版、研究清宫档案文献，实为我国现代档案文献学的开创者和先驱者之一。沈兼士去世后，马衡曾为故宫博物院文献馆所编《文献论丛·沈兼士先生纪念刊》作序，指出“故宫所藏清代档案，浩如烟海，昔人以断烂朝报视之，罔知珍惜，毁弃散佚者，不可胜计。迨本院成立，沈兼士先生主持图书馆之文献部，始加以整理”，并表彰其“治事谨严，用力精勤，以事业为重”，“劳心殚力，督率馆员，从事清厘，复编订整理档案规则，以为分类编目之准绳。自是昔日杂沓散乱者，悉以类相从，分别部居，蔚为研究清代政治典章制度之珍贵史料，对于学术界之贡献，殊非浅鲜”。
作为北京大学研究所国学门考古学科的主要创建者与领导者，马衡亦在搜集、考察、发掘、保护古物古迹等方面做了大量有益的工作，为北大考古学的建立与发展作出了重要贡献。1923年6月，马衡赴洛阳汉魏太学遗址考察新近出土的汉石经残碑。9月，赴河南调查新郑、孟津两县出土古物，带回古物的拓片、照片多种，并购回出土铜器九十余种，六百三十余件。1924年8月，马衡至洛阳北邙山调查出土古物，为北大购得一些车器，并发现了两千年前的布。1925年7月，马衡又赴洛阳考察，购回汉魏石经残石数十种。10月，受日方之邀，赴朝鲜参观乐浪郡汉墓发掘及出土古物情况。此外，在马衡的领导下，北大考古学会还对京西大宫山大觉寺明代古迹、甘肃敦煌古迹，以及北京碧云寺古冢、圆明园、文源阁等处遗址进行了调查和保护，并积极筹划安阳殷墟与洛阳太学的考古发掘工作。
1929年11月，马衡偕傅振伦、常惠对河北易县燕下都遗址进行实地调查。次年4月，北大考古学会与古物保管委员会、北平研究院联合组建燕下都考古团，以马衡为团长，正式对燕下都故城北郊的老姆台遗址进行发掘。这是北大考古学会自成立以来开展的最大一次考古活动，亦是第一次真正意义上的考古发掘，历时月余，共获得各类文物二百零一袋又二十六木箱。为了保证发掘工作的顺利进行，马衡事先做了较为细致的准备工作，并与团员约法三章:“一、出土古物不得遗失或损坏;二、农民出售古物，由团收买，个人不得私购;三、团员不得饮酒，每周轮流休息，七日改善伙食时，仅准饮用土产麦酒——‘甘渣’。”
孰料由于此前孙殿英率部武装盗掘清东陵案发时，马衡由古董商处得到消息，最早站出来举发此事，向社会各界通报，呼吁政府严惩盗墓首犯孙殿英，并且以考古学家的身份亲自出庭作证，鉴定赃物，因而遭到孙殿英的记恨。事后孙殿英不但未受惩罚，反而因中原大战之机，受到阎锡山的拉拢利用，欲出任北平卫戍司令，扬言要通缉马衡，进行报复。而此时正在进行的燕下都发掘活动则遭到大批易县本地居民的激烈反对，他们还成立所谓易县文化古物保存会进行抵制。且当地的治安状况十分恶劣，据考古团成员常惠回忆，“同人日间赴台工作，夜住于练台村董姓家中，县政府派马巡数名随时保护，然作工月余每夕必闻枪声，夜不安枕，抢案日有所闻”。5月29日晚，距离发掘地七里远的城角村又发生抢案，事主因枪击受伤。相传此等皆系孙殿英唆使，一时气氛十分紧张。团员们深恐有人利用地痞暴动滋事，制造事端，危及马衡的人身安全，乃劝其回避，并决议暂停发掘工作，迁入城内居住。马衡因此不得不放弃这次难得的考古机会，在友人的协助下潜出北平，先是化名“无咎”，避居天津，随即乘坐海船，由胡适亲自护送至上海。同时，北平的燕下都考古团委员会亦来电，命令发掘工作停止，考古团全体成员遂于6月16日乘车返回北平，燕下都第一期考古工作至此宣告结束。
回到上海后，马衡曾转道杭州小住近三个月，与故友旧交联络切磋，积极参加西泠印社的各种活动。1927年末，西泠印社首任社长吴昌硕去世，后经创社元老王福庵等人荐举，马衡继任为第二任社长，在北平遥领社职。西泠印社作为文人雅士自发组织成立的艺术社团，其早期在组织制度与文献记载方面尚不完善，因而关于马衡担任社长的具体时间与次序存在多种不同说法，难以确证，但马衡为西泠印社的维持、发展所作的贡献则是众所公认的。譬如1928年，宋美龄到杭州游览，看中了西泠印社所在地孤山，提议将孤山改为中山公园。丁辅之等人闻讯后，立刻致信马衡求援，商议如何保全印社。由于马衡此时正任职于刚刚成立的古物保管委员会，便拟以古物保护为名，申请在西泠印社设立分会。恰逢1929年杭州举办第一届西湖博览会，孤山的西泠印社、俞楼、广化寺等处被辟为西湖博览会的卫生馆，前后历时半年之久，争取了不少时间。待西湖博览会一结束，马衡旋即在西泠印社挂起“全国古物保管委员会浙江分会”的牌子，后又经过多方协商交涉，最终使西泠印社的社址得以保留。此外，马衡对于西泠印社同人亦多有关照、提携之功，希望借助自己在学界、政界的资源与地位来提升西泠印社在更大范围和更高层次的影响力。如马衡在担任故宫博物院的管理工作之后，便举荐王福庵、唐源邺、方介堪等印社社员参与故宫的钤拓、编审等工作，并且聘请王福庵、方介堪等人为故宫博物院专门委员，从而在故宫与西泠印社之间搭起联系的桥梁，使得西泠印社及其社员的艺术成就为更多人所知晓。
若说马衡一生最著名的头衔，自然非“故宫博物院院长”莫属。论起马衡与故宫之间的因缘，最早可追溯到1924年。是年10月，冯玉祥发动北京政变，将逊帝溥仪驱逐出宫，同时成立“办理清室善后委员会”接管故宫。马衡与沈兼士、陈垣、马裕藻、钱玄同、徐炳昶、顾颉刚等北大研究所国学门同事一同受聘于清室善后委员会，参与清宫物品的点查、接收工作。1925年9月，清室善后委员会决议组建故宫博物院，同时成立故宫博物院临时董事会与临时理事会，由临时理事会“执行全院事务”，具体行使管理职责，马衡被推举为临时理事会理事。10月10日，故宫博物院正式成立。
次年3月，段祺瑞执政府制造了“三一八惨案”，并指责徐谦、李大钊、李石曾、易培基、顾兆熊等人“假借共产学说，啸聚群众，屡肇事端”，乃此次游行请愿的幕后主使，命令“京外一体严拿，尽法惩办，用儆效尤”。当时主持院务的理事长李石曾和常务理事易培基皆遭诬陷通缉，不得不出走避难，故宫博物院遂陷入群龙无首的状态。为此，故宫博物院董事会和理事会召开联席会议，举荐董事卢永祥与庄蕴宽两人为院务维持员，接替李石曾主持院务。由于卢永祥不在北京，实际维持院务的只有庄蕴宽一人。在职期间，庄蕴宽恪尽职守，不仅在拒绝执政府拨款的情况下，通过私人银行贷款的方式，解决了院中经费短缺的问题，而且通过多方斡旋，化解了直鲁联军欲强行进驻故宫的危机。7月，受吴佩孚支持新上台的杜锡珪内阁决议改组故宫博物院，结束维持员的工作，成立故宫保管委员会，原董事中仅留任庄蕴宽、汪大燮两人，并经委员会推举清室旧臣赵尔巽和孙宝琦为正副委员长。在随后的交接过程中，由于故宫原管理机构坚持要求组织移交委员会与接收委员会，逐项点交、接收，严格履行手续，并发起监督同志会，办理交接监督事宜，而新设保管委员会则表示反对，主张一切从简，立即接管，不必办理点交，双方爆发激烈冲突，甚至发生了陈垣遭报复被捕的事件。经过一番较量，赵尔巽、孙宝琦双双辞职，交接工作亦长期停滞不前，随着杜锡珪内阁的垮台，故宫保管委员会尚未正式接管故宫就宣告结束。
是年10月，奉系军阀入主北京，以李石曾为代表的故宫旧人见故宫博物院再次陷入无人管理的境地，感到十分忧虑，故提议邀集北京社会各界名流、学者发起成立维持会，同时请政府当局要员和军警方面代表以个人身份入会，以保障故宫的安全。这一主张得到众人的赞同，遂决议组织故宫博物院维持会，会员由三十七人组成，(后增加至六十人)马衡亦列名其间，并由汪大燮、颜惠庆、江瀚、王宠惠、庄蕴宽、熊希龄、范源濂联名致函国务院请求批准。由于北洋政府态度暧昧，各部门互相推诿，敷衍塞责，迟迟不予答复，其间又发生了宪兵司令部欲派兵逮捕庄蕴宽之事，使得维持会发起同人决定加紧组织进程，于12月9日自行集会宣布成立。会上，众人公推江瀚为故宫博物院维持会会长，庄蕴宽、王宠惠为副会长，并成立基金委员会，通过了维持会暂行简章。后江瀚又指定马衡、沈兼士、陈垣、袁同礼、吴瀛、江庸等十五人为维持会常务委员，共同执行本会事务。1927年8月，张作霖支持下的潘复内阁听信谣言，委派内务部总长沈瑞麟和农业部总长刘尚清率员查办故宫博物院，结果一无所获。9月，国务会议又通过《故宫博物院管理委员会条例》，决议成立故宫博物院管理委员会，任命王士珍为委员长，王式通、袁金铠为副委员长，以取代故宫博物院维持会。10月，管理委员会聘请马衡、沈兼士、俞同奎、袁同礼、彭济群等二十四人为干事，同时任命马衡为古物馆副馆长。
1928年6月，北伐军攻占北京，南京国民政府委派易培基为接收委员，前往北京接收故宫博物院。易培基因病不克北上，遂电请马衡、沈兼士、俞同奎、吴瀛、萧瑜为接收代表，办理接管工作。6月底，国民政府召开会议，审议国民党中央执行委员会政治会议咨送的《故宫博物院组织法》和《故宫博物院理事会条例》。国府委员经亨颐指责故宫文物为逆产，提议废除故宫博物院，分别拍卖或移置院内一切物品，并由会议讨论通过。马衡与其他接收代表闻知后立即联名撰写传单，向社会散发，宣传保护故宫的重要意义，身在南京的易培基亦与时任古物保管委员会主任委员的张继联系，请其向中央政治会议递交抗议呈文，驳斥经亨颐的提案。同时，马衡等人也做好了开放故宫的准备工作，热情招待前来参观视察的蒋介石、冯玉祥、阎锡山、李宗仁、李济深、邵力子、吴稚晖、张群及各集团军总司令、各路司令等党政军要员与社会知名人士，向其陈述创建故宫博物院的奋斗经过，以及故宫博物院不可废除的理由，得到众人的一致同情。9月，中央政治会议开会复议关于故宫博物院的提案，最终否决了经亨颐提案，维持设立故宫博物院的原案。10月，国民政府正式公布《故宫博物院组织法》和《故宫博物院理事会条例》，任命李石曾、易培基、黄郛、于右任、蔡元培、庄蕴宽等二十七人为故宫博物院理事。理事会复推举马衡、沈兼士、陈垣、俞同奎、李宗侗等理事十人。
次年2月，国民政府任命易培基为故宫博物院第一任院长。随后，易培基对故宫博物院的各部门人事做了安排，仍聘马衡为古物馆副馆长。此后数年间，古物馆虽由易培基兼任馆长，但具体馆务则主要由马衡负责处理，初步显示出其善于组织管理的工作才能与细致周密的工作作风。例如，马衡亲自拟订了《故宫博物院古物馆办事细则》，规定了古物馆的组织、集会、薪俸等制度，并依据文物的不同类型与性质，设立书画、金石、陶瓷、织绣、雕嵌、杂品等六个部门，分别对古物馆中种类繁多的海量藏品进行点查、鉴别与管理。其又在馆内设立编辑、事务二组，编辑组下设目录、编纂、流传三股，事务组下设装潢、陈设、典守、文书、庶务五股，从而对古物馆的主要业务做了明确的划分与规定。此外，马衡还帮助草拟了《故宫博物院图书馆办事细则》，将图书馆分为登录、编纂、流传、陈设、典藏、装潢、文牍、会计、庶务等九课，并对九课的职掌事务与规则制度做了详细规定。
具体来看，马衡在古物馆任职期间取得的工作成绩主要体现在以下几个方面:
一、陈列展览。在社会各界人士的捐资支持下，古物馆在内东路、内西路各宫次第成立各专门陈列室，至1932年已达二十六处。其中主要有钟粹宫前殿的“宋元明书画专门陈列”，后殿的“扇画、成扇专门陈列”，景阳宫前后殿的“宋元明瓷器专门陈列”，承乾宫的“清瓷专门陈列”，景仁宫前殿的“古铜器专门陈列”，斋宫前殿的“玉器专门陈列”，咸福宫的“乾隆珍赏物陈列”等。此外，古物馆还保持、充实和改善了建院初期在中路乾清门到坤宁门四周廊庑开辟的象牙、玛瑙、珐琅、景泰蓝、雕漆、如意、文具等工艺美术类文物的专题专项陈列。这些展览吸引了众多游客，在社会上产生了广泛影响。
二、古物的继续清点和整理。对于点查完竣的宫殿与文物，除有历史意义的宫殿保留原有格局外，凡与朝廷典制无关或不甚重要的配殿，均予整理装修，辟为文物陈列室。原贮放其间的文物，则提集后再分类整理、登记，移送库房收贮。同时，古物馆还从社会各界聘请专家学者担任专门委员，从事文物的审查与鉴定工作，主要鉴别文物名称与材质，考订文物时代，判别文物真伪。当时古物馆成立了铜器、瓷器、书画三个审查委员会，并由马衡亲自主持铜器审查。这是对院藏文物的第一次审查鉴定，也是文物保管工作进一步深入的开端。经过审查鉴定的文物虽只占一小部分，贡献却很大，后来文物南迁运走的主要就是已经审定过的精品。为了保护文物，古物馆又于1931年设立裱画室，制订了二十条《书画装裱规则》，对受损的书画进行修裱抢救，并雇用工匠对损坏的存放文物的木座、木匣进行修理或修补。这些扎扎实实的工作，为文物的管理打下了良好的基础。
三、古物的传拓刊印。古物馆创立之初便设立了流传课，制定了一套较为完备的传拓铜器和钤拓古印的规则，并对物品的提送保管、材料纸墨的收发注销、拓工工作的监督，以及出品拓片的印鉴登记等各项手续都做了严格的规定。凡是经过审定有价值的古器物文字，均付传拓，以资研究流传。从1929年到1932年，传拓就达上百种，其中包括散氏盘、嘉量、大鼎、颂鼎、龙母尊、宗周钟等珍品，并将藏有秦汉铜印一千余方的“金薤留珍”钤成印谱出售。为了刊印书画铜瓷等文物，古物馆于1928年初就创设照相室，改建玻璃室、暗室，为古器物摄影，出版多种专辑图录。仅《故宫书画集》就出版了四十七期。这些古器物的传拓刊印，不仅使宫廷珍宝更多地为世人所了解，而且对缓解博物院的经费困难也不无小补。
四、古物馆重要文物装箱南运。1931年“九一八事变”后，东北沦陷，华北告急。鉴于时局不断恶化，经故宫博物院理事会讨论决定，并报国民政府批准，将院藏文物中的精品南迁。其中尤以古物馆的文物装运难度最大。稍有不慎，文物就会损坏。例如瓷器，有的极薄如纸，有的极大如缸;又如铜器，看似十分坚硬，其实一碰就碎，其他脆弱微细之物尚多，装运时各有困难。在马衡的领导下，古物馆同人积极寻求解决办法，虚心向古玩商人学习求教，逐渐摸索出了稳、准、隔、紧四字要诀，从而既保证了包装质量，又按时完成了任务。集中装箱的以书画、铜器、瓷器、玉器为主，数量也最多，同时还有象牙、雕刻、珐琅、漆器、文具、陈设等工艺类文物，也占相当数量，共计两千六百三十一箱，六万三千七百三十五件，其中仅瓷器就达一千七百四十六箱，两万七千八百七十件。而对国宝石鼓的装运，更是渗透了马衡的心血。石鼓原存于国子监，由故宫博物院代运。其不仅体型巨大，十个石鼓，每个重约一吨，且鼓上的文字附于石皮之上，而石皮多与鼓身分离，稍有不慎，就会剥落下来。为了保证石鼓的安全迁运，马衡反复研究了装运办法，最终决定“乃就存字之处，糊之以纸，纵使石皮脱落，犹可黏合。次乃裹以絮被，缠以枲缏，其外复以木箱函之。今日之南迁，或较胜于当日之北徙也”。事实证明这个办法是成功的，以后屡次开箱检查，都没有发现新的伤损。此次故宫文物南迁前后分五批进行，历时近四个月，其中的第四批即由马衡亲自押运。
1932年底，故宫博物院爆出了所谓的“易培基盗宝案”，因内部的权力与人事斗争，院长易培基以莫须有的理由被人指控盗卖故宫文物，虽屡经辩解而无果，被迫辞去院长之职，并躲入上海法租界避难，最后忧愤而死。1933年7月，经故宫博物院理事会讨论决定，推举专业精湛、人品厚重而又超然于政治的马衡代理院长，并于次年4月正式出任故宫博物院院长。据说，当时马衡曾向理事会提出接受院长职务的三项条件:“其一，就任院长只理院务，不问‘易案’，对故宫文物进行重新点查造册。其二，本人以无党派人士身份任职。其三，对故宫博物院进行全面改组，院长对院内人事安排有处置权。”由此可见马衡的谨慎、负责态度，及其对未来工作中存在的艰巨性与复杂性的清醒认识。
继任院长后，马衡首先要面对的就是故宫留平文物的清点以及南迁文物的点收、安置工作。其在1934年6月呈送行政院及本院理事会的报告中即指出:“院中最困难问题，厥惟文物之整理与保管。盖十年以来，半在风雨飘摇之中，点查则本甚粗疏，整理亦仅及局部，保管更责任难专，非有根本改进之决心，难树永久不拔之基础。譬之故家田产，略无统计，试询其子姓以田亩四至，率茫然不能置对，乃欲责其管理难矣。”为此，马衡对故宫博物院进行了全面改组，制定了与文物保管有关的“出组规则”，责令各馆处科组分别制定详细的办事细则，同时组织“文物分类整理委员会”，对全院文物进行认真的分类、整理、编目，并办理文物审查。为协助文物审查工作，故宫还颁布了《专门委员会设立章程》，成立了书画、陶瓷、铜器、美术品、图书、史料、戏曲乐器以及宗教经像、法器、建筑物保存设计等委员会，由马衡聘请相关领域的专家学者为委员，以备学术咨询及鉴定藏品。古物一经鉴定，即登录、编目、造册，作为藏品档案，收入库房。若需陈列或研究时，则依据“出组规则”提出办理。
其中，南迁运沪文物的点收从1934年1月开始。由于南迁时间紧迫，这些文物自北平装箱运出时，清册上只记录了品名和件数，并未编造详细清册。鉴于“易案”的经验教训，马衡对此次点收格外慎重，要求工作人员按箱登记，逐件核对检验。如铜器、玉器、牙器等都要记明重量，瓷器还要标明颜色、尺寸、款式、有无损伤，巨细靡遗。点查过程中，为了统一管理来自不同单位与部门的文物，又以马衡拟定的“全材宏伟”“沪上寓公”八字分别重造了三馆一处南迁文物的编号与箱号。为了保存证据，明确监管权责，马衡主张将点验过的物品凡是能盖章的全部钤盖上“教育部点验之章”，以为标记，且故宫人员只负责点验文物，印章的刻制、钤盖、保管都由教育部委派的监察委员负责。此外，马衡还命人将每日的点查结果汇总整理，定名为《存沪文物点收清册》，并油印装订，成为故宫南迁文物最完整的著录和清点依据，在此后历次的文物迁运中发挥了重要作用。
稍后，故宫本院留存文物的点查工作亦于1935年7月全面展开。点查仍按1924年清室善后委员会的规定为依据，仅登录品名、件数而未详细登记。之所以如此，一是考虑文物数量太大，一时无暇细查;二是考虑日后需进一步对全部文物进行分类、整理、编目，因此只着重于首先点清留院文物的名称、数量，其他工作留待以后再做。为表示公正公开，院方还函请北平市政府、市地方法院、高等法院、公安局等单位共同派员参与监督。这次点查也成果颇丰，发现了不少珍品。凡清室善后委员会于仓促中遗漏者，或载于清室旧目而尚未发现者，皆逐件检出，并予以补号登录。此外，虽然大量文物精品已南迁至沪，但故宫本院中仍留存了近百万件文物，且照常对外开放，供民众参观游览。为了保障故宫博物院的继续运营，工作人员又从留下的文物中精选了部分珍品进行专室陈列展览，不仅展室较以前更多，而且内容也更加丰富。譬如古物馆就利用各处宫室开辟了名画、书法、瓷器、铜器、玉器、木器、钟表、拓片、雕刻、缂丝刺绣等二十二个专题展室，图书馆则开辟了英华殿写本佛经陈列室与咸福宫清高宗弘历写本佛经陈列室两个特藏展室，并重建了善本书库与殿本书库，而文献馆也开设了档案、文书、钱币、舆图、戏曲、兵器、照片、烫样等十三个特色展室。
尽管故宫文物南迁顺利完成，但将大量国宝寄存在上海租界内毕竟不是长远之计，存在诸多安全隐患。为了更加妥善地保管、安置文物，马衡又往返于北平、上海、南京之间，为文物存放新址的选择和修建而奔走呼吁。1933年7月，故宫博物院理事会原则通过了成立故宫博物院南京分院的议案，计划将南迁文物存放在南京。1934年12月，故宫博物院再次召开常务理事会议，王世杰提议将南京朝天宫全部划归故宫博物院，作为故宫南京分院的办公、展览及文物储存地点，用以存放全部南迁至沪的文物。这一提案经理事会商议通过，并呈报国民政府行政院核准。1935年4月，故宫博物院理事会推举马衡和当时的内政部长、教育部长及理事罗家伦、李济等人组成朝天宫“保存库建筑工程委员会”，负责推动南京分院的改造建设进程。1936年3月，朝天宫保存库工程动工，8月竣工，建成一座坚固的三层钢筋水泥建筑，并带有地下仓库，可防盗、防火、防水、防空袭，库房内还装有照明、通风及供氧等设备。12月，故宫存沪文物分五批全部转运至南京新库房。1937年1月，故宫博物院南京分院正式成立，马衡随即着手准备修缮朝天宫大成殿、崇圣殿等处，将其辟为陈列室，同时计划添置陈列柜，调节照明设备，定做文物储藏柜，进行藏品编目等工作。孰料南京分院成立后仅仅半年，由于“七七事变”爆发，南京形势日趋紧张，以上这些工作多半未及进行，文物便再次踏上向西南后方迁移疏散的历程，亦称“西迁”。
故宫南迁文物的此次西迁主要分三批进行。第一批文物从1937年8月起运，共八十箱，多是参加过在英国举办的“伦敦中国艺术国际展览会”的文物精品，由南京经汉口始迁长沙，后又绕道桂林转移至贵阳、安顺，最终于1944年12月迁到四川巴县。因其开始时是向南迁移，故称南路。第二批文物从1937年11月起运，分两次运出，共九千三百三十一箱，包括由故宫代为保管的古物陈列所、颐和园等处的文物精品，经汉口、宜昌、重庆、宜宾，最终于1939年9月运抵四川乐山县。因其是沿长江而上抵达重庆的，所以称为中路。第三批文物亦从1937年11月起运，共七千二百八十八箱，同样包括来自古物陈列所、颐和园、国子监等处的文物，先后分三次运往陕西宝鸡，后又经汉中、成都，最终于1939年6月全部运抵四川峨眉县。由于这批文物是从南京向北经津浦路、陇海路转运到陕西的，故又称北路。抗战期间，故宫博物院原有的组织机构都已失去作用或不复存在，一切改为战时体制。随同西迁文物到达后方的工作人员分散在各个文物存放处，负责文物的日常保管与维护工作，同时在重庆设立总办事处，由马衡率领部分员工驻守，进行统一调度与安排。
对于此次的文物疏散，国民政府行政院只是提出文物迁运的大致地区，具体的储藏地点则由马衡等人通过实地考察来选择、确定。第一批文物到达长沙后，存放于湖南大学图书馆，经马衡现场视察后，决定在湖南大学后方岳麓山爱晚亭侧开凿一个山洞以储存文物。不料战场形势迅速恶化，长沙已遭日军空袭威胁，行政院又下令将这批文物迁往贵阳。就在文物离开长沙不到一个月的时间，湖南大学图书馆即遭日机炸毁。而当文物运抵贵阳后，先是无处收存，后在各方协调下于六广门内觅得一租屋存放。随着战事不断向中国腹地推进，马衡亲赴贵阳视察后觉得市内仍不安全，文物还是储藏在山洞中最佳。但贵州山区多潮湿，不利于文物保存，马衡率人多方寻找，才在安顺县南门外五里找到一个洞口轩敞、洞深壁厚、湿度较为合适的天然山洞，当地人称“华严洞”，洞外有庙，可以住人，附近皆是村落，且有公路直达洞口。于是马衡便请工程师设计，在洞口搭建两座板房用以存放文物，同时成立故宫博物院安顺办事处，由庄严任主任，并派遣朱家济、李光第、郑世文等人到此值守。直到抗战末期，贵州独山陷落，贵阳告急，安顺与外界的联系面临被切断的风险，这批文物才最终被转运至四川巴县石油沟的飞仙岩。第二批由汉口迁往重庆的文物，末批尚未到达，重庆已遭日军轰炸，行政院命令限期把存渝文物及北路运抵成都的文物全部运离重庆与成都，另外觅地贮存。马衡随即偕院内同人到重庆以西各县寻找贮存地点，最后决定将存渝文物疏散到距乐山县城二十里的安谷乡，存放在当地祠堂中，并以欧阳道达为乐山办事处主任，负责筹备相关工作。第三批文物原存放于陕西宝鸡的关帝庙与城隍庙中，为防备可能的空袭，刚从宝鸡迁到汉中，敌机即轰炸了汉中机场。为保证文物安全，马衡又赶到成都考察，选定东门内大慈寺作为仓库，将汉中文物全部迁存到此，后又根据行政院命令再次将其转移至峨眉县，存放于县城东门外大佛寺及西门外武庙两处，并在此成立故宫博物院峨眉办事处，由那志良任主任。正是凭借着这种踏实认真、不辞劳苦的工作作风，才使得西迁文物都能找到较好的保存地点。
在文物颠沛流离的迁移过程中，故宫博物院的工作人员可谓历经艰辛与磨难，甚至付出了生命的代价。如中路西迁文物由重庆运至宜宾的过程中，故宫职员朱学侃为了确保装船文物的安全，夜间爬上船舱检查，不料舱中没有盖上铁盖，失足跌下船舱，结果伤重不治。而在文物由乐山转运至安谷乡的过程中，由于是溯流而上，需要靠岸边的纤夫拉船而行，加之河道狭窄，岸边陡峭难行，在一处湍急的河段纤绳突然崩断，整艘装满文物的木船连同船上的船工、军警和押运人员急速向下游冲去，险些导致船毁人亡。文物山路运输期间，押运员刘承琮曾遭遇车祸，被撞下山坡，摔伤右手，送医救治时右手食指被截去，落下终身残疾。乐山办事处职员刘官谔则因舟车劳顿，心力交瘁，病死任上。而翻车事故在途中也时有发生，但多是回程空车，因车上没有文物，司机不免大意。有一次，绵阳附近某座桥梁正在维修，车辆只能借由旁边一座临时搭建的便桥通行。一辆装运文物的汽车过桥时不慎翻入河中，所幸正值冬日，河中无水，且车上装载的都是书籍、档案之类的文物，故未遭损坏。
由于当时故宫人手不敷，北路文物第一批次由南京至宝鸡的转运工作还曾临时请马衡的次子马彦祥协助押运。而北路正是整个文物西迁中最为艰难的一条转运线路，一路上受到日军的侵扰和威胁，装运文物的列车在徐州火车站、郑州火车站等处多次险遭日机轰炸。此后又有近一年半的时间在川陕两省的崇山峻岭中穿梭，仅能依靠汽车运输，运力十分紧张。途中翻山越岭，走川过河，不仅交通条件极端恶劣，还经历了雪崩、暴雨、洪水、塌方等气象地质灾害。
最终，在马衡领导的全体故宫职员的共同努力下，一万六千余箱西迁文物精品，其中包括故宫托管的来自古物陈列所、颐和园、国子监等处的近六千箱文物，几乎全部得以保全，这不得不说是抗战中的一个奇迹，也是一项保护人类历史文化遗产的壮举。而这主要得益于故宫人对自己肩负的神圣职责的深刻认识。正如马衡所说:“本院西迁以来，对于文物安危原无时不在慎微戒惧、悉力维护之中，诚以此仅存劫后之文献，俱为吾国五千年先民贻留之珍品、历史之渊源，秘籍艺事，莫不尽粹于是，故未止视为方物珍异而已矣。”关于此次故宫文物南迁及西迁的基本经过与保管情况，马衡曾在1947年9月于北平广播电台发表的题为《抗战期间故宫文物之保管》的讲演中作了简要介绍，其中对于自己个人的功劳几乎绝口不提。对此，郭沫若亦曾评价道:“马衡先生同时还是一位有力的文物保护者。中国古代文物，不仅多因他而得到阐明，也多因他而得到保护。前日本帝国主义发动大规模侵华战争时期，马先生担任故宫博物院院长之职，故宫所藏古物，即蒙多方维护，运往西南地区保存。即以秦刻石鼓十具而论，其装运之艰剧是可以想见的。但马先生从不曾以此自矜功伐。”
值得一提的是，即便是在文物南迁与西迁这种十分艰困的条件下，马衡仍然数次组织故宫博物院的文物举办或参加国内外的展览活动。1935年，中英两国政府联合举办“伦敦中国艺术国际展览会”，展览的内容包括世界各国博物馆及私人收藏家所收藏的中国艺术珍品。故宫博物院对此极为重视，于1934年10月便开始着手筹备，最终选定了书画、瓷器、玉器、铜器、珐琅、织绣、剔红、折扇、文具等七百三十五件文物精品参展，占中国展品的大多数，并选派庄严为中文秘书，傅振伦、宋际隆、牛德明、那志良为展览会中国艺术展品助理员，共同负责赴英参展文物的保管、护送、陈列工作。这是中国历史文物包括故宫博物院文物首次通过官方渠道大规模出国展览，英国政府也十分重视，专门派遣皇家海军的萨福克号巡洋舰来华押运文物赴英。展览于1935年11月28日在皇家艺术学院开幕，持续到次年3月，在伦敦引起极大轰动，参观者逾四十二万，闭幕前数日的日均参观人数甚至超过两万，创下了皇家艺术学院的参观记录，还吸引了英国国王乔治五世和玛丽王后亲自到场观展。同时，英国各大报刊媒体也对此作了大量专题报道，官方还出版了英文版的展品目录及图录，共卖出十万多册，英国学者所编研究中国艺术的书籍、刊物不下数十种，皇家艺术学院又举办了二十五场有关中国艺术品的讲演会，洵为英国国际艺术展览史上的一大盛事，也开启了欧洲中国艺术史研究的新时代。
1939年，苏联政府为了促进民众对中国艺术精神及抗战情绪的了解，于莫斯科发起“中国艺术展览会”，不仅汇集了苏联各地十一座博物馆收藏的中国艺术品一千五百余件，更由苏联对外文化协会商请中国政府征集近代绘画、雕塑、抗战宣传标语、民间通俗画、附有插画之著作及报纸，以及古代铜器、玉器、陶器、石刻、绘画等艺术品参展。故宫博物院作为中国古代艺术品的主要收藏单位之一，精选了绘画、织绣、玉器、铜器等一百件文物珍品赴苏联展出，并委派傅振伦等人以专家身份带同展品赴苏，协助苏方进行展览的组织筹备工作。文物先由贵州安顺运抵甘肃兰州，再由苏联派专机经阿拉木图运至莫斯科。展览于1940年1月在莫斯科国立东方文化博物馆开幕，观众极为踊跃，“参观人数每日平均三四百人，休息日约千二百余人”，“二月一日统计入览团体已达二百三十余，七日统计参观人数已逾二万五千，……会场备有参观人意见册，苏联红军、工人、艺术家、学者、英雄、妇女、儿童之到会者多签注意见，积成巨帙”。由于观众过多，原定的展室不敷应用，以致博物馆不得不临时扩充馆舍。当时，莫斯科各大报刊都在显著位置对中国艺术展览会作了报道，且连日登载中国艺术论文，并用无线电向全国广播。东方文化博物馆也编辑出版了展览的展品目录、图录、纪念册及彩色明信片向观众出售。苏联电影厂还专门摄制了有关展览会的电影，拟在各地演放，以广流传。展览会原定于6月闭幕，因苏联各地民众函电请求展期，故决定延长展览时间，并在莫斯科展览结束后移至列宁格勒(圣彼得堡)、基辅等大城市继续展出。后因苏德战争爆发，为保障文物安全，遂提前结束列宁格勒的展览，于1942年9月最终将文物运回国内。
此外，故宫博物院还在赴英参展的前后，分别于1935年4月和1936年6月，在上海外滩中国银行大楼及南京考试院明志楼举办文物预展和复展。1937年3月，组织三百九十六件藏品参加教育部在南京举办的第二届全国美术展览会，马衡还专门为此撰写了《故宫博物院参加美展会之书画》一文，发表于《教育部第二次全国美术展览会专刊》。1942年12月，又以赴苏参展归国文物参加于重庆举办的全国第三届美术展览会。1943年12月，选取一百四十二件书画精品于重庆中央图书馆举办故宫博物院书画展览会，美国总统特使马歇尔也专程前往参观。次年4月，在文物返回安顺途中，又应贵州省主席吴鼎昌及书画艺术界人士之请，在贵阳贵州艺术馆举办了为期近二十天的“故宫博物院书画在筑展览”。
应该说，故宫博物院在抗战期间于国内外参加、举办的一系列展览活动都取得了非常好的政治、社会和文化效应，不仅有力地宣传展示了我国的悠久文明与灿烂文化，促进了中外文化交流与相互了解，巩固了友好国家之间的邦谊，同时也借展览向国内民众普及了历史文化与文物知识，给艰苦抗战中的国民带来了审美与精神上的享受，激发了民众的民族自信与爱国热情。用马衡的话说，“结果不独在阐扬学术与国际声誉方面，已有相当收获，即于启发民智、增进一般民族意识，亦已有影响，成效颇彰”。
与此同时，马衡还积极参与中国博物馆协会的组织建设，成为中国博物馆事业的开拓者之一。20世纪30年代，中国的博物馆事业有了一定发展，各地区、各专业建立的博物馆日渐增多，活动也比较活跃，但总体仍处于各自为政、互无联系的分散状态。1934年秋，为了进一步推动博物馆建设及博物馆学的发展，马衡与时任北平图书馆副馆长兼故宫博物院图书馆馆长袁同礼、中央博物院筹备委员傅斯年、李济等人广泛联络国内的科学博物馆、自然博物馆、美术馆、历史馆、生物园等机构，于北平图书馆内筹备组织中国博物馆协会。次年5月，中国博物馆协会于北平景山公园绮望楼举行成立大会，推举马衡为主席，并选举马衡、袁同礼、朱启钤、沈兼士、叶恭绰、李济、傅斯年、丁文江、翁文灏等十五人为执行委员，发展团体会员三十多个，个人会员一百二十余名。会议通过了《中国博物馆协会组织大纲》，确定协会的宗旨是“研究博物馆学术，发展博物馆事业，并谋博物馆之互助”。协会下设专门委员会，负责“分工研究博物馆学术，及与博物馆相关之各项学术”，“设计博物馆建筑，及陈列或设备上种种改进事项”，“审查关于博物馆学之书籍，及专门论文”，“举行学术讲演会”。协会还编印有关博物馆丛书，并刊行《中国博物馆协会会报》，两月一期，专载博物馆界消息。1936年7月，中国博物馆协会第一届年会与中华图书馆协会第三届年会在青岛联合召开，马衡、袁同礼、沈兼士及北平研究院院长李石曾、上海市博物馆馆长胡肇椿、河南博物馆馆长王幼侨、河北第一博物馆馆长严智开、天津美术馆馆长姚彤章、山东图书馆馆长王献唐等四百余名代表及来宾出席。大会印发了《对于中华图书馆协会中国博物馆协会联合年会的希望》，主张“图书馆、博物馆亟应设立，以补充学校教育之不足，且可保存文艺，提高学术”，并且呼吁“政府与社会，时锡匡助，以期促进图书馆及博物馆事业普及于民众，提高其标准。……牖进民智，充实国力，以复兴民族文化与国运”。年会还通过了有关博物馆行政、建筑、陈列、保管、考古发掘、整理档案等决议三十五项。抗战期间，协会会务陷入停顿。1948年6月，中国博物馆协会在北平复会，修订了《中国博物馆协会组织大纲草案》，马衡再次当选理事长。复会后的第一届会员大会即由马衡主持，在故宫传心殿召开，并提出了编印《中国博物馆一览》、每月出版会刊两期、举办学术讲座、编印会员录、每年编印国宝审查报告、编印《国宝集》等工作计划。
1945年抗战胜利后，马衡又开始着手准备故宫文物的复员回迁工作。从1946年起，存放于四川巴县、峨眉、乐山三办事处的文物开始陆续运至重庆，先集中安置在重庆南岸海棠溪向家坡的贸易委员会旧址，再分别由水路和陆路运回南京分院。当年故宫博物院撤离南京时，由于时间仓促，运输艰难，尚有档案等近三千箱文物未及转移，只得运回朝天宫保存库封存。日军占领南京后将库房改为伤兵医院，并将这批文物运出，分存于北极阁、中央研究院、地质调查所、东方中学等处。1945年9月，马衡即派员先期飞赴南京，一方面探听这批文物的下落，一方面交涉收回保存库。同年12月，由教育部会同故宫博物院及有关机关组织清点委员会，于次年1月对这批文物进行清点，并于5月底运回原库，所幸未遭重大损失。
至于北平的故宫博物院本院，亦是整个复员工作中的重要部分。沦陷初期，故宫博物院曾向国民政府行政院汇报现状，请示机宜，行政院指示故宫留平职工“应于可能范围内，尽力维持”。由于战争期间院长马衡及院内主要工作人员大部分都已离平，本院工作由总务处处长张庭济负责维持，仍旧照常开放展览。1942年6月，故宫博物院被日伪接收，伪华北政务委员会任命祝书元为故宫博物院代理院长，同时任命临时理事七人，监事二人，张庭济留任总务处处长。抗战胜利后，北平地区中国军队接受日军投降典礼就安排在故宫太和殿前举行。北平本院的复员工作本应由马衡亲自主持，由于其当时正在重庆筹备西迁文物的东归还都，一时无法返平，便委托故宫文献馆馆长、教育部平津区特派员沈兼士，会同留守北平的张庭济共同负责办理交接事宜。因院内职员十之八九皆为抗战前的旧人，故全部留任，只有伪院长及少数敌伪派驻的高级职员遭到免职，机构设置仍如旧制，整个接收工作进展顺利。同时，经马衡大力呼吁，故宫博物院还接管了位于紫禁城外朝部分原隶属内政部的古物陈列所及其留平文物，重新布置了太和、中和、保和三大殿及武英、文华两殿陈列室，辟为南路参观路线，使得故宫终于作为一个整体由故宫博物院统一管理。
这一时期，马衡还以故宫博物院院长的身份担任教育部“清理战时文物损失委员会”副主任委员，后又兼管该委员会平津区办公室。而故宫博物院作为平津地区最重要的文物单位，陆续接管和收购了许多散失在外的故宫旧有文物和物品，并接收了一批私人收藏家捐献的文物，其中不少是具有极高历史价值和艺术价值的珍品。譬如，故宫从天津接管了两批文物。一批是日军在1944年6月征缴铜品时从故宫掠走的铜灯亭九十一座和铜炮一尊，当时运到天津后，尚未来得及运往日本，日军便已投降。可惜这批文物部分已遭损坏，且同时被日军劫走的五十四个铜缸亦无法寻回。另一批是天津张园溥仪旧宅中留存的文物和天津溥修住宅中留存的溥仪物品，合计一千三百零七件，多为玉器、首饰及小件什物，价值极高。故宫在北平也接管了四批文物，包括原存于孔德学校的清宗人府余存满汉文玉牒七十四册、清代八旗户口册六百九十册、档簿七十册;原存于北平德孚洋行的福兰克福中国学院友谊会古物图书七百四十一件;原存于伪善后救济总署的陈汉第所藏汉印五百零一件;朱启钤搜集的存素堂丝绣八十余件及铜器、玉器、象牙、书画等文物三千三百一十九件。
而故宫当时接收的私人捐献主要有郭葆昌的“郭瓷”和杨宁史的“杨铜”。郭葆昌，号觯斋，著名瓷器专家，对瓷器以“精鉴别、富收藏”闻名中外，曾任袁世凯“洪宪”时期的陶务监督使，为袁世凯督烧“洪宪瓷”，后被故宫博物院聘为瓷器及书画审查委员，于抗战期间去世，藏瓷为其子女所有。马衡对于这批瓷器十分重视，嘱咐赴平津地区清理战损文物的王世襄设法收购。经过一番周折，最后由宋子文出面，终于使这四百二十七件珍贵瓷器以“捐献”的名义入藏故宫博物院，并编有《郭葆昌藏瓷目录》。后其家属又补献了残木座一百零六件，乌木床一架，紫檀雕灵芝床桌一件，棉床垫一件。杨宁史是德国侨商，禅臣洋行经理，在北平沦陷期间从市肆收购了大量古铜器，多为当时河南等地出土，藏于东交民巷瑞典百利公司。其中包括战国宴乐渔猎攻战纹铜壶、商饕餮纹大钺等极为重要的器物，艺术价值很高。杨宁史原计划将这批铜器伺机外运，并谎称其封存在天津被九十四军占用的住宅内，故意误导接收人员。后同样在宋子文的协调下，由杨宁史以“呈献”而非“没收”的名义将这批文物交给故宫博物院，共计二百四十余件。这两批文物入藏后，故宫博物院还特地在景阳宫后院御书房及东西配殿开辟了郭觯斋捐献瓷器和杨宁史呈献铜器陈列室进行展览。
此外，故宫博物院还陆续收购到一些由伪满流出的《故宫已佚书画目》中曾著录的书籍和书画，较为重要的有宋版《资治通鉴》一部，宋版《四明志》一册，米芾《尺牍字》卷一件，唐国诠书《善见律》一卷，宋高宗书、马和之绘《毛诗·周颂·闵予小子之什》书画合璧卷一件，宋人摹顾恺之《听琴图》一件，元人《老子授经图》书画合璧卷一件，明初人书画合璧卷一件，李东阳书各体诗卷一件，文徵明书《卢鸿草堂十志》一册及雍正、乾隆等《朱批奏折》四十一本等。另有原金陵大学校长福开森所藏二十余箱金石、书画类图书，经马衡和王世襄反复动员，由福开森之女福梅龄捐献给故宫，辟为专室收藏，并在此基础上，连同古物馆原有书籍成立古物馆图书资料室。
1946年底，马衡又应清理战时文物损失委员会之请，派遣王世襄以“清损会”专员的名义赴日，在中国驻日代表团第四组工作，负责向日方交涉文物的追索赔偿事宜。但由于追偿工作困难重重，始终未能取得进展，王世襄只得提前回国，仅带回了南京中央图书馆在抗战期间寄存香港而被日军劫夺的一百零七箱善本图书。
1948年9月下旬，东北人民解放军发动辽沈战役，行将解放东北全境，全国战局急转直下，时任故宫博物院理事长翁文灏和理事王士杰、朱家骅、杭立武、傅斯年、李济、徐森玉等人在南京召开会议，决定将故宫南迁文物运往台湾。这些文物原计划运送五批，后因故仅运出三批，分别于1948年12月22日、1949年1月6日和1949年1月29日由南京起运，运抵台湾基隆港。三批运台文物共计两千九百七十二箱，约占1933年故宫南迁文物的四分之一，但大都是南迁文物中的精品。其余的未及运走，留在故宫博物院南京分院。中华人民共和国成立后，其中的绝大部分从1951年起陆续运回北京故宫博物院。至于运台文物，最初贮藏在台中县雾峰乡北沟新建的库房中。1965年，位于台北市士林外双溪的故宫博物院现代化四层新址落成，原存于北沟的文物遂全部迁到新院。
同样在1948年底，国民政府行政院又函电马衡启程赴南京，并嘱其编制、上报北平故宫博物院藏文物珍品目录，然后尽快装箱空运南京，与南京分院的文物一同迁往台湾。当时，马衡正主持召开故宫复员后的第五次院务会议，讨论决定了一系列重大事项，继续有条不紊地推进各项业务工作。如清除院内历年积存秽土，修正出组与开放规则，将长春宫等处保存原状辟为陈列室，增辟瓷器、玉器陈列室及敕谕专室，修复文渊阁，继续交涉收回大高殿、皇史宬等。
与此同时，已赴解放区并担任华北人民政府教育部戏剧音乐工作委员会主任委员的马彦祥亦通过地下党组织与其父马衡取得联系，希望他设法阻止北平文物的空运。经过权衡较量，马衡本着保护文物的宗旨，决定拒运文物赴台，并采取消极拖延的态度，使得北平本院的文物迁运工作一拖再拖。其在院内职工警联谊会和高层职工的支持与配合下，先是布置古物馆、图书馆、文献馆的工作人员编写可以装运的文物珍品目录，报行政院审定，然后准备包装器材，并告诫有关人员“要特别小心周密，不要慌，不要求快”，绝不能因装箱而损伤文物，至于装箱工作的实际进展如何，却从未催问。其后来还以安全为由，下令将故宫的午门、神武门及东西华门等对外出入通道全部关闭，严禁通行，使得部分已装好的文物箱件无法运出。当时东北解放军已经入关，北平几乎成为一座孤城，行政院再次函电催促装运文物，马衡则答复以“机场不够安全，暂不能起运”，继续拖延。不久之后，东西长安街拆卸牌楼，计划用长安街路面作跑道，使飞机可以在城内起降。但这个城内机场尚未起用，北平已宣告解放，最终故宫本院的文物一箱也未运出。据朱家溍回忆，解放后他曾当面问过马衡:“是不是本意就不打算空运古物？”“马院长正点燃一支雪茄，连吸几口，从鼻孔冒出两缕烟，微笑着说:‘我们彼此会心不远吧。’”
当北平围城时，国民政府曾派专机赴北平接运文教界名流，马衡亦名列其中。其得知后致函教育部政务次长、故宫博物院理事会秘书杭立武，以病后健康未复为由再次婉拒赴南京。他在信中说道:“弟于十一月间患心脏动脉紧缩症，卧床两周。得尊电促弟南飞，实难从命。因电复当遵照理事会决议办理，许邀鉴谅。嗣贱恙渐痊而北平战起。承中央派机来接，而医生戒勿乘机。只得谨遵医嘱，暂不离平。”其又劝说杭立武停止继续迁运文物赴台，希望以第三批作为结束。他说:“运台文物已有三批菁华大致移运，闻第一批书画受雨淋者已达二十一箱，不急晾晒即将毁灭。现在正由基隆运新竹，又由新竹运台中。既未获定所，晾晒当然未即举行，时间已逾二星期，几能不有损失。若再有移运箱件则晾晒更将延期。窃恐爱护文物之初心转增损失之程度。前得分院来电谓三批即末批，闻之稍慰。今闻又将有四批不知是否确定。弟所希望者三批即末批，以后不再续运。”在此期间，马衡还以“余负典守之责”的高度责任感和使命感，同其他爱国民主人士一道为北平城内的文物保护之事与各方积极协调交涉，奔走呼号。
1949年1月31日，北平和平解放。2月7日，故宫博物院在闭馆四十多天后，恢复对外开放。2月19日，北平市军事管制委员会文化接管委员会代表钱俊瑞、陈微明、尹达、王冶秋到故宫办理接管事宜。3月6日，故宫博物院被北平市军管会正式接管，马衡留任院长，全体职员均留原工作岗位，职薪不变。2月19日，北平市军管会同时接管了北平文物整理委员会，马衡仍任主任委员，俞同奎任秘书。6月，随着军事管制结束，故宫博物院改隶新成立的华北高等教育委员会图书文物管理处领导。10月1日，中华人民共和国中央人民政府成立。11月，故宫博物院又被划归中央文化部文物局领导。1951年，为了适应新形势下事业发展的需要，故宫博物院实行改组，对建院以来一直沿用的“三馆两处”体制做了调整，包括撤销古物馆，成立陈列部、保管部、群众工作部;文献馆改称档案馆，后划归国家档案局，成立中国第一历史档案馆;保留图书馆，后将大量图书拨给北京图书馆及各地方图书馆;总务处改为办公处。
这一时期，在马衡的领导下，故宫博物院的各项工作陆续恢复并有了新的进展。如院内宫殿开始进行整修;组织专门力量对散存各处未经清理或清理尚不彻底的殿室开展调查摸底工作，继续清查整理;在划分文物和非文物方面取得了初步成果;在总务处成立测绘室，对古建筑进行普查，并对乾隆花园进行测绘。而军管会则作出了“故宫售票款作为修复费用，不必缴库，并请制定修缮计划”的决定。后来的华北高等教育委员会与文化部文物局亦对故宫的维护十分重视，在院内组建了工程小组，并拨出专款用于故宫的维修、整治与保护工作。故宫博物院当时开列了二十一项修缮工程，首先开工的有乾隆花园、畅音阁、造办处大库、西六宫屋顶保养等项目。从1950年开始，故宫又进行了院容的清理工作，重点清理了隆宗门外西南侧的清代内务府、造办处旧址，文渊阁东侧的上驷院地区，西华门东北侧、东华门一带内金水河两岸的垃圾渣土杂物，并对内金水河进行疏浚整治。此外，故宫文物的陈列展览也在积极增设更新。1949年9月，故宫博物院新开辟了“清代帝后生活史料陈列室”“清代禁书陈列室”“纺织品陈列室”“玉器陈列室”四个陈列室。1950年10月，又举办了“清代帝后生活与农民对比展览”“国内各民族文物展览”“清代帝国主义侵华史料陈列”“清代升平署戏曲资料展”等展览。1952年1月，故宫博物院明代馆、钟表馆和“乾隆时代装潢艺术陈列”开放。同时，随着留在大陆的南迁文物陆续由南京运回，故宫又恢复了乾清宫及西六宫的原状陈列，并在参考、查对有关宫廷文献史料，访问过去曾在清宫服役的太监、宫女的基础上，对三大殿、后三宫、养心殿、西六宫等处均按原状重新作了布置，既为观众再现了这部分宫殿的本来面貌，又为学者研究清代宫廷陈设、装修、用品、宫廷生活、历史掌故等提供了宝贵的实物依据。
新中国成立前夕，受战局影响，内地私人收藏的大批珍贵文物流散到香港，在市面上待价而沽，为众多公私藏家和文物贩子所窥伺觊觎。这一状况亦引起了时任文化部文物局局长郑振铎的高度重视。1951年，在郑振铎的努力下，经由周恩来总理批准，文物局正式成立“香港秘密收购小组”，成员包括徐伯郊、沈镛、温康兰，由政府拨专款抢救流散到香港及境外的国宝级文物。同年10月，“收购小组”负责人徐伯郊发现当年乾隆所藏“三希”中的“二希”，即王献之《中秋帖》和王珣《伯远帖》在香港出现，由郭葆昌之子郭昭俊抵押给香港汇丰银行，且因贷款到期无法偿还，即将被银行拍卖，遂将这一情况紧急报告给郑振铎。郑振铎立刻通过文化部向政务院作了汇报。11月，根据周恩来总理的批示，文化部文物局副局长王冶秋偕马衡、徐森玉南下商讨收购事宜，鉴定文物真伪，最终以重金将《中秋帖》和《伯远帖》赎回，并安全带回北京，入藏故宫博物院。由此可见，在新中国成立初期，马衡为故宫博物院工作的全面恢复及日后发展付出了大量心血，打下了坚实的基础，作出了重要的贡献。
1951年底，全国开展“三反”运动，故宫博物院亦卷入其中。起初，马衡还领导故宫的精简节约委员会，负责主持院内的“三反”运动。到了1952年2月，情况突变，中央派员对故宫的“三反”运动直接干预，并由公安部门介入，将故宫全体职工分为两批，分别集中到白云观和东岳庙两处公安干校进行“三反”学习，故宫博物院闭馆。马衡当时也受到冲击，被带至白云观进行隔离审查，要求交代历史问题。后虽没有查出任何有关贪污和盗卖文物的证据，但仍被指控犯有官僚主义，需与劳动群众一起学习改造。5月，马衡被免去故宫博物院院长职务，并调离故宫，后专任北京文物整理委员会主任委员，管理北京古建筑的修缮工作。离开工作了半生的故宫对马衡打击很大，使其精神上十分苦闷，身体也积郁成疾，先是得了食道癌，后又罹患肺癌，终于1955年3月26日病逝于北京，享年75岁。
1952年，马衡就曾将其收藏的甲骨、碑帖四百余件以及青铜器七件、陶瓷十五件、工艺品类二十九件捐给故宫博物院。马衡去世后，家属又遵照遗愿将其毕生收藏的金石、碑帖、图书、书画、陶瓷、印章等一万四千余件文物悉数捐献给故宫。其中尤以金石拓本的数量为最多，共一万二千四百三十九件，主要是清代与民国年间出土和发现的墓志、碑版、造像、石经等，构成了马衡研究金石学的主要材料，同时奠定了故宫博物院碑帖库的最初基础。
二 马衡的学术研究、艺术创作及其贡献
1.金石学
金石学作为我国的一门传统学问，产生于北宋时期，现存最早的金石学著作为欧阳修所撰的《集古录》。关于金石学的起源与成立，马衡说道:“商周之时，所谓金石者，皆指乐器而言，非今之所谓金石也。其以金与石并举，而略同于今之定义者，盖自秦始。《史记·秦始皇本纪》所载群臣奏议及始皇二世诏书，多曰金石刻，或曰金石刻辞。……后世称此类刻辞，谓之金石文字，或竟简称为金石。五代以前，无专治金石学者。……有宋一代，始有专攻此学者，欧阳修《集古录》为金石有专书之始。自是以后，吕大临、薛尚功、黄伯思、赵明诚、洪适辈，各有著述，蔚为专家。郑樵作《通志》，以金石别立一门，侪于二十略之列。而后金石学一科，始成为专门之学，卓然独立，即以物质之名称为其学科之名称矣。”宋代由于造纸、印刷和椎拓技术的空前发达，以及古器物、碑刻的大量出土，在社会上形成了一股好古收藏的风气，加之官方对经学的提倡，学者们逐渐开始重视对钟鼎刻石的搜集、整理和研究，使得金石学迎来了第一个发展的高潮。继欧阳修《集古录》之后，一批著名的金石学者与金石学专著接踵问世，如吕大临《考古图》、王黼《宣和博古图》、赵明诚《金石录》、薛尚功《历代钟鼎彝器款识法帖》、王象之《舆地碑记目》、陈思《宝刻丛编》、洪适《隶释》《隶续》等。此外，尚有大量有关金石古器的题跋杂记散见于各种宋人文集、笔记之中，如沈括《梦溪笔谈》、洪迈《容斋五记》、吴曾《能改斋漫录》、陈槱《负暄野录》、张世南《游宦纪闻》、赵希鹄《洞天清录》等。这些著作在描摹器形、纹饰，著录、训释铭文，考订器名、用途等方面都取得了不少成绩，为后来的研究者奠定了基础，示范了方法，开辟了道路。就连朱熹这样的大理学家也开始主动利用金石材料来考释、注解儒家经典。
元明时期，由于学术范式的转变，以及金石材料发现的减少，金石学陷入衰颓。到了清代，随着经学的复兴，传统金石学作为经史考据、证经补史的重要手段和工具，也发展到了鼎盛期，浸浸然有自立之势，由附庸而蔚为大国。如顾炎武、黄宗羲、朱彝尊、钱大昕、王昶、翁方纲、武亿、孙星衍、阮元、吴大澂等著名学者都积极致力于金石学的研究与提倡，产生了《金石文字记》《金石要例》《曝书亭金石文字跋尾》《潜研堂金石文跋尾》《潜研堂金石文字目录》《金石萃编》《两汉金石记》《粤东金石略》《金石三跋》《寰宇访碑录》《积古斋钟鼎彝器款识》《两浙金石志》《说文古籀补》《筠清馆金石文字》《金石学录》《语石》等一系列重要的金石学著作。而其著述类型除沿袭前代成例之外，又有断代著录者;有分类专攻者;有专考一种者;有集录众说，兼诸派之长者;有考订源流，辨别体制，评述书迹，近于所谓概论大纲之性质者;有举历代从事斯学者之著作大凡，及其有功于斯学之言行，而为学术史料之纂集者;有专辑金石著作之目录者，可谓“囊括包举”“参稽会萃”，“金石之学，几乎蔑以进于此矣”。就其学术目的与价值而言，梁启超在《清代学术概论》中指出:“顾、钱一派专务以金石为考证经史之资料，同时有黄宗羲一派，从此中研究文史义例。……别有翁方纲、黄易一派，专讲鉴别，则其考证非以助经史矣。包世臣一派专讲书势，则美术的研究也。……自金文学兴，而小学起一革命。前此尊《说文》若六经，袝孔子以许慎，至是援古文籀文以难许者纷作。……诸器文字既可读，其事迹出古经以外者甚多，因此增无数史料，而其花文雕镂之研究，亦为美术史上可宝之资。”
从研究对象与研究范围来看，马衡认为传统金石学可大致分为“古器物学”与“金石文字学”两大类，且存在一个研究范围不断扩展的过程。“宋以来之为此学者，大致分为二类。其一可名为古器物之学，不论其为金为玉，不论其有无文字，凡属三代、秦、汉之器物，皆供赏玩者是也。其一可名为金石文字之学，不论其物质之为何，苟有镌刻之文字，皆见采录者是也。故此二者之范围，最初仅限于器物及碑碣，其后乃渐及于瓦当砖甓之属。至于今日，古物出土之种类，日益滋多，殷虚之甲骨，燕齐之陶器，齐鲁之封泥，西域之简牍，河洛之明器等，皆前人著录所未及者。物质名称虽不足以赅之，而确为此学范围以内所当研究者。故今日之所谓金石学，乃兼古器物学、金石文字学而推广之，为广义的学科名称，非仅限于狭义的物质名称已也。”
在此基础上，马衡进一步提出了他对于“金石”“金石学”以及“中国金石学”的定义:“金石者，往古人类之遗文，或一切有意识之作品，赖金石或其他物质以直接流传至于今日者，皆是也。以此种材料作客观的研究以贡献于史学者，谓之金石学。古代人类所遗留之材料，凡与中国史有关者，谓之中国金石学。”对于何者为“遗文”及“有意识之作品”，他具体解释道:“凡甲骨刻辞、彝器款识、碑版铭志及一切金石、竹木、砖瓦等之有文字者，皆遗文也。其虽无文字而可予吾人以真确之印象者，如手写或雕刻之图画，明器中之人物模型及一切凡具形制之器物等，皆有意识之作品也。”由此可见，在清末以来古物不断出土，尤其是明清大内档案、殷墟甲骨、汉晋简牍以及敦煌文书等新材料被先后发现的时代背景下，马衡能够充分利用最新的材料进行学术研究，并将前人所不重视或未及见的甲骨、竹木、玉器、陶器、明器、砖瓦等纳入金石学的体系之中，从而突破了传统的藩篱，极大地拓展了金石学的研究范围。
在金石学的研究方法上，马衡一方面继承了清代乾嘉学派训诂考据、实事求是的朴学传统，另一方面又吸收、采用了近代考古学等科学方法，以丰富和改造传统的金石之学。尤其是他突破了旧金石学者的书斋式研究，开始重视实地的调查发掘，主张对出土的完残古物的种类、数量、方位等信息进行准确记录，并有效地保护原建筑物。早在20世纪20年代，马衡就已经认识到在中国进行有计划的考古发掘的重要性与紧迫性，指出“自来我国古器物之出土，类皆民间偶然发现，随时随地残毁消灭;其得寓士人之目而为史传所纪载者，皆断缺散佚之余，什存一二。问其出土之地，则展转传讹，莫明真相。至器物之种类若干，数量若干，位置之状况若何，……更无从究诘矣”，进而呼吁“当于发见之地，集合专家，作有计划之发掘。虽破钢、烂铁、残砖、断甓，亦必记其方位，纤悉靡遗。如此，则一、地点不致谬误，可藉以知为古代之某时某地;二、器物之种类、数量、方位不致混淆，可以明各器物之关系及其时之风俗制度;三、建筑物不致有意毁坏，可以觇其时之工艺美术;凡此种种，胥于学术上有所贡献”。此外，马衡还探讨了金石学与史学之关系，前人著录金石之书籍及其考证之得失，金石学今后研究之方法与材料处置之方法等内容，在全面梳理前人研究成果的基础上，从理论上对传统金石学做了较为系统的总结。
