李提摩太经几年文化传教实践后，更进一步认为“从官绅入手，是自上而下，感力及人，或更容易。比如水自上下流，较比水上流，为势自顺，所以决定要先引导上等人入道”。他结交的士绅很广，其中有李鸿章、张之洞、曾国荃、左宗棠、康有为、梁启超等。张之洞曾拨款一千两资助广学会，梁启超自荐担任他的中文秘书。
许是因为他的声名，许是与许多高官大吏有交往，面对山西教案造成的困局，清廷想到，能救这盘危局的也许只有这个洋人。接替毓贤出任山西巡抚的岑春煊在给李提摩太的电报中开门见山——“晋人皆信阁下为人正直。”
这是李氏同时代国人对他的高度评价，同时代的西人也对他充满崇敬：
苏慧廉在《李提摩太在中国——先知、政治家、传教士和中国人未曾有过的最无私顾问》（Timothy Richard of China: Seer，Statesman，Missionary & the Most Disinterested Adviser the Chinese Ever Had）一书中说：“在中国每个省、市、乡、镇的人对李提摩太这名字，都耳熟能详，李提摩太在他们心中是众望所归的。从没有一个来华的外国人、教士、和平信徒的名字，像李提摩太那样为人所知，从位居龙座的皇帝到坐在木凳的乡村学子，都称赞李提摩太的文章，欣赏他对中国的爱心。” 英国驻华公使中任期最长的朱迩典（John Newell Jordan ）在为李氏传记撰写序言时认为：“李提摩太在中国活动长达四十余年，是一位杰出的人物，赢得了中国人民的敬仰和尊重。这种尊敬的程度只有极少数外国人曾经得到。” 曾编撰《中国百科全书》（The Encyclopaedia Sinica）的英国汉学家库寿龄（Samuel Couling）则称赞：“在中国的十八个省中，我们可能找不出一个曾经被你伤害过的人。的确如此，知你最深的人，爱你也最深。”
李提摩太没有辜负众人的期待，1901年5月29日，他将一份解决方案面交李鸿章。这篇题为《上李傅相办理山西教案章程》的文章在《皇朝经世文新编续集》中可找到，通读之后，可见李氏的爱心与良苦用心。他语态谦逊，字句间亦无蛮横无理之辞。此章程共七条，其中第一、二条这样写道：
一、各府州县杀害教民甚多，本当按律正法。但太知此辈受官指使，又受拳匪迷惑，不忍一一牵累。为各府起见，首匪当惩办一人以示警。若晋抚果能剀切晓谕，使彼等痛改前非，敝教亦将匪首从宽追究。
二、晋省地方绅民胁从伤害教民之人，虽宽其死罪，却不得推言无过。凡损失教民财产，罚其照数赔还，并无依之父母孤儿寡妇，必有事奉养。
山西被杀外国传教士众多，第五条希望：“耶稣教五会中人有杀尽者，亦有回国者，不能一时来华。俟外国再派教士来华时，晋省官绅士庶当以礼相待，赔认不是。”
当时处理教案，无外乎赔偿巨款、处理匪首及有责任的官员。但李提摩太认为，传教士生命可贵，非金钱可以抵偿，所以不会以金钱出售他们的生命。他也明白，官府的巨额赔偿一定会转嫁到当地百姓的头上，而这又进一步增加了仇恨。于是，就赔偿问题，李氏提出如下建议：
共罚全省银五十万两，每年交出银五万两，以十年为限。但此罚款不归西人，亦不归教民，专为开导晋省人民知识，设立学堂，教育有用之学，使官绅庶子学习，不再受迷惑。选中西有学问者各一人总管其事。
李提摩太自言：“在太原建立一所西式的大学，以克服人们的无知和迷信——这种无知和迷信正是导致对外国人屠杀的主要原因。”
李提摩太提交的这个共赢方案，苏慧廉评价甚高，认为是一个慷慨而伟大的提议，并且只有像李氏这样经验丰富与具远见卓识的人才能提出来，因为“在这个计划中没有什么东西会拿掉，反而会带来更大的价值”。
