紧接着遭处死的是胡德理（Alexander Hoddle）、佩鸿恩（W. T. Beynon）两牧师及罗维特（Arnold E. Lovitt）医生与卫理森（William Millar Wilson）医生，刽子手一一将他们砍首。随后，毓贤显得有点不耐烦，他命令身边护卫，用他们手上的长把大刀一起参与屠杀。随后被斩首的是铎（George W. Stokes）牧师、席牧师（James Simpson）和怀德豪（Silvester Frank Whitehouse）。怀德豪命丧一刀，铎牧师和席牧师则挨了好几刀。男人杀完了，随后便是妇女。法尔定夫人死死抓着自己孩子的手，小孩也紧紧抱着妈妈，但官兵将他们强行拉开，然后一刀向母亲挥去。刽子手很快也处决完所有的小孩，手法可谓娴熟至极，一刀即准。官兵似乎要显得笨拙不少，其中一些妇女挨了几刀才毙命。罗维特医生的夫人临死仍戴着眼镜，牵着自己的小孩。我依稀记得她对围观人群这样怒吼道：“我们来此皆为传播基督福音，拯救世人。我们从来都行善，为什么要这样对我们？”其中一个官兵取下她的眼镜，随即给了她两刀。
法尔定牧师一家，是本次教案中遇难的最大一个家庭，除夫妇二人外，还有儿子葛爱（Guy）、女儿罗思（Ruth）和伊丽莎白（Elisabeth）。在生命的最后一刻，法尔定夫人紧紧握住的是六只小手。据说时任山西巡抚的毓贤极其残忍，当着母亲的面，将孩子的脑袋砍下来，然后再把女教士处死。
苏慧廉继续写下恽程的见闻：
基督徒遭斩首后，被拉上前的是天主教徒。主教年事已高，胡须皆已斑白，他质问毓贤为何要做如此伤天害理之事。我没听见巡抚作出任何回应，并且他当即抽出佩剑横着向主教脸部狠狠劈去，鲜血溅满主教斑白的胡须，主教就这样惨遭斩首。随后，神父和修女们也挨个遭处决。
这位被毓贤挥剑斩首的主教叫艾士奇（Gregorius Grassi，1833—1900），意大利人，早年即入方济各会。1860年底到达中国，先后在山东、山西传教。1876年华北五省发生大饥荒，作为山西教区副主教，他与后文将要提到的李提摩太一起赈济灾民。艾士奇在天主教徒中有极高的威望，1946年被教宗比约十二世宣为真福，2000年被教宗若望保禄二世册封为圣人。与艾士奇同时被斩首的还有副主教富格辣（Francescus Fogolla）。
之后官兵从紧闭的大牢里牵出毕翰道牧师和他的同伴，毕牧师与鲁教士仍然戴着手镣。毕牧师在临死那一刻仍然在为别人不断祷告。鲁教士视死如归，镇定自若。毕牧师夫人临死时牵着儿子的手，不过小孩子也随后被杀。剩下的那位女士和两个小女孩一会儿也被处决。那天总共有五十五名外国人遭斩首，其中三十五名基督徒，余下二十名是罗马天主教徒。同时遇害的还有一些当地基督徒，我没全见到他们，不过有人告诉我有十三名之多。由于屠杀一直延续到傍晚，死难者的尸体因此被遗弃在原地直到第二天清晨。当晚，他们身上的衣物及戒指、手表等被洗劫一空，第二天尸体被移往南门内。
外国人临死时表现出来的镇定自若让我们震惊，遇难者中除了两三个小孩外，没有一个人哭泣与呐喊。
这一天是1900年7月9日，农历六月十三日。计有四十六人遇害，计基督教（新教）三十四人、天主教十二人。除太原外，省内各地多有针对洋人及教徒的屠杀发生。山西是各省中死人最多的一个。
有研究者认为，给毓贤下达杀绝洋人密令的是慈禧太后，只是后来风向大转，太后又密令销毁了庚子拳乱中与她有关的文件，并让毓贤做了替罪羊。慈禧在那一年，短短的几个月间，态度发生两次一百八十度的转弯。一是对义和团的态度，从剿到抚；二是对列国的态度，从战到媚。
