小矶国昭于1944年7月22日正式上任，而此时恰逢日军在各个战场上节节失利，窘境连连。迫于形势，军方领导层批准了小矶国昭的提案，采用新的指挥机制，并同意与非军方机构代表分权。最高战争指导会议核心成员包括当时同盟国所熟知的日本六大领导人，即陆军参谋总长、海军军令部总长、首相、外相、陆军大臣、海军大臣，其他高级军官也应邀参加。与此前帝国大本营、政府联络会议所不同的是，新的委员会有日本天皇列席，拥有无上权力，因此在制定战争政策时能够更好地协调政府与军队的关系。有政府和大本营成员的广泛参与，新的日本领导层开始更加关注苏联，同时考虑如何解散日本帝国。
战后，美国作为日本的唯一占领国，通过媒体宣传和学校教育向日本民众灌输以太平洋战争为中心的战争观，以消除日本的欧亚大陆意识。这种手段成功地将欧亚-太平洋战争最初的策划者及其战略思考排挤到主流史料之外。地缘政治、意识形态、种族意识、文化差异等错综复杂的因素都被一概抹去，“欧亚-太平洋战争”被简单地看作是对美国在太平洋地区霸权的一次“毫无理性可言的、鲁莽的”挑战。日本向中国、朝鲜和亚洲其他同盟国的投降，则被简单地描述为仅仅向美国投降。日本被美国占领后，苏联在日本人的记忆中渐渐模糊。《美日安保条约》的签订制造了一种神话，仿佛自19世纪末期美国海军准将佩里打开日本国的大门以来，美国就一直在激励和支持着日本人民，而日本对美国的侵略行径自然是一种愚蠢的背叛。这种神话同时也催生了另一种战后观念，那就是日本应对美国保护其不受苏联侵略而心存感激，苏联则被视为一种实实在在的威胁，而不是作为对美国霸权的潜在制衡。
战时的日本领导层内部混乱，没有能力策划和实施战争，这是当时的一种普遍观念，1946年至1948年间举行的东京审判进一步强化了这个观念。在美国人写的历史中，就将战时日本领导人描述为“缺乏战略思考同时作战无能”，这使得学者们完全忽略了日本自己的战略思想，并以此来解读日本人在美国总统杜鲁门决定对日使用原子弹时所采取的应对方式。他们认为要迫使日本投降就只有使用“休克疗法”-——要么使用原子弹，要么让苏联参战，或者双管齐下，除此别无他法。关于美国为何使用原子弹，正统的说法是使用原子弹，美国无需进攻日本本土就可以结束战争；新的说法是美国使用原子弹，是为了威慑苏联，以保证美国在战后世界的领导地位。然而，这两种说法都很少考虑日本自身的战略思考。原子弹的引爆和苏联的参战是外部因素，它们对战争进程的影响无论多大，都无法解释日本为何能够迅速适应战后的世界格局，甚至走向繁荣。这样看来，日本最初的战争规划者们确实把战后重建纳入到了他们退出战争的策略中来。
日本的战争首脑们销毁了大量的战争文献记录以掩盖他们的战略思考。就在日本政府决定接受波茨坦公告各项内容后不久，日本内阁成员就焚毁了大量官方文件，以应对即将到来的很可能由美国主导的战争罪行审判。1945年8月7日，原子弹在广岛爆炸的第二天和苏联对日宣战的前一天，日本外务省就做出了迅速销毁战时机密外交文件的决定。这个决定比帝国大本营做出的“迅速销毁军事文件”的类似决定来得更早更快，从而使一些比军事文件包含了更多、更广泛机密信息的文件被销毁。有关中国的外交文件是最先被销毁的，然后是苏联，最后是轴心国之间的外交文件。那些广为人知、没有被销毁的文件，尤其是外交方面的文件，在日本的首脑们看来是安全的，且符合战后美国制定的正义标准。这些文件强调了战争首脑们在做出“玉碎”的决定之时，是多么的无知、无序和无理，而这一点反倒印证了美国人对“欧亚-太平洋战争”的叙述是“正确的”。
