古老中国的前进道路总是崎岖坎坷，步履维艰。《瀛环志略》问世后，在国中难以流行，在日本却被一再翻刻，普及至一般读书人之中，于其明治维新，大有助焉。后来，随着洋务运动的兴起，《瀛环志略》在国内的地位开始提升，总理衙门重印《瀛环志略》，“中外（指京师与地方，笔者注）奉为指南”。徐继畲境遇亦有所变化。
同治三年（1864年），在罢职12年后，徐继畲以三品京堂供职于总理衙门，负责协办清廷外交事务。为表达对徐继畲的崇敬，1867年10月21日，美国第十七任总统安德鲁·约翰逊和国务卿西沃德，特请著名画家普拉特摹制斯图尔特所画华盛顿肖像一幅，由驻华公使蒲安臣［（Anson Burlingame，1820—1870），美国著名律师、政治家和外交家，著名废奴主义者］代表美国政府赠送徐继畬，并举行了隆重的赠予仪式。蒲安臣公使热情洋溢地致辞曰：“华盛顿‘与中国人民一样，坚信世界上每个人都能呼吸自由的空气；与中国人民一样，坚持孔子在2300年前就提出的一个原则：己所不欲，勿施于人。’”对孔子这位世界级思想家充满仰慕之情。同时对继畲表示了由衷的敬意，他谈道：“盖为我国之民所敬仰而深慕者，独有兄台一人而已！”徐继畬答辞称：“因思贵国中华盛顿首建奇勋，创为世法，以成继往开来之功，其必传于世无疑也！”一如既往地赞美美国的制度创新，并预言民主制度以其适应性和生命力，必将大行于世界。1868年3月29日，美国《纽约时报》在第十版对此作了专门报道，盛赞徐继畬是一位“勇于探索真理的科学家”。毫无疑问，此类中美之间早期文化交流，加深了彼此间的了解，促进了两国关系的发展，也成为中美寻求相互理解、促进友好的里程碑式的事件。
为此，继畬处境又有好转。同治五年（1866年）六月，补授太仆寺卿。翌年正月，继畬任总管同文馆事务大臣，即中国现代意义上的第一所高等学校首任校长。于中国近现代高等教育的初创期，继畬不辞辛劳，筚路蓝缕，与总署王大臣推出一系列激进的同文馆改革计划，但因倭仁等守旧派拼死阻挠而屡屡受挫，每日歔欷而不自得。同治七年（1868年），继畬为美国新教传教士、同文馆教习丁韪良所编中国第一部系统自然科学声光电化著作《格物入门》作序。翌年二月，继畬以老病乞休，奉旨以二品顶戴致仕。同治十二年（1873年），正值继畬中举六十周年，恩旨准其重赴“鹿鸣宴”，以惠耆年，并赏给头品顶戴。同年卒。美国学者称其为“世界公民”，而他自己仍能清醒地意识到自己毕竟是大清奴才，处世为谨，幸得善终。
