翰林的另一贡献，是对桐城派古文派之造就。其主要代表人物方苞、刘大魁、姚鼐均系安徽桐城人，故名。是清代文坛最大散文流派，以作家人数众多、播布地域广阔、绵延时间长久，为中国学术史所仅见。而其形成与影响，与翰林院关系甚大，翰林于其中贡献至多。其奠基人戴名世，乃一甲榜眼；而方苞、刘大櫆、姚鼐被尊为“桐城三祖”，方苞、姚鼐乃翰林。桐城派于清代文坛影响极大，自康熙朝兴起，便势不可当，地域上也超越桐城，遍及海内。道咸年间，桐城派再兴，承其源而稍异其流，别称“湘乡派”。而巨擘曾国藩也是翰林。桐城派之“载道”思想，与“学以致用”的儒家理念颇相符合，适应时代发展的需要，故长盛不衰。对于矫正明末清初“辞繁而芜，句佻且稚”之文风，促进散文发展等方面起过重要作用，对后世乃至当今的行文风格仍有着不可忽视的巨大影响。
清代中后期，为适应朝廷的政治高压，学术界转入对古籍之考订与正误，形成乾嘉学派。而学术大师如戴震、钱大昕、王念孙、王引之等，多出自翰林。他们以“实事求是”为圭臬，潜心学术，孜孜以求，务实之风大盛。清末，翰林王懿荣得以发现甲骨文，便与翰林院内百余年金石学的厚重积累所关甚巨。乾嘉学派诸大师及其传人于不自觉中与西方科学精神暗合，形成了较为完备的学术架构，为西学东渐后中学与西学的接轨奠定了坚实的学术基础。
明清时期，作为国家最高学府的国子监，其主要官员如祭酒（校长）、司业（副校长）等官缺也被纳入翰林官系列，使翰林与学校教育直接接轨。同时，不少失意的翰林官充任各地书院山长（校长）或主讲，为教育事业的发展发挥了中坚作用。
