最后，达尔文又选取了另一种角度来解释自我牺牲，也论点仍然有用。相较文化改变与人类的个体选择，自然选择就是我们现在所说的“群体选择”（group selection）。当两个部落相互竞争时，成员越富有牺牲精神，越无私，越守规矩，其部落获胜的可能性就越高。达尔文说，群体（或部落）层面的这种优势“就是自然选择”。在部落内部，为部落利益牺牲自己的个体会被那些从其牺牲中受益的个体所取代。不过在整个部落的层面，自我牺牲的成员越多，其所产生的优势就会超过个体的劣势。利他主义会给群体带来优势，因此能获得自然选择的青睐。
绝大多数（虽然不是所有）现代进化生物学家都认同，将群体选择作为对利他行为的一种可能解释，但对于该解释能否应用于现实，他们仍持怀疑态度。其原因在于，当个体利益与群体利益相冲突时（比如战争时期），自然选择对个体的影响力往往高于对群体的影响力。着眼于个体“世代”的发展时，自然选择支持的是对个体有利的特征。若一个自私者能避免牺牲自己，且比自我牺牲者生下更多后代，那么该部落中自私行为出现的频率就会增加。着眼于部落“世代”的发展时，受到支持的就会是那些对部落有利的特征。也就是说，当自私自利者的部落被利他主义者的部落消灭，利他主义出现的频率就会增加。但部落之“死”要比个体之死罕见得多。因此，最终被自然选择稳固下来的东西，往往是在快速、持续的个体选择过程中有利于个体的特征，而非在缓慢、间断的群体选择过程中对群体有利的特征。
不过，我们还是可以给出让群体选择胜过个体选择需要满足的理论条件。达尔文的观点不一定有错，也并非语无伦次，只是自从他给出这一观点，生物学家便对群体选择发挥作用的必备条件产生了极其浓厚的兴趣。与他的直率措辞相比，他的论点可能更容易在其现代追随者间引发争议。不过，话说回来，达尔文能发现个体利益与群体利益在“社会功能与道德功能”进化中存在冲突就足以令人惊讶了。他认为“社会功能与道德功能”是通过群体选择形成的，这一观点尽管存在争议，但至今仍未被驳倒。
在他之后的生物学家又给他的列表增加了一个更深层次的因素。该因素通常被称作“亲属选择”（kin selection）。若自我牺牲对与某一个体有血缘关系的亲属来说是有利的，那么就能得到自然选择的支持。单一个体的基因是有一定概率量比原来多出一倍，那么这个行为就会得到自然选择的支持。
我们几乎可以确定，达尔文从未想到过亲属选择这一因素。《物种起源》中有一段写到蚂蚁个体不育与其社会等级的关系，该部分曾一度被认为与亲属选择有关，但仔细阅读后会发现，它们确实毫无关联。直到1964 年，关于亲属选择的主要著作才陆续出现，作者是W. D. 汉密尔顿（W. D.Hamilton）。总而言之，生物学家至今仍将自我牺牲行为视作对达尔文自然选择理论的主要挑战。而他们所探讨的四种可能正确的解释方式为：亲属选择、互利主义、群体选择和文化因素。若以文化来解释：自然选择反对自我牺牲；它的存在依赖于某种文化因素的作用，比如达尔文所说的“爱誉和恶毁”。这四种解释，达尔文至少探讨过三种；只有亲属选择明显是后达尔文时代的发现。现代生物学家与达尔文的不同之处在于，他们不将互惠建立在理性算计与预见能力的基础之上，他们对群体选择的力量也更加怀疑。尽管存在上述种种区别，尽管达尔文用的是维多利亚时代的表达，但他在分析中所透露出的观念还是非常接近现代观点的。出现在与其有血缘关系的兄弟姐妹身上的。若不同的个体拥有相同的父母，则他们具备同一基因的概率会高达50∶50。
