这些不明智的说法和做法导致南非丧失了控制艾滋病的关键时间。2006年，联合国特使斯蒂芬·刘易斯在多伦多举行的国际艾滋病会议上批评南非政府应对艾滋病的“迟钝与疏忽”。有研究认为，姆贝基时代由于对艾滋病讳疾忌医和对科学共识的“不承认主义”，增加了本可避免的36万人死亡。到了2009年，南非艾滋病毒的成人感染率已经高达17.8％（有的估计达21.5%）；军队中感染HIV病毒或艾滋病患者人数比例更高达23%。2009年南非生存的艾滋病患者与感染者达560万，该年死于艾滋病者31万，两者均高居世界第一。与1995年相比，艾滋病毒感染率增加7.5倍，感染者增加5.6倍。目前南非有120万孤儿，绝大多数是艾滋病造成。由于艾滋病，南非在1995—1998年间预期寿命从64.1岁下降到53.2岁，艾滋病人有时占据了40％的公立医院病床。据南非种族关系研究所估计，2009年南非白人的预期寿命是71岁，黑人48岁，差距比种族隔离时代还大，但在这期间南非黑白收入的差距是缩小的。黑人寿命下降的主因就是艾滋病。
艾滋病泛滥不仅造成大量人口损失，而且对南非整个社会、经济与国力都是沉重打击。南非的福利开支之高世界罕见，而且民主化以后福利明显向黑人倾斜，消除了旧南非福利是白人专享特权的“负福利”之弊。但是如今巨额的福利开支都用在了对付艾滋病，以及与艾滋病有关的超常医疗负担、母婴、孤儿、非老非残而丧失劳动能力者等等上面，“福利国家”的一般福利（养老、残障、常规卫生、教育、住房、失业救济等）水平却受到影响，以至于就南非的经济发展水平和福利开支率而言，南非人的常规福利并不算高。另一方面，就市场竞争而言，南非一方面失业率高企，劳动力极度“过剩”，另一方面由于艾滋病患病率太高，国民整体体质和寿命下降，劳动力素质不高，合格劳动力不足。这也是造成失业率很高的南非同时还在大量使用“外劳”的原因之一。更不用说由于艾滋病和犯罪率两大原因，南非被不少人视为畏途，旅游、服务业的发展也受影响，南非废除种族隔离后国际制裁取消带来的开放与全球化红利也因此打了折扣。总之，不论是搞“福利国家”还是搞“自由竞争”，艾滋病都成了南非发展的一大障碍。姆贝基当初说艾滋病是贫困造成的，但现在人们说的更多的是反向的因果：艾滋病在很大程度上造成了南非今天的贫困问题。
人们知道防艾抗艾是世界难题，南非政府再重视对策再正确，艾滋病问题也很难完全解决。但是新南非十多年间艾滋病问题如此恶化，显然与人谋不臧有关。南非政府已经意识到问题严重。以“粗犷、传统、民粹主义”形象闻名的祖马总统在很多方面与他的前任，“文雅、西化、自由主义”的姆贝基相比更不被国际社会看好，但在艾滋病问题上祖马政府却比姆贝基政府更“与国际接轨”。他更换了卫生部长，停止宣传“土方神药”，与国际社会合作大规模推广ARV防治，并制定了新的国家抗艾计划，以图亡羊补牢，舆论对此是赞赏和期待的。
