1911年 12月，他随着孙中山从巴黎回到上海。1912年 1月 1日，孙中山在南京就任中华民国临时大总统，荷马·李也躬逢其盛，并开始以军事顾问身份视察军务，时人称之为“美国李大将”。但很不幸，到2月1日，荷马·李突然中风并立即昏迷，以后虽清醒但已半身不遂。于是他决定返回美国。回美国后，病情仍无起色，终于在11月1 日去世，享年还不满36岁。
古有三不朽：立德、立功、立言。像荷马·李这样一个人，虽为旷代奇才，但却英年早逝，立德、立功都说不上，假使他再没有著作传世，则与草木同朽也就可说是命中注定。但非常令人惊讶的是荷马·李以他那样恶劣的身体状况，除为中国前途热心奔走以外，又还能留下两本具有相当不朽价值的战略著作。这的确有一点近似奇迹。
荷马·李所受正规教育相当有限，大学只读了两年而未毕业，至于有关战略的学问则完全有赖自修。他的思想虽不免杂乱，但仍能成一家之言，应该说是难能可贵。大概在1907年的春天，日俄战争不久之后，他就开始着手写其第一本书。书名为《无知的勇气》（The Valor of Ignorance），也许较文雅的译名应为“匹夫之勇”。根据其自序，他是在完稿之后故意等了两年才出版，其目的是为了想让时间来证实或否定其书中的假设和结论。虽然在几年前荷马·李对于中日两国志士的合作表示乐观，但现在却采取完全相反的立场。他指出日本有支配中国和太平洋的野心，将成为美国的重大威胁。
甚至于这本书在1909年出版之前即已受到当时美国高级将领的注意，包括陆军参谋总长贾飞中将（Lt. Gen. Chaffee）在内。荷马·李也曾把该书献给美国元老政治家之一的国务卿鲁特（Elihu Root），以后他并曾要求鲁特支持中国革命运动。不过，除少数军人以外，这本书在美国几乎没有其他的读者。据说纽约市立图书馆有一本，但直到1941年一共只有三个人曾经借阅。但在日本不仅有盗印本出现，而且也被译成日文，并改名为《日美必战论》，第一版在三个月内就卖掉了84000本，以后还曾再版多次。至于把此书译成中文、法文、德文的计划则始终不曾实现，但英国陆军耆宿罗贝兹元帅（Field Marshal Earl Roberst）却十分欣赏此书，并特别致函荷马·李表示仰慕之意。不过，麦金德（Halford Mackinder）此时虽已露头角，但似乎还不曾看过此书。反而言之，荷马·李也不曾与当时的地略学前辈，包括海权大师马汉在内，有任何接触，或受其影响。
