或许正是因为这种坚持，就连世界上最严苛的舞评也会感叹：他们是“最好中的最好”（the best of the best）、“你若是错过了云门舞集的表演，那么你已经与完美失之交臂”。
2001年，林怀民编作了《行草》，在此之前云门的身体训练早已拓展到舞蹈以外的领域，打坐成为《流浪者之歌》的基础、《水月》的动作原型来自太极导引。而在排练《行草》期间，为了体会书法的行气和笔韵，舞者也花了很长的时间临帖习字。
林怀民：舞者不再去讲究技术。技术后来会到达，而他整个的思维要变成内观的，跟自己的身体讲话，当他在做的时候，他的意在也跟他身体里的气的流动形成一种对话。所以有些云门的舞变得非常有趣，像《水月》，用巴赫的音乐，很沉稳、很慢。有些舞者眼睛就那样垂着，不看观众；他从头到尾不是在演出，是在做一次呼吸的旅行。
最有趣的事情是，到最后，观众不止得到视觉的享受，还有呼吸的共鸣，所以大概演出三五分钟之后，观众开始跟着台上的舞者呼吸，非常沉静而松驰。演完以后，很多人不想离开，就在戏院里待着；有些人甚至会哭。台上没有《梁祝》之类的故事，没有情节什么的，可是因为呼吸共鸣所带来的安静，观众会慢慢松弛，起鸡皮疙瘩、哭。这很有趣，当初没有料到会走到这个地方来。
1993年，成立二十周年的云门首次来到大陆进行演出。那一次带来的作品是《薪传》，尽管讲述的是台湾的故事，但民族的奋斗史同样让大陆观众感动至极。连很多业内的人也说，云门的表演无疑给大陆舞蹈界带来了一次“地震”。
十四年后云门再登大陆舞台，同时带来了早期的《白蛇传》《红楼梦》和后来的《水月》《行草》，又一次引发了观看狂潮。林怀民为这样的成绩所鼓动，也期待能够在大陆市场上有更多的作为。曾任台湾当局“国策顾问”的林怀民，除了关心舞剧的设计和舞团的演出，也一直关心文化产业的发展和建设。
他一直为表演通路问题的解决而忧心，而文化团体的生存也是很重要的事。
即使到现在，云门也仍然为“钱”而苦恼，除了努力为演出卖票并发售DVD挣钱之外，林怀民仍要四处拉赞助，一年大概只有四分之一的时间能够用于编舞。已经上了年纪的他有时也会笑说：“我的腰也是很软的。”一面显示自己功力还在，一面也透出不得不“为五斗米折腰”的无奈。
2008年，一场大火烧毁了云门的排练场，许多音乐资料和舞美道具付之一炬。这一烧才让很多人知道，原来大名鼎鼎的云门舞集，所用的排练场只是租来的非法建筑物。“十六年来在违章的盛夏燥热、寒冬刺骨的铁皮厂房里排练，欧美人觉得匪夷所思，但是在台湾却觉得‘幸福得不得了’，十分讽刺。”
不过一切仍要继续。
如今云门已获批在一块地上建立自己的永久基地，林怀民希望能打造出一个既能排练又能演出，还可以观光的文化中心，让观众得到更好的文化享受。为了既节约又高质量地建好这个基地，编舞大师林怀民事必躬亲，连厕所多少个、马桶买什么都要和建筑师一一细商。毕竟这笔钱来得沉重——火灾后，云门并没有向社会募捐，却依然收到来自社会各界的捐助，有企业一捐便是两三百万，也有小学生捐来的一百元。这五千多个捐赠者，都成了云门的“股东”，林怀民说，他要对股东负责。
林怀民：出来做事就是，英文说stick your neck out，把头伸出去砍，反正缩头是一刀，伸头也是一刀。我宁可伸一伸，伸上去还可以看到不同的风景，我不要在家里闷死。
