《薪传》的上演还有一段传奇。这部作品的灵感来自家族迁台七代的记忆，但在上演时，这样的题材却因为当时政治环境的严厉而非常危险，只得选择了在嘉义而非台北首演，表面上的理由是要向开台先贤致敬，实际上却是要“离警总（警备司令部）远一点”。
不成想，首演第一天，美国和台湾当局“断交”，《薪传》一夜之间从“一株可能的大毒草”，变成了凝聚社会人心的佳作，演得“舞者汗泪齐飞，观众含泪鼓掌”。作品的精彩和时代的风云共同将它推上了大众追捧的顶峰，另一方面，也大大提高了云门的知名度。
然而，随着80年代台湾经济的起飞，云门舞集的生存空间却并没有像它在国际舞台上的名气一样越来越大。
林怀民：那时候，台湾的社会、经济整个地起飞，股票市场火红得不得了，很像今天大陆的状况，很多人下海，忽视了对文化的关注。推动文化上的事忽然变得很辛苦，工作事实上是事倍功半的，所以觉得很晦气、灰心，就停掉了。
许戈辉：但是你停掉，周围的这些人怎么办？这个决定容易做吗？
林怀民：停掉的决定不容易做，但停了以后，整个的安排很容易，因为我用了两年的时间来安排退场。
许戈辉：宣布的时候是什么情景？
林怀民：报纸上到今天为止都说那个时候我哭了，其实我没有，因为已经哭过了。我用两年的时间，把解散的计划完美地执行完毕，所以松了一口气。
云门暂停期间，旅行成为了林怀民生活的全部。他所到访之处包括了印尼、印度这样的古国以及西安、敦煌、云冈、苏州这些中华古城，在旅途中，他还翻译了由印度史诗所改编的剧本《摩诃婆罗多》。三年后，林怀民再次出现，这不禁让人们想起了那句老话：休息，只是为了走更远的路。
林怀民：等云门再回来的时候，我比较自在了，不再骂街，不再说社会不够好。这也是我们作为社会的一分子，要设法用自己小小的力气，在很小的岗位上，把工作做得好一点。也许大家小的地方能做好了，明天的确会变得更好吧。
我决定再恢复云门。我上城里的时候，一个计程车司机发现是我，就跟我攀谈，问我很多关于云门的事，他都很同情，觉得云门的处境的确不好。他安慰我，也鼓励我，我要下车的时候他不收我的钱，然后忽然跟我说，林先生，每个行业都很辛苦，我们每天在台北这样的交通状况里跑来跑去，也非常辛苦。他大声地跟我说，林先生要加油！讲完他就走了。我呆呆地站在马路上，阳光很大，我很感动。
在收到司机的鼓励之后，林怀民重组云门，不但要拾起舞蹈的梦想，也要完成他更多的社会期望。
林怀民：我很清楚成立一个舞团干什么：我要到偏远的地区、到乡间，为基层民众演出。这后面有两件事，一是60年代美国的总统肯尼迪组织了青年和平工作队，到很落后的国家去服务；二是我在海外的《人民画报》上，看到了大陆“文革”时期赤脚医生的事，我很感动。所以那时候我组建舞团，没想过到全世界的首都去演出，想的是到乡下为基层民众演出。
从最初的时候开始，云门的舞者就来自社会中下阶层。他们并不是当时社会最优秀的舞者——最优秀的那些人，都在知名的剧团里跳着经典芭蕾，不会来理会林怀民的“草台班子”。可是这些人有着和林怀民同样的梦想和热情，也正因为各自没有很好的物质条件，“没有在家里弹钢琴的”，所以更能演绎出生活的本态。
云门也从一开始就坚持，同一出戏，既在国际大舞台上演出，也到乡间演给农村阿伯看。1999年，云门专门成立了子舞团“云门舞集2”，一团负责到国际上演出，二团则专门负责把舞蹈带到学校、小区。
