尽管因跟中共有来往而在美国曾经招来麻烦，他还是没有后悔。在去世之前好些年，有一句话经常挂在他嘴边：“我这辈子最大的遗憾，就是没有‘先斩后奏’，在向美国国务院请示之前，就径直从南京前往北平，跟毛泽东、周恩来见面，造成既成事实。遗憾，遗憾，实在是太遗憾了！”
其实，40年代末与50年代初是冷战刚刚形成的时期，中美关系是很难摆脱这个大背景之制约的，他即使能背着上级擅自前往北平，也是不可能有什么作为的。再说，他出生于牧师的家庭，自己也是牧师，是很害怕说谎话要遭上帝惩罚的。
司徒雷登自己对康复治疗很积极，曾经抱有一种晚年再去一次中国的想法。在傅家精心照料下，病情有所好转，可以用右手写字、吃饭，并能拄着拐杖上下楼，在院子里散步，还写了英文回忆录《在中国五十年》。
司徒雷登于1962年9月去世，享年86岁。他虽然出面筹资数千万美元，创办了燕京大学（新中国成立后并入北大），位居美国驻华大使之要职，调动过数以亿计的援华美元，但最后却在贫病交加之中辞世。他虽然是美国人，但是，据说来参加追悼的美国人并不多，来的大多是中国人，这些人大都是他过去在燕京大学的学生。
