永乐五年，皇后徐氏死去，因为正在修建北京，所以朱棣经过深思熟虑之后，没有在南京建陵安葬，而是派人去北京寻找“吉壤”。他们遍访北京四郊，足足跑了两年时间，才找到几处可供挑选的地方。最先是口外的屠家营，但因皇帝姓朱，“朱”和“猪”同音，皇帝认为猪家要进了屠家定要被宰杀吞刮，未能同意。另一处选在昌平西南的羊山脚下，羊和猪本可相安无事地各自生活，但山后有个村子叫“狼儿峪”，猪的旁边有狼出没危险可怕，也未被采用。再一处是京西的“燕家台”，可那位永乐皇帝感到“燕家”和“晏驾”是谐音，不吉利，又遭否定。京西的潭柘寺景色虽好，但山间深处地方狭窄，没有子孙发展之余地，亦未能当选。直到永乐七年，才在昌平县黄土山下选中陵地，并由朱棣亲自察看后决定下来。
这里确是一块最为理想的风水宝地，燕山余脉自西北高原逶迤而来，曲折环绕，成为一道天然的屏障。中间一片平原，广袤宽阔，风景绮丽，泉水顺山而下，沿平原两侧缓缓流过，真可谓山清水秀。更为奇特的是，在平原的东西两侧，有青山两座，成守卫之势，俨然是两位顶天立地的将军。在此处兴建陵墓，不只风景美好，更主要的是这里山势如屏、易守难攻，一旦驻军把守，既可护卫陵寝，又便于保卫京师。朱棣立即降旨，“圈地八十里为陵区禁地”，开始动工修建长陵，并派军守护。
朱棣不愧是明代少有的军事家和政治家，对陵区的选择和驻军的守卫，再一次显示了他非凡的才华，其苦心远见，在他死后不久便可得到证实。无论是北方的俺答、瓦剌大军，还是努尔哈赤的铁骑，都把十三陵视为通向北京的咽喉和畏途，从而费尽心机、不惜余力进行攻打。即是在中原纵横驰骋的李闯王，也是从柳沟先入德胜口，再下十三陵，只因居庸关守将投降，才使十三陵变得唇亡齿寒，导致北京陷落。
自永乐皇帝圈地筑陵的圣旨传下，黄土山四周百余里便成为禁地，凡在此住居的百姓，十日之内必须迁往外乡。于是，一幅悲惨的帷幕随之拉开。官兵们披挂整齐，手持棍棒，残忍地殴打和驱赶着迟迟不肯离去的百姓。男人推车挑担，女人抱着婴儿，面对祖祖辈辈赖以生存的家园顷刻间变为废墟，不禁声泪俱下，孩童的啼哭和老人的呼喊，在凄冷的旷野里回荡。其悲苦之状，撼天地、泣鬼神。
有一叫李焕的白发老者，面对烈焰升腾的两间茅屋，扑卧在地，抓起一把黄土放在怀里，死死不愿离去。撕裂肺腑的哀嚎和头上溅出的热血，使执棒的官兵都为之动情，泪湿衣襟。最后，李焕老人口吐鲜血，一命呜呼。永乐皇帝得知此情，感其对家园的依恋，特传旨将他葬在天寿山旁侧。至今，这座荒冢还和十三陵一样默默地守在天寿山麓。
永乐七年，浩大的陵墓工程在黄土山下正式动工，所用军工、民夫四十余万。据《太宗永乐实录》等书记载，当年朱棣生日，在黄土山上饮酒作歌，百官上寿时为讨他欢喜，称此山为天寿山。朱棣听罢大喜，即传旨改黄土山为天寿山。
长陵的营建，先后用18年时间方完成。朱棣的皇后徐氏，于永乐五年去世后，在南京停尸6年，直到永乐十一年，长陵的地宫建成后，才由南京移来入葬，成为十三陵第一个入葬者。
公元1424年，朱棣第五次率大军出征漠北，病死于归途中。这位在历史的中心舞台上活动了23年的一代君王，终于走进了长陵的地下玄宫，寻找他的生前伴侣去了。
