除了对原罪的定义，对原罪的处理同样成为焦点，主要分为三派：
一派为大赦派，以经济学家张维迎为代表。张维迎表示，“政府是不是可以考虑实行一个税收特免政策，也就是说从现在开始，过去的事既往不咎，因为过去的事很多是由历史条件造成的，如果我们想要所有的企业都按照单纯的税率交税的话，没有几个企业可以生存下来，所以能不能从现在开始，再有任何人敢偷税漏税就更加严厉地惩罚，这样企业家就能够放下思想包袱，从现在开始，大胆地为国家做贡献，为国家纳税。中国的企业家是愿意交税的，我们应该找到一个双赢的办法。”
一派为清算派。认为民营企业家的确有原罪，而且要彻底清算，没收他们的财产。
一派为折中派。折中派既不赞成大赦，也不认同清算，认为应以证据为标准，如果证据确凿就追究。
到底什么是民营企业的原罪，以及如何处理原罪，民间与学术界争得面红耳赤，官方倒表现得干脆利落。2004年1月，河北省委、省政府批转了省委政法委《关于政法机关为完善社会主义市场经济体制创造良好环境的决定》（以下简称《决定》），称为民营企业经营者营造宽松的发展空间。对民营企业经营者创业初期的犯罪行为，已超过追诉时效的，司法部门不得启动刑事追诉程序。该文件提出民营企业经营者创业初期的犯罪行为，超过追诉时效的，司法机关不得启动刑事追诉程序。在追诉期内的，要综合考虑犯罪性质、情节、后果、悔罪表现和所在企业当前的经营状况及发展趋势，依法减轻、免除处罚或判处缓刑。
然而，随着宏观调控的开始，媒体很快扭转风向，把焦点指向宏观调控政策以及产权改革，明星经济学家郎咸平再次成为争论的关键人物。
直到2006年年末，又一批重量级富豪落马：福禧投资控股有限公司董事长张荣坤被捕，广东顺德金冠涂料集团董事局主席周伟彬被刑拘，创维集团前董事局主席黄宏生受审，天发集团董事长龚家龙因“涉嫌经济犯罪”被刑拘，新华人寿董事长关国亮因遭调查而辞职，原科龙电器董事长顾雏军等9名高管刑事诉讼案再次开庭审理……富豪落马，再次引发对民营企业原罪的热论，这次热论也被媒体评价为“规模更大，规格更高。”
《中国经济周刊》对此的评论是，“与2004年的那场大讨论相比，这一次的讨论主题更明确、层次也更高，如有专家专门著作论原罪的起因与分类以及对构建和谐社会的影响等，政府官员也高调表态等。”
2006年11月，中共中央统战部副部长，全国工商联党组书记、第一副主席胡德平接受《南方周末》采访时提出，“对于清算‘第一桶金’的说法，说得不好，这是在否定改革的巨大成绩。”“如果不考虑历史的环境条件，一味用法律、用宪法大帽子扣下来，非常吓人，但不能服人。”
12月17日，“第六届重庆民营企业家年会”上，时任重庆市委书记汪洋指出，“民营经济创业初期的‘不规范’既是其与生俱来的‘胎记’，也正是其生机勃勃的活力所在。”
12月27日，全国政协副主席、中共中央统战部部长刘延东表示，“目前社会对‘原罪’问题、‘第一桶金’讨论得很多，我在这里也给大家吃一个定心丸，中央（发展非公经济的政策）绝对不会变化的。这个决心是坚定的。”“我们还是主张不争论，还是用实践和历史来回答。”
民营经济的原罪到底是谁之过，无论是将其归咎为民营经济本身还是当时不完善的制度，恐怕都有失偏颇。
民营经济的参与者在很长时间内都社会声誉不佳，民营经济参与者经营与管理的不规范，甚至有违反法律的行为，成为导致他们社会声誉不佳的主要根源。
部分民营企业家获取财富的方式饱受质疑。民营企业出生便面临着残酷的生存考验。奔走于产业中下游的民营企业家中，不免有人利用关系，利用掌握的资源，利用改革开放政治体制上暂时的盲点，为生存铤而走险，鬼神之道来者不拒，把国有财产据为己有、打制度擦边球，甚至突破政策与法律的底线。部分民营企业一开始就有了原罪。承认某阶段某群人的过错，是我们对待历史应有的客观态度，“前事不忘后事之师”，这是一种勇敢的进步。
如果把原罪这顶帽子扣在所有民营企业家的头上，也是片面而缺乏公正的。由于民营企业的原罪是历史问题，历史已不可逆转，对待原罪较为理性的态度是社会对原罪的适度宽容。
对原罪定义乃至讨论它的外延不是最终目的，如何对待原罪才是最重要的经济和法律命题。在制度大变革的背景下，民营企业家会在灰色的空间中游走。所以，如果是历史、制度的原因，再加上企业家当时的盲目冲动与“群体性经营幼稚”造成的结果，最后只让民营企业家来埋单，未免太过残酷；所以，如果以某些群体作为彻底的负面样板，试图“赶尽杀绝”，是社会集体理性思考能力的怠惰与市场经济的不幸。因此，原罪是历史，赎罪才是现世。更何况，那些因为不抵市场风险而悄然陨落的经济先烈们，一样打上原罪的烙印，并没有人追究他们的罪过，但却非要让这些顶着财富光环的幸存者锒铛入狱，一样是不公平的。不妨让这些有“达则兼济天下”能力的人，将功赎罪。在不损害企业家精神与市场化动力的条件下，用非暴力的方式，给企业家赎罪的机会，洗去罪责才最现实与最迫切的。
如果非要对民营企业的原罪穷追不舍，那么，就只能陷入“原罪不止，惩罚不息”的漫长而广泛的“原罪大清洗运动”中。到那时，倒下的不止是一批人，还有一大批企业，甚至整个行业。给这些戴着原罪帽子的企业家以机会赎罪，也是给整个民营经济的发展以机会。
