我国社会组织管理体制的改革创新既是社会组织实践发展的产物，也是在改革开放不断深化的过程中从中央到地方、分领域分地域不断先行先试、逐步改革探索的结果，其中民政部主导的改革先行先试、中央适时进行的顶层设计和地方各级党政部门的积极探索，构成了这一改革创新的主旋律。
一 以分类管理、分地区登记为特征的过渡体制
20世纪90年代后期至21世纪的前10年，随着社会组织进入新的发展高潮，在民政部的主导下，社会组织管理体制上的改革创新也开始以先行先试的方式在部分领域、部分地域开展起来，逐步在全国范围内形成以分类登记、分地域登记为特征的过渡体制。
所谓分类登记、分地域登记，指的是根据各地不同的发展阶段和对社会组织的性质、功能、结构等特点进行类别划分，分地分区、分门别类地将其纳入不同的系列进行登记和管理，并相应地采取不同的政策和制度形式加以规范及引导。分类登记的核心是依照不同的标准对社会组织进行分类，而分类标准则是依据社会组织日益多元化的客观发展情况、管理部门的相互协调、政治社会结构的变化等多种因素来确立的。分类登记、分地域登记的基本原则是：对有助于我国经济社会发展与和谐社会建设的慈善类社会组织、行业协会、民办非企业单位、城乡社区社会组织、农村专业经济协会等社会组织予以重点支持。对涉外类、联谊类、社科研究类及业务宽泛不易界定的社会组织严格把关，继续实行双重负责的管理体制。对于某些情况比较复杂的领域内的社会组织采取严格限制甚至不予登记的措施，如政治类、气功类、宗教类、特定群体类以及不利于安定团结、与国家法律法规相悖的社会组织严禁成立，并加大查处力度。在这个时期，广东、安徽、湖北、北京、四川、天津、宁夏、深圳等地积极探索突破双重管理体制的束缚，尝试开展直接登记体制改革；上海、山东、江西、陕西、宁夏、青岛等地也出台文件，大力推动登记和备案双轨制的改革尝试，各地在创新监管体系、完善执法机制、创新党建工作等方面，也做出了许多积极的探索。
这个时期地方关于社会组织管理体制的改革创新，主要表现在三个方面：
首先，以先行先试的方式探索双重管理体制改革。深圳市2005年探索实行行业协会直接登记，2008年印发《关于进一步发展和规范我市社会组织的意见》，规定工商经济类、社会福利类、公益慈善类社会组织可以直接向登记管理机关登记，而对于社区社会组织则实行登记备案双轨制。南京市2006年出台《基层民间组织备案管理暂行办法》，全面推行社区社会组织备案制，使得大量活跃于社区、为基层群众服务但又暂时不具备法人条件的社会组织取得合法地位。北京市通过构建“枢纽型”社会组织将业务主管单位职责赋予“枢纽型”社会组织，由其对社会组织进行日常管理，向社会组织提供服务。2010年7月，北京市在中关村国家自主创新示范区进行社会组织直接登记试点。2011年起工商经济类、社会福利类、公益慈善类和社会服务类的社会组织无须再找主管单位，可以直接到民政部门登记注册。
其次，各级政府积极培育发展社会组织。主要有三种做法：一是落实和完善扶持社会组织的政策法规。如广东、北京、上海等地积极协调财政、税务等部门落实社会组织公益性捐赠税前扣除资格的认定工作。二是通过购买服务促进社会组织的发展。目前政府购买社会组织服务的范围已经逐步扩大到医疗卫生、教育、社会服务、人才培训等诸多公共服务领域，并逐步常态化。如上海市浦东新区要求政府各职能部门将购买社会组织公共服务的资金列入部门年度预算。三是建立社会组织发展的孵化机制，在促进社会组织的发展过程中加强管理，寓服务于管理之中。辽宁、浙江、北京等地设立社会组织发展基金，对新成立的社会组织予以扶持。
