课题组认为，我国目前医疗保障制度的现实是，大部分社会成员仍没有任何形式的制度化保障。正在实施的城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度都是以保大病（住院）为主，即使被这两种制度所覆盖的人，主要需要通过门诊解决的常见病、多发病问题也没有保障。我国应尽快构建面向全民的、以政府直接财政投入为主的、立足基层医疗卫生服务机构的基本卫生保健制度，使所有人的最基本医疗都能得到保障。同时，进一步发展、完善城镇职工医疗保险和新型农村合作医疗。
目前有一种观点认为，政府应主要针对贫困人口建立医疗保障和医疗救助制度。课题组认为，在大多数人尚缺乏保障的背景下，医疗保障制度应采取普惠制方式，否则会使遭遇疾病风险的其他社会成员“因病致贫”、“因病返贫”，进而带来多方面经济和社会问题。
预防为主还是无限救治？
预防为主还是无限救治？这不仅是一个医学问题，也是一个经济问题和伦理问题。课题组认为，新中国成立至今，我国国民健康水平之所以有巨大提高，正是因为贯彻了“预防为主”的方针。而近20多年来，这一方针被忽视了。在我国经济基础尚不坚实的情况下，更应坚持这一方针，不然随着老龄化的加剧，医疗卫生的资金压力将会急剧加大。
课题组认为应该从两个方面来贯彻“预防为主”的方针，一是加强公共卫生（包括对公众生活方式的干预），防治结合，这些都体现在课题组建议的基本卫生保健制度设计中。二是在医疗保障中，应优先保障多发病、常见病。对于现代医学无能为力或治疗效果较差的，应采取保守治疗。
我国目前的医保有点尴尬。由于纳入医保的病种和用药范围有限，很多病人的用药都在医保范围之外，报销后的医药费还是让市民难以承受，“小病不保，大病保不了。”
在此新一轮医改热潮中，对重点保大病还是保小病，各方意见不一。不少人认为，小病花费少，可以由个人和家庭力量来解决；大病花费多，只能通过完善医疗保障制度来解决。目前的城镇职工基本医疗和新型农村合作医疗制度设计，都是按照这种思路设计的。
但也有人认为，在“大病免费，小病出钱”的政策下，患者和医生都倾向于将“小病”当成“大病”治，从而造成医疗资源浪费。
在这两种路径之争中，课题组倾向于后者，认为“大病免费，小病出钱”实际上是为少数人制定的政策，因为生大病的人毕竟是少数。为了保障大多数人的利益，同时立足于“人人享有基本卫生保健”的目标，作为政府发挥职能的医疗保障，只能定位于常见病、多发病。
那么，人们得了大病个人无力支付怎么办？课题组认为，应该靠基本医疗保障之外的制度去解决。应尽可能利用现有制度基础，包括目前的城镇职工基本医疗保障制度、新型农村合作医疗制度、商业保险及社会医疗救助等。通过政府鼓励、相关政策优惠等，使尽可能多的人得到更好的医疗保障。
补患者还是补医院？
医疗服务的筹资和付费方式是医疗保障的一个重点，也是目前争议最多的问题。在医疗保障领域应该加强政府筹资已成为共识。但关键在于，如何让政府投入变成公众福利？具体来说，就是补贴供方（医院）还是补贴需方（患者）？
