当法部公文送到直隶总督府的时候，袁世凯对来人不冷不热地说：“你们要抓吕碧城，恐怕先得问个清楚，她是我在天津创办的公立女学堂聘来的新学人物，如果只是认识秋瑾、有书信往来就要抓人，那好，你回去告诉你们的尚书，我与吕碧城也认识、有书信往来，是不是连我也一起抓走啊？”
袁世凯的话绵里藏针，法部也觉得不好办。袁世凯也不是等闲之辈，法部不得不给面子，从此，“吕案”也就不了了之。
秋瑾被害，吕碧城第一时间从报上看到了有关消息，联想到自己几年来与她的交往和共同的理想，不禁悲从中来，她在《蝶恋花》一词中写道：
寒食东风郊外路。漠漠平原，触目成凄苦。日暮荒鸱啼古树，断桥人静昏昏雨。遥望深邱埋玉处。烟草迷离，为赋招魂句。人去纸钱灰自舞，饥乌共踏孤坟语。
然而，清廷对革命党人的大肆搜捕，祸之所殃，也给吕碧城极大的压力。有一段日子她诚惶诚恐，心里惴惴不安。特别是吴芝瑛被关入狱后，她更是惶惶不可终日，感到大祸随时会落到自己头上。她常常以酒浇愁，用填词来消解愁怀。她在词作《声声慢》中写道：
听残腊鼓，吹暖饧箫，凤城柳弄轻烟。检点春衫，宵来换了吴绵。啼莺唤愁未醒，锦屏深，贯倚恹恹。朦胧语，问人间何世，月地花天。还剩浮生几日？尽伤心付与，浅醉闲眠。无赖斜阳，为底红到楼边？繁香又都吹尽，费冰毫、多事题笺。人空瘦，到明朝、怕启绣奁。
直到这时，她才深深感到愁的滋味和那面无情的大网带来的巨大压力。
当吕碧城得知总督袁世凯为她开脱，躲过这一劫时，她立刻驰书相报，并进袁府答谢。
袁世凯坐在客厅的椅子上，指着站在身边的翩翩少年袁克文说：“不用感谢我，是他告诉了我这件事。你不认识他吧，他对你的诗词文章仰慕已久。”
吕碧城忙说：“公子的聪慧，碧城早有所闻，只是未曾晤面。”
袁世凯说：“克文素好虚声，学步名士。古人讲以文会友，你是文坛才媛，今后给他多加指点。”
从此，他们成为文坛唱和的好友。
便是后来成为袁世凯家庭教师的周砥女士，亦是袁克文请吕碧城推荐的她的得意门生。周砥在袁家多年，默默工作，精心执教，深得袁世凯信任。民国初年，由袁世凯做媒，嫁给两江总督冯国璋，后来成为民国代总统夫人。
这是吕碧城和袁克文交往的肇端。
秋日的天津新站，沐浴在温暖的晚霞里。
严复应学部之召，由沪赴京参加第二届游学毕业生考试。他携外甥女何纫兰一起北上，途经天津时下车逗留两日，特意安排何纫兰与吕碧城相识，下榻于租界的长发客栈，乘晚车进京。
吕碧城、英敛之夫妇赶到车站送行。
汽笛声拉响了，火车徐徐开动。严复、何纫兰探身窗外，频频向他们挥手。
吕碧城随着列车的移动，慢慢地奔跑着，眼里含满了泪花。
一年前，何纫兰夫妇由福建老家到上海求学，因她是严复幼妹的唯一女儿，读书期间，严复给予了无慰不至的关怀。那时何纫兰只有二十五岁，对新学情有独钟，于是严复就介绍她与吕碧城相识，让鸿雁搭起了她们之间的桥梁。
1907年夏天，何纫兰（严复代笔）复吕碧城信说：
吾国屡遭外侮，自天演物竞优劣败之说自西徂东，前识之人咸怀复亡之惧，于是教育之议兴于朝野。顾数年以来，男子之学尚未完备，而所谓女学，滋勿暇矣。第自妹观之，窃谓中国不开民智、进人格，则亦已耳。必欲为根本之图，舍女学无下手处。盖性无善恶，长而趋于邪者，外诱胜，而养之者无其术也。顾受教莫先于庭闱，而勖善莫深于慈母，孩提自襁褓以至六七岁，大抵皆母教所行之时；故曰必为真教育，舍女学无下手处。
