李、白兵败后退回广西。桂系的第四集团军未被编遣已被打垮。
桂系败退后，蒋介石对冯玉祥装聋作哑。何应钦安驻武汉，将桂系残部改编为六个师，受命整理两湖“党务”。冯被欺骗，本已愤怒，加之蒋又以巨款收买冯部的韩复榘、石友三叛冯投蒋，冯、蒋之战一触即发。蒋介石正拟讨冯，而冯便抢先开战。
5月22日，何应钦应召由武汉飞抵南京商讨攻冯事宜。刚走下舷梯，他便对采访的记者谈话，谓冯“破坏平汉、陇海两路”，“阻止中央军前进，俾构筑坚固防御工事，坚守半年以上，以待苏俄经济械弹之接济”等等。于是，冯玉祥“勾结苏俄，反叛中央”已有定谳。次日，蒋介石操纵中常会，决议将冯玉样永远开除党籍，革去党国各职。当天，何应钦与蒋介石“谈至深夜，始返私宅休息”。24日，蒋下令通缉冯的同时，委何应钦为武汉行营主任，作讨冯的指挥。27日，冯玉祥被迫通电下野。
9月15日，何应钦之父何其敏在兴义逝世，他便向蒋提请辞职回籍奔丧。蒋退回辞呈，要何“移孝作忠”，在南京设奠祭祀即可，以免影响“党国”大事。何应钦含悲遂了蒋意。
10月10日，冯部将领宋哲元、孙良诚等28人通电，推举阎锡山、冯玉祥为总、副司令，由潼关出兵讨蒋。何应钦戴孝往开封前线指挥12个师，抵御阎、冯的进攻。10月26、27日，是在南京毗庐寺公祭何其敏的日子，何应钦头一天才赶回南京参加公祭仪式。此番夺情为蒋，使蒋大受感动，亲自为何其敏写了像赞，既颂死者，更赞扬何应钦。事毕，何又返回开封。
11月12日，何应钦赴太原，替蒋介石收买阎锡山，要他从中掣肘，使冯的西北军被蒋军打败。
不几天，粤桂反蒋战火又起。11月15日，何应钦又马不停蹄地率领数师精锐驰赴广东，就广州行营主任，主持对桂系及张发奎的作战。不足一月，桂张军被打败，粤桂战事结束。
12月19日，何应钦凯旋抵沪。21日在南京受蒋召见，嘉许备至。喘息未定，蒋又嘱他即日启程，赴武汉主持已经开始的“讨伐”唐生智的战争。次日，何应钦与夫人在下关码头挥手告别，乘楚有号兵舰，驶往武汉。
1930年元旦，因何应钦连年征战，大有“三过家门而不入”之概，国民政府颁授他一等宝鼎勋章。嘉奖电传到武汉行营，何应钦感激涕零，枕戈待旦。次日，催令三军，冒着大风雪出击，直扑驻马店唐军主力。饥寒交迫的唐生智部既乏准备，又无实力相抗，8日，便向何应钦投降。13日，何应钦的“中央军将唐生智全军16000人在毫无抵抗的情况之下解除其武装”。讨唐之役轻而易举又奏全功。
何应钦的一生，既有“祸不单行”，更有“福能双至”。还在1929年9月27日，国民党中常会便任命何应钦为中国童子军总司令，但适逢其父逝世，北伐战云密布，无暇择日就任这一荣衔。何应钦特意选择唐生智部缴械这一天就任童子军总司令，以示喜上加喜。
